Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G132033.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1Z5RJ16
Pfam PF00098
Panther DB PTHR23002 PTHR23002:SF63
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0003676nucleic acid binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G55340 : phragmoplastin interacting protein 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g45890.1 : retrotransposon protein, putative, unclassified, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G087400 - -
2 Sobic.006G038951 - -
3 Sobic.003G251400 lectin-like receptor kinase 1, putative, expressed -
4 Sobic.004G285450 - -
5 Sobic.005G112033 - -
6 Sobic.003G406000 OsFBO2 - F-box and other domain containing protein, expressed -
7 Sobic.009G067600 - -
8 Sobic.004G220700 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@Lyase(PubMedID : 30367619)@phenylalanine ammonia-lyase, putative, expressed K10775: phenylalanine ammonia-lyase
9 Sobic.003G409000 "domain confirmed by Pfam database, expression not supported"(PubMedID : 20499123)@OsSAUR3 - Auxin-responsive SAUR gene family member, expressed K14488: SAUR family protein
10 Sobic.002G029400 no apical meristem protein, putative, expressed -
11 Sobic.010G017700 expressed protein -
12 Sobic.009G146900 - -
13 Sobic.004G003600 - -
14 Sobic.010G254300 Myb-like DNA-binding domain containing protein, putative, expressed -
15 Sobic.008G157600 BURP domain containing protein, expressed -
16 Sobic.008G029200 down-regulated TF in developmental senescence(PubMedID : 27586543)@WRKY104, expressed -
17 Sobic.007G055700 "Production of (E)-alpha-berg-amotene, sesquisabinene A, (E)-beta-farnesene, zingiberene, beta-bisabolene and beta-sesquiphellandrene, cytoplasm"(PubMedID : 21880075)@Protein terpene synthase 10 (Os)(PubMedID : 27208977)@terpene synthase, putative, expressed -
18 Sobic.007G151400 cytokinin dehydrogenase precursor, putative, expressed K00279: cytokinin dehydrogenase
19 Sobic.010G157300 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
20 Sobic.001G042901 - K10760: adenylate dimethylallyltransferase (cytokinin synthase)


Gene co-expression network
sample Sobic005G132033 Sobic005G132033 Sobic002G087400 Sobic002G087400 Sobic005G132033--Sobic002G087400 Sobic006G038951 Sobic006G038951 Sobic005G132033--Sobic006G038951 Sobic003G251400 Sobic003G251400 Sobic005G132033--Sobic003G251400 Sobic004G285450 Sobic004G285450 Sobic005G132033--Sobic004G285450 Sobic005G112033 Sobic005G112033 Sobic005G132033--Sobic005G112033 Sobic003G406000 Sobic003G406000 Sobic005G132033--Sobic003G406000 Sobic009G067600 Sobic009G067600 Sobic005G132033--Sobic009G067600 Sobic004G220700 Sobic004G220700 Sobic005G132033--Sobic004G220700 Sobic003G409000 Sobic003G409000 Sobic005G132033--Sobic003G409000 Sobic002G087400--Sobic005G132033 Sobic002G087400--Sobic005G112033 Sobic002G087400--Sobic004G285450 Sobic002G087400--Sobic003G409000 Sobic010G254300 Sobic010G254300 Sobic002G087400--Sobic010G254300 Sobic004G003600 Sobic004G003600 Sobic002G087400--Sobic004G003600 Sobic008G157600 Sobic008G157600 Sobic002G087400--Sobic008G157600 Sobic008G029200 Sobic008G029200 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Octagon: transcription factors


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