Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G108900.1
Synonym Sb06g019140
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt C5Y9W9
Pfam PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF771
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G09680 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g38930.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a011095 , Zm00025a011096
Brachypodium PNT61237 , PNT61238
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G249200 NADPH-dependent oxidoreductase, putative, expressed K03883: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
2 Sobic.009G011100 SCARECROW, putative, expressed -
3 Sobic.005G222000 protein transporter, putative, expressed -
4 Sobic.009G011000 SCARECROW, putative, expressed -
5 Sobic.007G044350 - -
6 Sobic.004G357600 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@Sucrose synthase genes(PubMedID : 24456189)@sucrose synthase(PubMedID : 26616172)@Sugar synthesis(PubMedID : 27330561)@sucrose synthase, putative, expressed K00695: sucrose synthase
7 Sobic.009G011200 SCARECROW, putative, expressed -
8 Sobic.001G296600 - -
9 Sobic.004G138100 expressed protein -
10 Sobic.006G233200 - -
11 Sobic.007G038200 lectin-like receptor kinase, putative, expressed -
12 Sobic.010G011001 - -
13 Sobic.001G036400 expressed protein -
14 Sobic.001G104050 - -
15 Sobic.007G078900 - -
16 Sobic.004G223350 - -
17 Sobic.004G060000 DUF630/DUF632 domains containing protein, putative, expressed -
18 Sobic.002G117800 - -
19 Sobic.002G053300 mla1, putative, expressed -
20 Sobic.008G086100 - -


Gene co-expression network
sample Sobic006G108900 Sobic006G108900 Sobic004G249200 Sobic004G249200 Sobic006G108900--Sobic004G249200 Sobic009G011100 Sobic009G011100 Sobic006G108900--Sobic009G011100 Sobic005G222000 Sobic005G222000 Sobic006G108900--Sobic005G222000 Sobic009G011000 Sobic009G011000 Sobic006G108900--Sobic009G011000 Sobic007G044350 Sobic007G044350 Sobic006G108900--Sobic007G044350 Sobic004G357600 Sobic004G357600 Sobic006G108900--Sobic004G357600 Sobic009G011200 Sobic009G011200 Sobic006G108900--Sobic009G011200 Sobic001G296600 Sobic001G296600 Sobic006G108900--Sobic001G296600 Sobic004G138100 Sobic004G138100 Sobic006G108900--Sobic004G138100 Sobic004G249200--Sobic006G108900 Sobic004G249200--Sobic005G222000 Sobic004G249200--Sobic004G357600 Sobic004G249200--Sobic009G011100 Sobic004G249200--Sobic004G138100 Sobic002G290900 Sobic002G290900 Sobic004G249200--Sobic002G290900 Sobic004G249200--Sobic001G296600 Sobic004G249200--Sobic009G011000 Sobic004G249200--Sobic009G011200 Sobic009G011100--Sobic009G011000 Sobic010G142501 Sobic010G142501 Sobic009G011100--Sobic010G142501 Sobic009G011100--Sobic004G138100 Sobic007G174500 Sobic007G174500 Sobic009G011100--Sobic007G174500 Sobic009G011100--Sobic009G011200 Sobic007G190600 Sobic007G190600 Sobic009G011100--Sobic007G190600 Sobic009G011100--Sobic004G249200 Sobic009G011100--Sobic006G108900 Sobic007G190466 Sobic007G190466 Sobic009G011100--Sobic007G190466 Sobic005G222000--Sobic004G249200 Sobic005G222000--Sobic006G108900 Sobic005G222000--Sobic004G357600 