Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G197500.1
Synonym
Functional annotation helix-loop-helix DNA-binding protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6PMX5
Pfam PF00010
Panther DB PTHR11969 PTHR11969:SF29
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G01460 : basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g46560.1 : helix-loop-helix DNA-binding protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a056723
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G182500 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence./late senescence marker during developmental senescence(PubMedID : 27586543)@thaumatin, putative, expressed -
2 Sobic.008G100950 - -
3 Sobic.009G241966 - -
4 Sobic.009G109101 - -
5 Sobic.002G316000 expressed protein -
6 Sobic.009G237350 - -
7 Sobic.001G490700 pentatricopeptide, putative, expressed -
8 Sobic.001G442800 microtubule associated protein, putative, expressed K16732: protein regulator of cytokinesis 1
9 Sobic.003G038000 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@Lipase class 3 family protein (At)(PubMedID : 27208977)@phospholipase, putative, expressed -
10 Sobic.009G259500 receptor protein kinase CLAVATA1 precursor, putative, expressed -
11 Sobic.007G121400 YDG/SRA domain containing protein, expressed K11420: [histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase EHMT
12 Sobic.002G367300 "qGW7/GL7(Ortholog in rice:Wang et al., 2015a(PubMedID : 31659862)@expressed protein -
13 Sobic.010G208500 - -
14 Sobic.003G152500 expressed protein -
15 Sobic.005G108300 "domain confirmed by Pfam database, expression supported by NCBI EST database, expression induced by BR treatment"(PubMedID : 20499123)@OsGH3.3 - Probable indole-3-acetic acid-amido synthetase, expressed K14506: jasmonic acid-amino synthetase
16 Sobic.004G286900 - -
17 Sobic.006G132200 CHIT3 - Chitinase family protein precursor, expressed K01183: chitinase
18 Sobic.002G327500 TKL_IRAK_DUF26-lc.10 - DUF26 kinases have homology to DUF26 containing loci, expressed -
19 Sobic.001G065300 GRF zinc finger family protein, expressed -
20 Sobic.009G059600 KIP1, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic006G197500 Sobic006G197500 Sobic008G182500 Sobic008G182500 Sobic006G197500--Sobic008G182500 Sobic008G100950 Sobic008G100950 Sobic006G197500--Sobic008G100950 Sobic009G241966 Sobic009G241966 Sobic006G197500--Sobic009G241966 Sobic009G109101 Sobic009G109101 Sobic006G197500--Sobic009G109101 Sobic002G316000 Sobic002G316000 Sobic006G197500--Sobic002G316000 Sobic009G237350 Sobic009G237350 Sobic006G197500--Sobic009G237350 Sobic001G490700 Sobic001G490700 Sobic006G197500--Sobic001G490700 Sobic001G442800 Sobic001G442800 Sobic006G197500--Sobic001G442800 Sobic003G038000 Sobic003G038000 Sobic006G197500--Sobic003G038000 Sobic006G132200 Sobic006G132200 Sobic008G182500--Sobic006G132200 Sobic008G108900 Sobic008G108900 Sobic008G182500--Sobic008G108900 Sobic009G196700 Sobic009G196700 Sobic008G182500--Sobic009G196700 Sobic005G203400 Sobic005G203400 Sobic008G182500--Sobic005G203400 Sobic005G212600 Sobic005G212600 Sobic008G182500--Sobic005G212600 Sobic002G062300 Sobic002G062300 Sobic008G182500--Sobic002G062300 Sobic009G113600 Sobic009G113600 Sobic008G182500--Sobic009G113600 Sobic007G115000 Sobic007G115000 Sobic008G182500--Sobic007G115000 Sobic008G182500--Sobic009G109101 Sobic008G100950--Sobic009G237350 Sobic004G338400 Sobic004G338400 Sobic008G100950--Sobic004G338400 Sobic008G100950--Sobic006G197500 Sobic002G054901 Sobic002G054901 Sobic008G100950--Sobic002G054901 Sobic010G091366 Sobic010G091366 Sobic008G100950--Sobic010G091366 Sobic006G053500 