Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G005400.1
Synonym Sb04g000670, emb1507
Functional annotation U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase, putative, expressed
UniProt C5XRK9
Pfam PF00271 PF00270 PF02889
Panther DB PTHR24075
NCBI CDD -
KEGG Orthology K12854; SNRNP200, pre-mRNA-splicing helicase BRR2
Gene Ontology GO:0005524; ATP binding GO:0003676nucleic acid binding GO:0008565obsolete protein transporter activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G20960 : U5 small nuclear ribonucleoprotein helicase, putative
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g01740.1 : U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a048927
Brachypodium KQK18752 , KQJ92834
Barley HORVU6Hr1G004350.5 , HORVU6Hr1G004350.6 , HORVU6Hr1G004350.7 , HORVU6Hr1G004350.1 , HORVU6Hr1G004350.2 , HORVU6Hr1G004350.3 , HORVU6Hr1G004350.8 , HORVU7Hr1G040480.5 , HORVU7Hr1G040480.4 , HORVU7Hr1G040480.7 , HORVU7Hr1G040480.6 , HORVU7Hr1G040480.1 , HORVU7Hr1G040480.3 , HORVU7Hr1G040480.2 , HORVU7Hr1G040480.9 , HORVU7Hr1G040480.8
Wheat TraesCS6A02G024900 , TraesCS7D02G199800 , TraesCS6B02G034100 , TraesCS7A02G238700 , TraesCS6D02G028200 , TraesCS7B02G103700
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
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Gene co-expression network
sample Sobic004G005400 Sobic004G005400 Sobic005G110427 Sobic005G110427 Sobic004G005400--Sobic005G110427 Sobic006G262200 Sobic006G262200 Sobic004G005400--Sobic006G262200 Sobic006G009400 Sobic006G009400 Sobic004G005400--Sobic006G009400 Sobic010G263800 Sobic010G263800 Sobic004G005400--Sobic010G263800 Sobic005G221425 Sobic005G221425 Sobic004G005400--Sobic005G221425 Sobic009G209800 Sobic009G209800 Sobic004G005400--Sobic009G209800 Sobic003G346000 Sobic003G346000 Sobic004G005400--Sobic003G346000 Sobic003G031750 Sobic003G031750 Sobic004G005400--Sobic003G031750 Sobic008G079100 Sobic008G079100 Sobic004G005400--Sobic008G079100 Sobic005G110427--Sobic006G262200 Sobic001G267233 Sobic001G267233 Sobic005G110427--Sobic001G267233 Sobic005G110427--Sobic006G009400 Sobic005G110427--Sobic009G209800 Sobic008G049701 Sobic008G049701 Sobic005G110427--Sobic008G049701 Sobic002G056100 Sobic002G056100 Sobic005G110427--Sobic002G056100 Sobic001G240400 Sobic001G240400 Sobic005G110427--Sobic001G240400 Sobic005G139800 Sobic005G139800 Sobic005G110427--Sobic005G139800 Sobic005G110427--Sobic005G221425 Sobic006G262200--Sobic005G110427 Sobic006G262200--Sobic006G009400 Sobic002G051450 Sobic002G051450 Sobic006G262200--Sobic002G051450 Sobic001G111900 Sobic001G111900 Sobic006G262200--Sobic001G111900 Sobic002G144966 Sobic002G144966 Sobic006G262200--Sobic002G144966 Sobic005G055150 Sobic005G055150 Sobic006G262200--Sobic005G055150 Sobic001G454401 Sobic001G454401 Sobic006G262200--Sobic001G454401 Sobic006G262200--Sobic004G005400 Sobic005G141801 Sobic005G141801 Sobic006G262200--Sobic005G141801 Sobic006G009400--Sobic010G263800 Sobic006G009400--Sobic005G055150 Sobic002G313300 Sobic002G313300 Sobic006G009400--Sobic002G313300 