Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G063800.1
Synonym Sb06g015125
Functional annotation HIRAN domain containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6PKL0
Pfam PF08797 PF06087
Panther DB PTHR12415 PTHR12415:SF2
NCBI CDD KOG2031; Tyrosyl-DNA phosphodiesterase
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0016818; hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides GO:0008270zinc ion binding GO:0003676nucleic acid binding GO:0008081phosphoric diester hydrolase activity GO:0006281DNA repair GO:0005634nucleus


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G07400 : forkhead-associated domain-containing protein / FHA domain-containing protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g33050.1 : HIRAN domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a011597
Brachypodium PNT60984 , PNT60983 , PNT60982 , KQJ82404
Barley HORVU2Hr1G071710.23 , HORVU2Hr1G071710.21 , HORVU2Hr1G071710.20 , HORVU2Hr1G071710.27 , HORVU2Hr1G071710.26 , HORVU2Hr1G071710.25 , HORVU2Hr1G071710.24 , HORVU2Hr1G071710.29 , HORVU2Hr1G071710.28 , HORVU2Hr1G071710.30 , HORVU2Hr1G071710.31 , HORVU2Hr1G071710.32 , HORVU2Hr1G071710.33 , HORVU2Hr1G071710.34 , HORVU2Hr1G071710.35 , HORVU2Hr1G071710.36 , HORVU2Hr1G071710.38 , HORVU2Hr1G071710.39 , HORVU2Hr1G071710.3 , HORVU2Hr1G071710.5 , HORVU2Hr1G071710.8 , HORVU2Hr1G071710.9 , HORVU2Hr1G071710.37 , HORVU2Hr1G071710.18 , HORVU2Hr1G071710.17 , HORVU2Hr1G071710.22 , HORVU2Hr1G071710.61 , HORVU2Hr1G071710.41 , HORVU2Hr1G071710.40 , HORVU2Hr1G071710.43 , HORVU2Hr1G071710.42 , HORVU2Hr1G071710.45 , HORVU2Hr1G071710.44 , HORVU2Hr1G071710.47 , HORVU2Hr1G071710.46 , HORVU2Hr1G071710.49 , HORVU2Hr1G071710.48 , HORVU2Hr1G071710.56 , HORVU2Hr1G071710.57 , HORVU2Hr1G071710.54 , HORVU2Hr1G071710.55 , HORVU2Hr1G071710.52 , HORVU2Hr1G071710.53 , HORVU2Hr1G071710.50 , HORVU2Hr1G071710.51 , HORVU2Hr1G071710.58 , HORVU2Hr1G071710.59 , HORVU2Hr1G071710.16
Wheat TraesCS2D02G287700 , TraesCS2A02G289700 , TraesCS2B02G306300
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G403700 condensin complex subunit 1, putative, expressed K06677: YCS4, CNAP1, condensin complex subunit 1
2 Sobic.002G104600 Ser/Thr protein phosphatase family protein, putative, expressed -
3 Sobic.003G383200 expressed protein -
4 Sobic.009G196900 "domain confirmed by Pfam database, expression supported by NCBI EST database, expressed in leaf and root, expression induced by IAA"(PubMedID : 20499123)@down-regulated TF in developmental senescence(PubMedID : 27586543)@auxin response factor 14, putative, expressed K14486: K14486, auxin response factor
5 Sobic.002G190400 ZOS9-05 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
6 Sobic.009G211100 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide, putative, expressed -
7 Sobic.005G008400 pentatricopeptide, putative, expressed -
8 Sobic.008G035633 - -
9 Sobic.001G365332 - -
10 Sobic.006G005550 - -
11 Sobic.005G093600 protein kinase domain containing protein, putative, expressed -
12 Sobic.005G057201 - -
13 Sobic.003G089700 - -
14 Sobic.006G017266 - -
15 Sobic.003G154200 serine carboxypeptidase, putative, expressed K16297: serine carboxypeptidase-like clade II
16 Sobic.001G350400 steroid binding protein, putative, expressed K13484: 5-hydroxyisourate hydrolase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase
17 Sobic.003G128575 - -
18 Sobic.003G079725 - -
19 Sobic.006G020350 - -
20 Sobic.003G168350 - -


Gene co-expression network
sample Sobic006G063800 Sobic006G063800 Sobic002G403700 Sobic002G403700 Sobic006G063800--Sobic002G403700 Sobic002G104600 Sobic002G104600 Sobic006G063800--Sobic002G104600 Sobic003G383200 Sobic003G383200 Sobic006G063800--Sobic003G383200 Sobic009G196900 Sobic009G196900 Sobic006G063800--Sobic009G196900 Sobic002G190400 Sobic002G190400 Sobic006G063800--Sobic002G190400 Sobic009G211100 Sobic009G211100 Sobic006G063800--Sobic009G211100 Sobic005G008400 Sobic005G008400 Sobic006G063800--Sobic005G008400 Sobic008G035633 Sobic008G035633 Sobic006G063800--Sobic008G035633 Sobic001G365332 Sobic001G365332 Sobic006G063800--Sobic001G365332 Sobic003G055400 Sobic003G055400 Sobic002G403700--Sobic003G055400 Sobic002G403700--Sobic002G104600 Sobic002G403700--Sobic006G063800 Sobic003G409500 Sobic003G409500 Sobic002G403700--Sobic003G409500 