Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G149550.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1Z5RA56
Pfam PF04057
Panther DB PTHR23273 PTHR23273:SF12
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006260; DNA replication GO:0005634nucleus GO:0003677DNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G06510 : replication protein A 1A
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g02040.1 : RPA1C - Putative single-stranded DNA binding complex subunit 1, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G489550 - -
2 Sobic.010G008433 - -
3 Sobic.007G223250 - -
4 Sobic.010G254000 cycloartenol synthase, putative, expressed K19011: achilleol B synthase
5 Sobic.004G320900 - -
6 Sobic.003G393600 B3 DNA binding domain containing protein, expressed -
7 Sobic.005G093901 - -
8 Sobic.001G071250 - -
9 Sobic.005G002050 - -
10 Sobic.004G087000 ATP synthase subunit beta, putative, expressed K02112: ATPF1B, F-type H+/Na+-transporting ATPase subunit beta
11 Sobic.010G102700 alpha/beta hydrolase fold, putative, expressed -
12 Sobic.002G148166 - -
13 Sobic.002G288700 - K02711: photosystem II PsbJ protein
14 Sobic.002G222000 - -
15 Sobic.002G423901 - -
16 Sobic.007G109200 ATP synthase epsilon chain, putative, expressed K02114: ATPF1E, F-type H+-transporting ATPase subunit epsilon
17 Sobic.003G172900 NADPH-dependent oxidoreductase, putative, expressed K05581: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
18 Sobic.001G134900 exostosin, putative, expressed -
19 Sobic.004G201800 expressed protein -
20 Sobic.004G251400 - -


Gene co-expression network
sample Sobic007G149550 Sobic007G149550 Sobic001G489550 Sobic001G489550 Sobic007G149550--Sobic001G489550 Sobic010G008433 Sobic010G008433 Sobic007G149550--Sobic010G008433 Sobic007G223250 Sobic007G223250 Sobic007G149550--Sobic007G223250 Sobic010G254000 Sobic010G254000 Sobic007G149550--Sobic010G254000 Sobic004G320900 Sobic004G320900 Sobic007G149550--Sobic004G320900 Sobic003G393600 Sobic003G393600 Sobic007G149550--Sobic003G393600 Sobic005G093901 Sobic005G093901 Sobic007G149550--Sobic005G093901 Sobic001G071250 Sobic001G071250 Sobic007G149550--Sobic001G071250 Sobic005G002050 Sobic005G002050 Sobic007G149550--Sobic005G002050 Sobic001G489550--Sobic010G008433 Sobic001G489550--Sobic004G320900 Sobic001G472050 Sobic001G472050 Sobic001G489550--Sobic001G472050 Sobic002G423901 Sobic002G423901 Sobic001G489550--Sobic002G423901 Sobic001G489550--Sobic007G223250 Sobic001G489550--Sobic005G093901 Sobic002G288700 Sobic002G288700 Sobic001G489550--Sobic002G288700 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic001G489550--Sobic002G148166 Sobic010G102700 Sobic010G102700 Sobic001G489550--Sobic010G102700 Sobic010G008433--Sobic001G489550 Sobic010G008433--Sobic007G223250 Sobic010G008433--Sobic002G288700 Sobic010G008433--Sobic002G423901 Sobic010G008433--Sobic002G148166 Sobic004G087000 Sobic004G087000 Sobic010G008433--Sobic004G087000 Sobic010G008433--Sobic001G472050 Sobic002G222000 Sobic002G222000 Sobic010G008433--Sobic002G222000 Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic010G008433--Sobic007G109200 Sobic007G223250--Sobic002G288700 Sobic002G014900 Sobic002G014900 Sobic007G223250--Sobic002G014900 Sobic007G223250--Sobic004G087000 Sobic006G123800 Sobic006G123800 Sobic007G223250--Sobic006G123800 Sobic001G266000 Sobic001G266000 Sobic007G223250--Sobic001G266000 Sobic002G150032 Sobic002G150032 Sobic007G223250--Sobic002G150032 Sobic003G172900 Sobic003G172900 Sobic007G223250--Sobic003G172900 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic007G223250--Sobic004G251400 Sobic007G223250--Sobic007G109200 Sobic010G254000--Sobic002G222000 Sobic010G254000--Sobic002G148166 Sobic010G254000--Sobic005G002050 Sobic010G254000--Sobic003G172900 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic010G254000--Sobic003G169300 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic010G254000--Sobic005G110493 Sobic003G173266 Sobic003G173266 Sobic010G254000--Sobic003G173266 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic010G254000--Sobic003G130200 Sobic010G254000--Sobic004G251400 Sobic003G117850 Sobic003G117850 Sobic004G320900--Sobic003G117850 Sobic007G207100 Sobic007G207100 Sobic004G320900--Sobic007G207100 Sobic002G270733 Sobic002G270733 Sobic004G320900--Sobic002G270733 Sobic004G320900--Sobic001G489550 Sobic004G320900--Sobic002G148166 Sobic004G320900--Sobic005G093901 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic004G320900--Sobic009G148950 Sobic002G150200 Sobic002G150200 Sobic004G320900--Sobic002G150200 Sobic003G172600 Sobic003G172600 Sobic004G320900--Sobic003G172600 Sobic003G393600--Sobic010G254000 Sobic008G108300 Sobic008G108300 Sobic003G393600--Sobic008G108300 Sobic003G290050 Sobic003G290050 Sobic003G393600--Sobic003G290050 Sobic002G044500 Sobic002G044500 Sobic003G393600--Sobic002G044500 Sobic002G149966 Sobic002G149966 Sobic003G393600--Sobic002G149966 Sobic003G393600--Sobic001G266000 Sobic003G168500 Sobic003G168500 Sobic003G393600--Sobic003G168500 Sobic003G393600--Sobic002G222000 Sobic003G393600--Sobic003G172900 Sobic002G413100 Sobic002G413100 Sobic005G093901--Sobic002G413100 Sobic005G093901--Sobic009G148950 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic005G093901--Sobic003G172701 Sobic005G093901--Sobic007G109200 Sobic005G093901--Sobic002G270733 Sobic005G093901--Sobic003G117850 Sobic005G093901--Sobic004G087000 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic005G093901--Sobic006G057050 Sobic001G022700 Sobic001G022700 Sobic005G093901--Sobic001G022700 Sobic004G346700 Sobic004G346700 Sobic001G071250--Sobic004G346700 Sobic001G195550 Sobic001G195550 Sobic001G071250--Sobic001G195550 Sobic002G174000 Sobic002G174000 Sobic001G071250--Sobic002G174000 Sobic004G346800 Sobic004G346800 Sobic001G071250--Sobic004G346800 Sobic008G139100 Sobic008G139100 Sobic001G071250--Sobic008G139100 Sobic007G115050 Sobic007G115050 Sobic001G071250--Sobic007G115050 Sobic004G198701 Sobic004G198701 Sobic001G071250--Sobic004G198701 Sobic005G008400 Sobic005G008400 Sobic001G071250--Sobic005G008400 Sobic005G134301 Sobic005G134301 Sobic001G071250--Sobic005G134301 Sobic005G002050--Sobic003G130200 Sobic005G002050--Sobic002G150200 Sobic005G002050--Sobic002G148166 Sobic005G002050--Sobic010G254000 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic005G002050--Sobic004G210400 Sobic005G002050--Sobic002G222000 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic005G002050--Sobic003G168425 Sobic005G002050--Sobic005G110493 Sobic003G166400 Sobic003G166400 Sobic005G002050--Sobic003G166400
Octagon: transcription factors


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