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic006G009400--Sobic001G543900 Sobic006G009400--Sobic005G110427 Sobic001G477800 Sobic001G477800 Sobic006G009400--Sobic001G477800 Sobic007G073400 Sobic007G073400 Sobic006G009400--Sobic007G073400 Sobic007G178700 Sobic007G178700 Sobic006G009400--Sobic007G178700 Sobic006G009400--Sobic006G262200 Sobic010G263800--Sobic006G009400 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic010G263800--Sobic007G011400 Sobic002G077200 Sobic002G077200 Sobic010G263800--Sobic002G077200 Sobic010G263800--Sobic002G313300 Sobic002G157300 Sobic002G157300 Sobic010G263800--Sobic002G157300 Sobic007G205800 Sobic007G205800 Sobic010G263800--Sobic007G205800 Sobic009G117400 Sobic009G117400 Sobic010G263800--Sobic009G117400 Sobic001G347600 Sobic001G347600 Sobic010G263800--Sobic001G347600 Sobic008G034600 Sobic008G034600 Sobic010G263800--Sobic008G034600 Sobic005G221425--Sobic009G209800 Sobic005G221425--Sobic001G240400 Sobic001G253100 Sobic001G253100 Sobic005G221425--Sobic001G253100 Sobic008G009500 Sobic008G009500 Sobic005G221425--Sobic008G009500 Sobic005G221425--Sobic008G049701 Sobic005G221425--Sobic002G056100 SobicK024000 SobicK024000 Sobic005G221425--SobicK024000 Sobic005G221425--Sobic005G139800 Sobic004G076732 Sobic004G076732 Sobic005G221425--Sobic004G076732 Sobic009G209800--Sobic008G049701 Sobic009G209800--Sobic001G253100 Sobic009G209800--Sobic005G139800 Sobic009G209800--Sobic001G240400 Sobic008G042250 Sobic008G042250 Sobic009G209800--Sobic008G042250 Sobic005G117801 Sobic005G117801 Sobic009G209800--Sobic005G117801 Sobic009G209800--Sobic002G056100 Sobic009G209800--Sobic005G221425 Sobic002G410200 Sobic002G410200 Sobic009G209800--Sobic002G410200 Sobic002G049000 Sobic002G049000 Sobic003G346000--Sobic002G049000 Sobic003G346000--Sobic007G011400 Sobic003G346000--Sobic008G034600 Sobic003G346000--Sobic002G313300 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic003G346000--Sobic002G151600 Sobic004G088400 Sobic004G088400 Sobic003G346000--Sobic004G088400 Sobic007G008800 Sobic007G008800 Sobic003G346000--Sobic007G008800 Sobic002G177400 Sobic002G177400 Sobic003G346000--Sobic002G177400 Sobic003G346000--Sobic004G005400 Sobic002G062300 Sobic002G062300 Sobic003G031750--Sobic002G062300 Sobic007G059300 Sobic007G059300 Sobic003G031750--Sobic007G059300 Sobic008G091900 Sobic008G091900 Sobic003G031750--Sobic008G091900 Sobic009G113600 Sobic009G113600 Sobic003G031750--Sobic009G113600 Sobic003G031750--SobicK024000 Sobic002G221200 Sobic002G221200 Sobic003G031750--Sobic002G221200 Sobic009G196700 Sobic009G196700 Sobic003G031750--Sobic009G196700 Sobic003G031750--Sobic001G253100 Sobic003G031750--Sobic008G079100 Sobic008G079100--Sobic008G042250 Sobic008G079100--Sobic009G209800 Sobic008G079100--SobicK024000 Sobic008G079100--Sobic003G031750 Sobic008G079100--Sobic001G253100 Sobic005G110430 Sobic005G110430 Sobic008G079100--Sobic005G110430 Sobic008G079100--Sobic008G049701 Sobic008G079100--Sobic002G062300 Sobic008G079100--Sobic008G009500
Octagon: transcription factors


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