Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G288700.1
Synonym
Functional annotation -
UniProt A0A1B6QDZ1 , A1E9T8
Pfam PF01788
Panther DB PTHR34812 PTHR34812:SF2
NCBI CDD -
KEGG Orthology K02711; photosystem II PsbJ protein
Gene Ontology GO:0016020; membrane GO:0015979photosynthesis GO:0009539photosystem II reaction center GO:0009523photosystem II


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00550 : photosystem II reaction center protein J
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium PNT65883 , KQJ84945 , KQK18179 , KQJ96837
Barley AGP50768 , HORVU0Hr1G033000.1 , HORVU5Hr1G065130.1 , HORVU0Hr1G034380.1 , HORVU6Hr1G049310.1 , HORVU7Hr1G112430.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G223250 - -
2 Sobic.006G123800 - -
3 Sobic.004G087000 ATP synthase subunit beta, putative, expressed K02112: ATPF1B, F-type H+/Na+-transporting ATPase subunit beta
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5 Sobic.001G266000 OsClp10 - Putative Clp protease homologue, expressed -
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8 Sobic.003G172900 NADPH-dependent oxidoreductase, putative, expressed K05581: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
9 Sobic.004G251400 - -
10 Sobic.002G148166 - -
11 Sobic.002G150032 - -
12 Sobic.005G146900 membrane associated DUF588 domain containing protein, putative, expressed -
13 Sobic.002G222000 - -
14 Sobic.002G423901 - -
15 Sobic.001G150901 - -
16 Sobic.010G008433 - -
17 Sobic.003G117850 - -
18 Sobic.003G159101 - -
19 Sobic.010G254000 cycloartenol synthase, putative, expressed K19011: achilleol B synthase
20 Sobic.003G172850 - K03043: DNA-directed RNA polymerase subunit beta


Gene co-expression network
sample Sobic002G288700 Sobic002G288700 Sobic007G223250 Sobic007G223250 Sobic002G288700--Sobic007G223250 Sobic006G123800 Sobic006G123800 Sobic002G288700--Sobic006G123800 Sobic004G087000 Sobic004G087000 Sobic002G288700--Sobic004G087000 Sobic003G173266 Sobic003G173266 Sobic002G288700--Sobic003G173266 Sobic001G266000 Sobic001G266000 Sobic002G288700--Sobic001G266000 Sobic002G014900 Sobic002G014900 Sobic002G288700--Sobic002G014900 Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic002G288700--Sobic007G109200 Sobic003G172900 Sobic003G172900 Sobic002G288700--Sobic003G172900 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic002G288700--Sobic004G251400 Sobic007G223250--Sobic002G288700 Sobic007G223250--Sobic002G014900 Sobic007G223250--Sobic004G087000 Sobic007G223250--Sobic006G123800 Sobic007G223250--Sobic001G266000 Sobic002G150032 Sobic002G150032 Sobic007G223250--Sobic002G150032 Sobic007G223250--Sobic003G172900 Sobic007G223250--Sobic004G251400 Sobic007G223250--Sobic007G109200 Sobic006G123800--Sobic001G266000 Sobic006G123800--Sobic003G173266 Sobic006G123800--Sobic002G288700 Sobic003G172850 Sobic003G172850 Sobic006G123800--Sobic003G172850 Sobic006G123800--Sobic003G172900 Sobic006G123800--Sobic002G014900 Sobic006G123800--Sobic002G150032 Sobic006G123800--Sobic004G251400 Sobic006G123800--Sobic007G223250 Sobic004G087000--Sobic007G109200 Sobic004G087000--Sobic004G251400 Sobic004G087000--Sobic003G172900 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic004G087000--Sobic003G172701 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic004G087000--Sobic002G148166 Sobic004G087000--Sobic003G173266 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic004G087000--Sobic003G169300 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic004G087000--Sobic005G110493 Sobic002G222000 Sobic002G222000 Sobic004G087000--Sobic002G222000 Sobic003G173266--Sobic003G169300 Sobic003G173266--Sobic003G172900 Sobic003G173266--Sobic003G172850 Sobic003G173266--Sobic001G266000 Sobic003G173266--Sobic004G251400 Sobic003G173266--Sobic002G222000 Sobic003G173266--Sobic005G110493 Sobic003G173266--Sobic002G148166 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic003G173266--Sobic010G052866 Sobic001G266000--Sobic002G150032 Sobic001G266000--Sobic003G172900 Sobic002G149966 Sobic002G149966 Sobic001G266000--Sobic002G149966 Sobic001G266000--Sobic003G172850 Sobic001G266000--Sobic003G173266 Sobic001G266000--Sobic002G014900 Sobic002G044500 Sobic002G044500 Sobic001G266000--Sobic002G044500 Sobic001G266000--Sobic002G222000 Sobic001G266000--Sobic006G123800 Sobic002G014900--Sobic002G150032 Sobic002G014900--Sobic001G266000 Sobic002G014900--Sobic002G149966 Sobic002G014900--Sobic003G172900 Sobic002G014900--Sobic003G172850 Sobic002G014900--Sobic002G044500 Sobic006G124850 Sobic006G124850 Sobic002G014900--Sobic006G124850 Sobic002G014900--Sobic004G251400 Sobic003G290050 Sobic003G290050 Sobic002G014900--Sobic003G290050 Sobic007G109200--Sobic004G087000 Sobic007G109200--Sobic003G172701 Sobic007G109200--Sobic004G251400 Sobic007G109200--Sobic003G172900 Sobic007G109200--Sobic002G148166 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic007G109200--Sobic006G057050 Sobic007G109200--Sobic003G169300 Sobic007G109200--Sobic003G173266 Sobic007G109200--Sobic005G110493 Sobic003G172900--Sobic004G251400 Sobic003G172900--Sobic002G150032 Sobic003G172900--Sobic001G266000 Sobic003G172900--Sobic003G173266 Sobic003G172900--Sobic004G087000 Sobic003G172900--Sobic003G172850 Sobic003G172900--Sobic002G044500 Sobic003G172900--Sobic002G222000 Sobic003G172900--Sobic002G149966 Sobic004G251400--Sobic003G172900 Sobic004G251400--Sobic004G087000 Sobic004G251400--Sobic007G109200 Sobic004G251400--Sobic003G173266 Sobic004G251400--Sobic003G169300 Sobic004G251400--Sobic003G172850 Sobic004G337600 Sobic004G337600 Sobic004G251400--Sobic004G337600 Sobic004G251400--Sobic003G172701 Sobic004G251400--Sobic005G110493
Octagon: transcription factors


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