Sobic005G222000--Sobic009G011100 Sobic003G267600 Sobic003G267600 Sobic005G222000--Sobic003G267600 Sobic005G222000--Sobic001G296600 Sobic010G155000 Sobic010G155000 Sobic005G222000--Sobic010G155000 Sobic009G192400 Sobic009G192400 Sobic005G222000--Sobic009G192400 Sobic001G036400 Sobic001G036400 Sobic005G222000--Sobic001G036400 Sobic009G011000--Sobic009G011100 Sobic009G011000--Sobic009G011200 Sobic001G208133 Sobic001G208133 Sobic009G011000--Sobic001G208133 Sobic009G011000--Sobic007G174500 Sobic009G011000--Sobic010G142501 Sobic009G011000--Sobic004G138100 Sobic003G311300 Sobic003G311300 Sobic009G011000--Sobic003G311300 Sobic009G011000--Sobic007G190600 Sobic004G079400 Sobic004G079400 Sobic009G011000--Sobic004G079400 Sobic007G044350--Sobic001G296600 Sobic004G060000 Sobic004G060000 Sobic007G044350--Sobic004G060000 Sobic010G217466 Sobic010G217466 Sobic007G044350--Sobic010G217466 Sobic001G104050 Sobic001G104050 Sobic007G044350--Sobic001G104050 Sobic007G044350--Sobic006G108900 Sobic002G262500 Sobic002G262500 Sobic007G044350--Sobic002G262500 Sobic003G276700 Sobic003G276700 Sobic007G044350--Sobic003G276700 Sobic006G119100 Sobic006G119100 Sobic007G044350--Sobic006G119100 Sobic007G044350--Sobic004G357600 Sobic004G357600--Sobic004G249200 Sobic004G357600--Sobic001G296600 Sobic004G357600--Sobic001G104050 Sobic004G357600--Sobic005G222000 Sobic004G357600--Sobic007G174500 Sobic007G174000 Sobic007G174000 Sobic004G357600--Sobic007G174000 Sobic004G357600--Sobic004G138100 Sobic010G265400 Sobic010G265400 Sobic004G357600--Sobic010G265400 Sobic004G357600--Sobic009G011100 Sobic009G011200--Sobic009G011000 Sobic009G011200--Sobic009G011100 Sobic001G372400 Sobic001G372400 Sobic009G011200--Sobic001G372400 Sobic008G187450 Sobic008G187450 Sobic009G011200--Sobic008G187450 Sobic009G011200--Sobic001G208133 Sobic002G117800 Sobic002G117800 Sobic009G011200--Sobic002G117800 Sobic007G043050 Sobic007G043050 Sobic009G011200--Sobic007G043050 Sobic005G198150 Sobic005G198150 Sobic009G011200--Sobic005G198150 Sobic004G352750 Sobic004G352750 Sobic009G011200--Sobic004G352750 Sobic001G296600--Sobic001G104050 Sobic001G296600--Sobic007G044350 Sobic004G223350 Sobic004G223350 Sobic001G296600--Sobic004G223350 Sobic001G296600--Sobic004G357600 Sobic001G296600--Sobic003G267600 Sobic007G173901 Sobic007G173901 Sobic001G296600--Sobic007G173901 Sobic004G205900 Sobic004G205900 Sobic001G296600--Sobic004G205900 Sobic001G296600--Sobic003G276700 Sobic002G008701 Sobic002G008701 Sobic001G296600--Sobic002G008701 Sobic008G085800 Sobic008G085800 Sobic004G138100--Sobic008G085800 Sobic004G127766 Sobic004G127766 Sobic004G138100--Sobic004G127766 Sobic005G231000 Sobic005G231000 Sobic004G138100--Sobic005G231000 Sobic001G431600 Sobic001G431600 Sobic004G138100--Sobic001G431600 Sobic004G138100--Sobic007G190600 Sobic004G138100--Sobic007G174500 Sobic004G310800 Sobic004G310800 Sobic004G138100--Sobic004G310800 Sobic002G154450 Sobic002G154450 Sobic004G138100--Sobic002G154450 Sobic010G254401 Sobic010G254401 Sobic004G138100--Sobic010G254401
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.