Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G109200.1
Synonym
Functional annotation ATP synthase epsilon chain, putative, expressed
UniProt A0A1B6PH33 , A1E9T0
Pfam PF02823
Panther DB PTHR13822 PTHR13822:SF8
NCBI CDD -
KEGG Orthology K02114; ATPF1E, F-type H+-transporting ATPase subunit epsilon
Gene Ontology GO:0015986; ATP synthesis coupled proton transport


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00470 : ATP synthase epsilon chain
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g58000.1 : ATP synthase epsilon chain, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a057753 , Zm00025a057671 , Zm00025a057583 , Zm00025a057685 , Zm00025a057613 , Zm00025a057156
Brachypodium PNT70990 , PNT75855 , PNT67425 , KQK04349 , PNT60817
Barley HORVU4Hr1G060400.1 , HORVU3Hr1G053790.1 , HORVU3Hr1G053790.2 , HORVU0Hr1G031470.1 , HORVU0Hr1G033800.1 , HORVU0Hr1G026070.1 , HORVU0Hr1G029770.1 , HORVU0Hr1G027510.1 , HORVU0Hr1G036350.1 , HORVU0Hr1G030780.1 , HORVU6Hr1G022990.2 , HORVU1Hr1G039630.1 , HORVU6Hr1G022990.1 , HORVU6Hr1G049250.1 , HORVU6Hr1G049250.4 , HORVU6Hr1G049250.5 , HORVU0Hr1G033060.1 , HORVU0Hr1G028470.1 , AGP50761 , HORVU0Hr1G036860.1 , HORVU5Hr1G064690.1 , HORVU5Hr1G064690.3 , HORVU5Hr1G064690.5
Wheat TraesCS1D02G136000 , TraesCS2D02G584400 , TraesCS4B02G173900
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G087000 ATP synthase subunit beta, putative, expressed K02112: ATPF1B, F-type H+/Na+-transporting ATPase subunit beta
2 Sobic.003G172701 - -
3 Sobic.004G251400 - -
4 Sobic.003G172900 NADPH-dependent oxidoreductase, putative, expressed K05581: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
5 Sobic.002G148166 - -
6 Sobic.006G057050 - -
7 Sobic.003G169300 chloroplast 30S ribosomal protein S2, putative, expressed K02967: RP-S2, MRPS2, small subunit ribosomal protein S2
8 Sobic.003G173266 - K02956: RP-S15, MRPS15, small subunit ribosomal protein S15
9 Sobic.005G110493 - -
10 Sobic.009G148950 - -
11 Sobic.010G052866 - K02892: RP-L23, MRPL23, large subunit ribosomal protein L23
12 Sobic.004G337600 - -
13 Sobic.002G270733 - -
14 Sobic.002G222000 - -
15 Sobic.010G254000 cycloartenol synthase, putative, expressed K19011: achilleol B synthase
16 Sobic.003G172850 - K03043: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
17 Sobic.003G117850 - -
18 Sobic.003G130200 embryonic protein DC-8, putative, expressed -
19 Sobic.003G168425 - K02963: RP-S18, MRPS18, small subunit ribosomal protein S18
20 Sobic.002G150032 - -


Gene co-expression network
sample Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic004G087000 Sobic004G087000 Sobic007G109200--Sobic004G087000 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic007G109200--Sobic003G172701 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic007G109200--Sobic004G251400 Sobic003G172900 Sobic003G172900 Sobic007G109200--Sobic003G172900 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic007G109200--Sobic002G148166 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic007G109200--Sobic006G057050 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic007G109200--Sobic003G169300 Sobic003G173266 Sobic003G173266 Sobic007G109200--Sobic003G173266 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic007G109200--Sobic005G110493 Sobic004G087000--Sobic007G109200 Sobic004G087000--Sobic004G251400 Sobic004G087000--Sobic003G172900 Sobic004G087000--Sobic003G172701 