Sobic006G053500 Sobic008G100950--Sobic006G053500 Sobic003G399900 Sobic003G399900 Sobic008G100950--Sobic003G399900 Sobic008G153900 Sobic008G153900 Sobic008G100950--Sobic008G153900 Sobic004G131350 Sobic004G131350 Sobic008G100950--Sobic004G131350 Sobic004G057700 Sobic004G057700 Sobic009G241966--Sobic004G057700 Sobic009G241966--Sobic006G197500 Sobic009G000600 Sobic009G000600 Sobic009G241966--Sobic009G000600 Sobic008G056350 Sobic008G056350 Sobic009G241966--Sobic008G056350 Sobic004G197000 Sobic004G197000 Sobic009G241966--Sobic004G197000 Sobic001G268700 Sobic001G268700 Sobic009G241966--Sobic001G268700 Sobic004G248700 Sobic004G248700 Sobic009G241966--Sobic004G248700 Sobic006G240900 Sobic006G240900 Sobic009G241966--Sobic006G240900 Sobic002G050500 Sobic002G050500 Sobic009G241966--Sobic002G050500 Sobic010G208500 Sobic010G208500 Sobic009G109101--Sobic010G208500 Sobic009G109101--Sobic006G132200 Sobic009G109101--Sobic008G108900 Sobic009G059600 Sobic009G059600 Sobic009G109101--Sobic009G059600 Sobic009G109101--Sobic005G212600 Sobic009G109101--Sobic002G062300 Sobic009G109101--Sobic007G115000 Sobic004G286900 Sobic004G286900 Sobic009G109101--Sobic004G286900 Sobic003G424100 Sobic003G424100 Sobic009G109101--Sobic003G424100 Sobic002G316000--Sobic010G208500 Sobic002G047100 Sobic002G047100 Sobic002G316000--Sobic002G047100 Sobic004G154600 Sobic004G154600 Sobic002G316000--Sobic004G154600 Sobic002G316000--Sobic003G038000 Sobic002G316000--Sobic007G115000 Sobic001G184400 Sobic001G184400 Sobic002G316000--Sobic001G184400 Sobic010G091700 Sobic010G091700 Sobic002G316000--Sobic010G091700 Sobic004G193800 Sobic004G193800 Sobic002G316000--Sobic004G193800 Sobic002G316000--Sobic003G424100 Sobic008G178200 Sobic008G178200 Sobic009G237350--Sobic008G178200 Sobic008G178300 Sobic008G178300 Sobic009G237350--Sobic008G178300 Sobic002G284600 Sobic002G284600 Sobic009G237350--Sobic002G284600 Sobic009G237350--Sobic008G100950 Sobic009G237350--Sobic010G091366 Sobic009G237350--Sobic008G153900 Sobic009G237350--Sobic004G338400 Sobic009G237350--Sobic002G054901 Sobic003G316400 Sobic003G316400 Sobic009G237350--Sobic003G316400 Sobic001G490700--Sobic008G178200 Sobic001G490700--Sobic008G178300 Sobic004G250100 Sobic004G250100 Sobic001G490700--Sobic004G250100 Sobic007G179500 Sobic007G179500 Sobic001G490700--Sobic007G179500 Sobic003G433600 Sobic003G433600 Sobic001G490700--Sobic003G433600 Sobic003G203100 Sobic003G203100 Sobic001G490700--Sobic003G203100 Sobic001G490700--Sobic006G197500 Sobic005G108300 Sobic005G108300 Sobic001G490700--Sobic005G108300 Sobic004G033300 Sobic004G033300 Sobic001G490700--Sobic004G033300 Sobic001G442800--Sobic006G197500 Sobic008G076900 Sobic008G076900 Sobic001G442800--Sobic008G076900 Sobic001G442800--Sobic008G182500 Sobic009G175200 Sobic009G175200 Sobic001G442800--Sobic009G175200 Sobic003G158100 Sobic003G158100 Sobic001G442800--Sobic003G158100 Sobic009G099700 Sobic009G099700 Sobic001G442800--Sobic009G099700 Sobic007G099500 Sobic007G099500 Sobic001G442800--Sobic007G099500 Sobic009G036500 Sobic009G036500 Sobic001G442800--Sobic009G036500 Sobic001G442800--Sobic004G154600 Sobic003G038000--Sobic002G047100 Sobic003G038000--Sobic006G132200 Sobic003G038000--Sobic010G208500 Sobic007G066050 Sobic007G066050 Sobic003G038000--Sobic007G066050 Sobic009G197200 Sobic009G197200 Sobic003G038000--Sobic009G197200 Sobic001G132500 Sobic001G132500 Sobic003G038000--Sobic001G132500 Sobic002G318900 Sobic002G318900 Sobic003G038000--Sobic002G318900 Sobic004G240900 Sobic004G240900 Sobic003G038000--Sobic004G240900 Sobic003G038000--Sobic003G424100
Octagon: transcription factors


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