Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G053050.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1Z5RD80
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G15530 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) Zm00025a013716 , Zm00025a013718 , Zm00025a013713
Brachypodium PNT63277 , PNT74899
Barley HORVU1Hr1G092970.1 , HORVU4Hr1G008140.1 , HORVU5Hr1G124640.1 , HORVU5Hr1G080970.1 , HORVU2Hr1G100670.1 , HORVU3Hr1G093540.1 , HORVU5Hr1G023050.1
Wheat -
Populus PNT35089


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G348500 expressed protein -
2 Sobic.001G176300 cytochrome P450, putative, expressed -
3 Sobic.001G039200 expressed protein -
4 Sobic.002G183600 L-ascorbate oxidase precursor, putative, expressed -
5 Sobic.001G245200 zinc finger family protein, putative, expressed -
6 Sobic.005G202700 tropinone reductase 2, putative, expressed K08081: tropinone reductase I
7 Sobic.010G262200 B-box (BBX) protein(PubMedID : 30626335)@B-box zinc finger family protein, putative, expressed -
8 Sobic.005G073000 stress responsive protein, putative, expressed -
9 Sobic.005G005600 prenylated rab acceptor, putative, expressed -
10 Sobic.002G195500 Cinnamyl alcohol dehydrogenase(PubMedID : 19087955)@dehydrogenase, putative, expressed -
11 Sobic.001G348300 expressed protein -
12 Sobic.003G140600 peroxidase precursor, putative, expressed -
13 Sobic.006G172550 - -
14 Sobic.005G080400 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2, putative, expressed -
15 Sobic.002G224400 D-mannose binding lectin family protein, expressed -
16 Sobic.004G203301 - -
17 Sobic.008G157800 BURP domain containing protein, expressed -
18 Sobic.007G021800 carrier, putative, expressed -
19 Sobic.010G072700 heat shock protein DnaJ, putative, expressed -
20 Sobic.001G301300 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@expansin precursor, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic006G053050 Sobic006G053050 Sobic001G348500 Sobic001G348500 Sobic006G053050--Sobic001G348500 Sobic001G176300 Sobic001G176300 Sobic006G053050--Sobic001G176300 Sobic001G039200 Sobic001G039200 Sobic006G053050--Sobic001G039200 Sobic002G183600 Sobic002G183600 Sobic006G053050--Sobic002G183600 Sobic001G245200 Sobic001G245200 Sobic006G053050--Sobic001G245200 Sobic005G202700 Sobic005G202700 Sobic006G053050--Sobic005G202700 Sobic010G262200 Sobic010G262200 Sobic006G053050--Sobic010G262200 Sobic005G073000 Sobic005G073000 Sobic006G053050--Sobic005G073000 Sobic005G005600 Sobic005G005600 Sobic006G053050--Sobic005G005600 Sobic001G348300 Sobic001G348300 Sobic001G348500--Sobic001G348300 Sobic001G348500--Sobic002G183600 Sobic001G348500--Sobic005G005600 Sobic001G348500--Sobic001G176300 Sobic001G238400 Sobic001G238400 Sobic001G348500--Sobic001G238400 Sobic009G217700 Sobic009G217700 Sobic001G348500--Sobic009G217700 Sobic001G449600 Sobic001G449600 Sobic001G348500--Sobic001G449600 Sobic005G213500 Sobic005G213500 Sobic001G348500--Sobic005G213500 Sobic008G157800 Sobic008G157800 Sobic001G348500--Sobic008G157800 Sobic001G176300--Sobic001G039200 Sobic001G176300--Sobic001G348300 Sobic001G176300--Sobic001G348500 Sobic006G150700 Sobic006G150700 Sobic001G176300--Sobic006G150700 Sobic003G053300 Sobic003G053300 Sobic001G176300--Sobic003G053300 Sobic009G088900 Sobic009G088900 Sobic001G176300--Sobic009G088900 Sobic009G035300 Sobic009G035300 Sobic001G176300--Sobic009G035300 Sobic001G340400 Sobic001G340400 Sobic001G176300--Sobic001G340400 