Sobic004G087000--Sobic002G148166 Sobic004G087000--Sobic003G173266 Sobic004G087000--Sobic003G169300 Sobic004G087000--Sobic005G110493 Sobic002G222000 Sobic002G222000 Sobic004G087000--Sobic002G222000 Sobic003G172701--Sobic007G109200 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic003G172701--Sobic009G148950 Sobic003G172701--Sobic005G110493 Sobic003G172701--Sobic002G148166 Sobic003G172701--Sobic006G057050 Sobic003G172701--Sobic004G087000 Sobic003G172701--Sobic003G169300 Sobic002G270733 Sobic002G270733 Sobic003G172701--Sobic002G270733 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic003G172701--Sobic004G210400 Sobic004G251400--Sobic003G172900 Sobic004G251400--Sobic004G087000 Sobic004G251400--Sobic007G109200 Sobic004G251400--Sobic003G173266 Sobic004G251400--Sobic003G169300 Sobic003G172850 Sobic003G172850 Sobic004G251400--Sobic003G172850 Sobic004G337600 Sobic004G337600 Sobic004G251400--Sobic004G337600 Sobic004G251400--Sobic003G172701 Sobic004G251400--Sobic005G110493 Sobic003G172900--Sobic004G251400 Sobic002G150032 Sobic002G150032 Sobic003G172900--Sobic002G150032 Sobic001G266000 Sobic001G266000 Sobic003G172900--Sobic001G266000 Sobic003G172900--Sobic003G173266 Sobic003G172900--Sobic004G087000 Sobic003G172900--Sobic003G172850 Sobic002G044500 Sobic002G044500 Sobic003G172900--Sobic002G044500 Sobic003G172900--Sobic002G222000 Sobic002G149966 Sobic002G149966 Sobic003G172900--Sobic002G149966 Sobic002G150200 Sobic002G150200 Sobic002G148166--Sobic002G150200 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic002G148166--Sobic003G130200 Sobic002G148166--Sobic003G172701 Sobic002G148166--Sobic005G110493 Sobic002G148166--Sobic004G210400 Sobic005G002050 Sobic005G002050 Sobic002G148166--Sobic005G002050 Sobic002G148166--Sobic003G169300 Sobic002G148166--Sobic004G087000 Sobic002G148166--Sobic002G222000 Sobic006G057050--Sobic003G172701 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic006G057050--Sobic009G123100 Sobic004G337850 Sobic004G337850 Sobic006G057050--Sobic004G337850 Sobic006G057050--Sobic009G148950 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic006G057050--Sobic003G172500 Sobic006G057050--Sobic005G110493 Sobic006G057050--Sobic007G109200 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic006G057050--Sobic004G087050 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic006G057050--Sobic010G052866 Sobic003G169300--Sobic005G110493 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic003G169300--Sobic003G168425 Sobic003G169300--Sobic003G173266 Sobic003G169300--Sobic010G052866 Sobic003G169300--Sobic004G087050 Sobic003G169300--Sobic003G172701 Sobic003G169300--Sobic003G172500 Sobic003G169300--Sobic002G148166 Sobic003G169300--Sobic004G251400 Sobic003G173266--Sobic003G169300 Sobic003G173266--Sobic003G172900 Sobic003G173266--Sobic003G172850 Sobic003G173266--Sobic001G266000 Sobic003G173266--Sobic004G251400 Sobic003G173266--Sobic002G222000 Sobic003G173266--Sobic005G110493 Sobic003G173266--Sobic002G148166 Sobic003G173266--Sobic010G052866 Sobic005G110493--Sobic003G169300 Sobic005G110493--Sobic003G168425 Sobic005G110493--Sobic004G087050 Sobic005G110493--Sobic003G172701 Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic005G110493--Sobic010G139200 Sobic005G110493--Sobic003G172500 Sobic005G110493--Sobic003G130200 Sobic005G110493--Sobic002G148166 Sobic005G110493--Sobic010G052866
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.