Sobic006G108500 Sobic006G108500 Sobic002G403700--Sobic006G108500 Sobic005G100500 Sobic005G100500 Sobic002G403700--Sobic005G100500 Sobic001G454700 Sobic001G454700 Sobic002G403700--Sobic001G454700 Sobic001G105000 Sobic001G105000 Sobic002G403700--Sobic001G105000 Sobic001G518050 Sobic001G518050 Sobic002G403700--Sobic001G518050 Sobic007G164101 Sobic007G164101 Sobic002G104600--Sobic007G164101 Sobic002G104600--Sobic008G035633 Sobic006G017266 Sobic006G017266 Sobic002G104600--Sobic006G017266 Sobic005G093600 Sobic005G093600 Sobic002G104600--Sobic005G093600 Sobic006G147350 Sobic006G147350 Sobic002G104600--Sobic006G147350 Sobic003G128575 Sobic003G128575 Sobic002G104600--Sobic003G128575 Sobic006G020350 Sobic006G020350 Sobic002G104600--Sobic006G020350 Sobic010G173600 Sobic010G173600 Sobic002G104600--Sobic010G173600 Sobic003G255850 Sobic003G255850 Sobic002G104600--Sobic003G255850 Sobic005G057201 Sobic005G057201 Sobic003G383200--Sobic005G057201 Sobic001G059150 Sobic001G059150 Sobic003G383200--Sobic001G059150 Sobic003G200400 Sobic003G200400 Sobic003G383200--Sobic003G200400 Sobic003G159300 Sobic003G159300 Sobic003G383200--Sobic003G159300 Sobic006G145650 Sobic006G145650 Sobic003G383200--Sobic006G145650 Sobic004G013900 Sobic004G013900 Sobic003G383200--Sobic004G013900 Sobic001G234733 Sobic001G234733 Sobic003G383200--Sobic001G234733 Sobic003G383200--Sobic005G008400 Sobic010G214950 Sobic010G214950 Sobic003G383200--Sobic010G214950 Sobic001G011100 Sobic001G011100 Sobic009G196900--Sobic001G011100 Sobic008G183000 Sobic008G183000 Sobic009G196900--Sobic008G183000 Sobic009G196900--Sobic006G063800 Sobic009G120850 Sobic009G120850 Sobic009G196900--Sobic009G120850 Sobic006G260700 Sobic006G260700 Sobic009G196900--Sobic006G260700 Sobic008G174400 Sobic008G174400 Sobic009G196900--Sobic008G174400 Sobic002G079200 Sobic002G079200 Sobic009G196900--Sobic002G079200 Sobic009G196900--Sobic003G383200 Sobic002G373500 Sobic002G373500 Sobic009G196900--Sobic002G373500 Sobic005G124500 Sobic005G124500 Sobic002G190400--Sobic005G124500 Sobic003G118650 Sobic003G118650 Sobic002G190400--Sobic003G118650 SobicK031500 SobicK031500 Sobic002G190400--SobicK031500 Sobic002G190400--Sobic002G104600 Sobic006G143800 Sobic006G143800 Sobic002G190400--Sobic006G143800 Sobic001G134900 Sobic001G134900 Sobic002G190400--Sobic001G134900 Sobic002G002000 Sobic002G002000 Sobic002G190400--Sobic002G002000 Sobic005G057750 Sobic005G057750 Sobic002G190400--Sobic005G057750 Sobic009G220600 Sobic009G220600 Sobic002G190400--Sobic009G220600 Sobic009G211100--Sobic006G063800 Sobic004G053100 Sobic004G053100 Sobic009G211100--Sobic004G053100 Sobic002G198801 Sobic002G198801 Sobic009G211100--Sobic002G198801 Sobic010G138700 Sobic010G138700 Sobic009G211100--Sobic010G138700 Sobic008G120000 Sobic008G120000 Sobic009G211100--Sobic008G120000 Sobic010G066900 Sobic010G066900 Sobic009G211100--Sobic010G066900 Sobic009G211100--Sobic003G383200 Sobic010G088200 Sobic010G088200 Sobic009G211100--Sobic010G088200 Sobic008G099900 Sobic008G099900 Sobic009G211100--Sobic008G099900 Sobic004G346700 Sobic004G346700 Sobic005G008400--Sobic004G346700 Sobic003G168350 Sobic003G168350 Sobic005G008400--Sobic003G168350 Sobic005G008400--Sobic001G365332 Sobic008G139100 Sobic008G139100 Sobic005G008400--Sobic008G139100 Sobic004G198701 Sobic004G198701 Sobic005G008400--Sobic004G198701 Sobic002G174000 Sobic002G174000 Sobic005G008400--Sobic002G174000 Sobic001G195550 Sobic001G195550 Sobic005G008400--Sobic001G195550 Sobic001G045500 Sobic001G045500 Sobic005G008400--Sobic001G045500 Sobic006G005550 Sobic006G005550 Sobic005G008400--Sobic006G005550 Sobic008G035633--Sobic006G020350 Sobic005G183450 Sobic005G183450 Sobic008G035633--Sobic005G183450 Sobic008G035633--Sobic003G128575 Sobic008G035633--Sobic006G017266 Sobic008G035633--Sobic005G093600 Sobic008G035633--Sobic006G005550 Sobic008G035633--Sobic010G173600 Sobic008G035633--Sobic006G147350 Sobic008G035633--Sobic001G365332 Sobic001G365332--Sobic003G168350 Sobic006G078450 Sobic006G078450 Sobic001G365332--Sobic006G078450 Sobic001G365332--Sobic006G005550 Sobic001G365332--Sobic004G346700 Sobic001G365332--Sobic005G183450 Sobic001G365332--Sobic006G017266 Sobic001G365332--Sobic006G020350 Sobic001G365332--Sobic003G128575 Sobic001G365332--Sobic005G008400
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.