Sobic001G176300--Sobic005G073000 Sobic001G039200--Sobic001G340400 Sobic001G039200--Sobic006G150700 Sobic008G144600 Sobic008G144600 Sobic001G039200--Sobic008G144600 Sobic001G039200--Sobic001G176300 Sobic005G014000 Sobic005G014000 Sobic001G039200--Sobic005G014000 Sobic001G039200--Sobic003G053300 Sobic001G039200--Sobic001G348300 Sobic005G063300 Sobic005G063300 Sobic001G039200--Sobic005G063300 Sobic001G039200--Sobic009G035300 Sobic002G183600--Sobic008G157800 Sobic002G183600--Sobic001G348500 Sobic004G292001 Sobic004G292001 Sobic002G183600--Sobic004G292001 Sobic002G183600--Sobic005G213500 Sobic002G183600--Sobic005G005600 Sobic007G030400 Sobic007G030400 Sobic002G183600--Sobic007G030400 Sobic004G319100 Sobic004G319100 Sobic002G183600--Sobic004G319100 Sobic004G061701 Sobic004G061701 Sobic002G183600--Sobic004G061701 Sobic006G019200 Sobic006G019200 Sobic002G183600--Sobic006G019200 Sobic010G167100 Sobic010G167100 Sobic001G245200--Sobic010G167100 Sobic002G150100 Sobic002G150100 Sobic001G245200--Sobic002G150100 Sobic003G344050 Sobic003G344050 Sobic001G245200--Sobic003G344050 Sobic002G220800 Sobic002G220800 Sobic001G245200--Sobic002G220800 Sobic007G108200 Sobic007G108200 Sobic001G245200--Sobic007G108200 Sobic003G249050 Sobic003G249050 Sobic001G245200--Sobic003G249050 Sobic009G099400 Sobic009G099400 Sobic001G245200--Sobic009G099400 Sobic005G080400 Sobic005G080400 Sobic005G202700--Sobic005G080400 Sobic005G203200 Sobic005G203200 Sobic005G202700--Sobic005G203200 Sobic005G202700--Sobic006G150700 Sobic004G011100 Sobic004G011100 Sobic005G202700--Sobic004G011100 Sobic005G202700--Sobic005G073000 Sobic005G202700--Sobic009G035300 Sobic002G250000 Sobic002G250000 Sobic005G202700--Sobic002G250000 Sobic005G202700--Sobic009G088900 Sobic002G326500 Sobic002G326500 Sobic005G202700--Sobic002G326500 Sobic005G093000 Sobic005G093000 Sobic010G262200--Sobic005G093000 Sobic002G329000 Sobic002G329000 Sobic010G262200--Sobic002G329000 Sobic008G151300 Sobic008G151300 Sobic010G262200--Sobic008G151300 Sobic001G516600 Sobic001G516600 Sobic010G262200--Sobic001G516600 Sobic001G389000 Sobic001G389000 Sobic010G262200--Sobic001G389000 Sobic005G103300 Sobic005G103300 Sobic010G262200--Sobic005G103300 Sobic003G343900 Sobic003G343900 Sobic010G262200--Sobic003G343900 Sobic002G082600 Sobic002G082600 Sobic010G262200--Sobic002G082600 Sobic003G387000 Sobic003G387000 Sobic010G262200--Sobic003G387000 Sobic005G073000--Sobic003G053300 Sobic004G297900 Sobic004G297900 Sobic005G073000--Sobic004G297900 Sobic006G172550 Sobic006G172550 Sobic005G073000--Sobic006G172550 Sobic001G238300 Sobic001G238300 Sobic005G073000--Sobic001G238300 Sobic005G073000--Sobic001G238400 Sobic002G425000 Sobic002G425000 Sobic005G073000--Sobic002G425000 Sobic001G304100 Sobic001G304100 Sobic005G073000--Sobic001G304100 Sobic002G261500 Sobic002G261500 Sobic005G073000--Sobic002G261500 Sobic004G292900 Sobic004G292900 Sobic005G073000--Sobic004G292900 Sobic003G319700 Sobic003G319700 Sobic005G005600--Sobic003G319700 Sobic005G005600--Sobic001G449600 Sobic006G143400 Sobic006G143400 Sobic005G005600--Sobic006G143400 Sobic005G005600--Sobic009G217700 Sobic005G005600--Sobic005G213500 Sobic007G166000 Sobic007G166000 Sobic005G005600--Sobic007G166000 Sobic003G364000 Sobic003G364000 Sobic005G005600--Sobic003G364000 Sobic001G433900 Sobic001G433900 Sobic005G005600--Sobic001G433900 Sobic009G139700 Sobic009G139700 Sobic005G005600--Sobic009G139700
Octagon: transcription factors


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