Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G117850.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A120GUQ0 , A0A1W0VWY8
Pfam -
Panther DB PTHR33078
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG01280 : Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) Zm00025a057600 , Zm00025a057566 , Zm00025a057574 , Zm00025a010032 , Zm00025a010043 , Zm00025a057764 , Zm00025a058108 , Zm00025a009802 , Zm00025a057515
Brachypodium -
Barley AGP50797
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G172600 - -
2 Sobic.003G173116 - K02724: photosystem II PsbZ protein
3 Sobic.001G230050 - K05580: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
4 Sobic.002G270733 - -
5 Sobic.007G207100 chloroplast 30S ribosomal protein S3, putative, expressed K02982: RP-S3, small subunit ribosomal protein S3
6 Sobic.003G172701 - -
7 Sobic.009G148950 - -
8 Sobic.002G148166 - -
9 Sobic.002G150200 cytochrome c biogenesis protein ccsA, putative, expressed -
10 Sobic.004G210400 expressed protein -
11 Sobic.003G169200 chloroplast ATP synthase a chain precursor, putative, expressed K02108: ATPF0A, F-type H+-transporting ATPase subunit a
12 Sobic.K032300 uncharacterized protein ycf72, putative -
13 Sobic.007G109200 ATP synthase epsilon chain, putative, expressed K02114: ATPF1E, F-type H+-transporting ATPase subunit epsilon
14 Sobic.003G159101 - -
15 Sobic.003G130200 embryonic protein DC-8, putative, expressed -
16 Sobic.006G124800 - -
17 Sobic.009G174150 - -
18 Sobic.004G320900 - -
19 Sobic.003G053100 - -
20 Sobic.001G022700 cytochrome P450, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G117850 Sobic003G117850 Sobic003G172600 Sobic003G172600 Sobic003G117850--Sobic003G172600 Sobic003G173116 Sobic003G173116 Sobic003G117850--Sobic003G173116 Sobic001G230050 Sobic001G230050 Sobic003G117850--Sobic001G230050 Sobic002G270733 Sobic002G270733 Sobic003G117850--Sobic002G270733 Sobic007G207100 Sobic007G207100 Sobic003G117850--Sobic007G207100 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic003G117850--Sobic003G172701 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic003G117850--Sobic009G148950 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic003G117850--Sobic002G148166 Sobic002G150200 Sobic002G150200 Sobic003G117850--Sobic002G150200 Sobic003G172600--Sobic001G230050 Sobic006G124800 Sobic006G124800 Sobic003G172600--Sobic006G124800 Sobic003G169200 Sobic003G169200 Sobic003G172600--Sobic003G169200 SobicK032300 SobicK032300 Sobic003G172600--SobicK032300 Sobic003G172600--Sobic003G173116 Sobic005G139900 Sobic005G139900 Sobic003G172600--Sobic005G139900 Sobic003G172600--Sobic003G117850 Sobic010G206600 Sobic010G206600 Sobic003G172600--Sobic010G206600 Sobic001G530201 Sobic001G530201 Sobic003G172600--Sobic001G530201 Sobic003G159101 Sobic003G159101 Sobic003G173116--Sobic003G159101 Sobic003G173116--Sobic001G230050 Sobic003G173116--Sobic005G139900 Sobic009G174150 Sobic009G174150 Sobic003G173116--Sobic009G174150 Sobic003G173116--Sobic003G169200 Sobic003G173116--Sobic003G172600 Sobic001G535850 Sobic001G535850 Sobic003G173116--Sobic001G535850 Sobic003G053100 Sobic003G053100 Sobic003G173116--Sobic003G053100 Sobic003G173116--Sobic010G206600 Sobic001G230050--SobicK032300 Sobic001G230050--Sobic003G169200 Sobic001G230050--Sobic010G206600 Sobic001G230050--Sobic003G172600 Sobic001G230050--Sobic003G173116 Sobic001G394532 Sobic001G394532 Sobic001G230050--Sobic001G394532 Sobic006G183100 Sobic006G183100 Sobic001G230050--Sobic006G183100 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic001G230050--Sobic003G172500 Sobic006G124700 Sobic006G124700 Sobic001G230050--Sobic006G124700 Sobic002G270733--Sobic009G148950 Sobic002G270733--Sobic003G172701 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic002G270733--Sobic004G210400 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic002G270733--Sobic009G123100 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic002G270733--Sobic005G110493 Sobic002G270733--SobicK032300 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic002G270733--Sobic006G057050 Sobic002G270733--Sobic003G172500 Sobic002G270733--Sobic002G148166 Sobic007G207100--Sobic002G150200 Sobic007G207100--Sobic004G210400 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic007G207100--Sobic003G130200 Sobic007G207100--Sobic003G117850 Sobic007G207100--Sobic002G148166 Sobic005G002050 Sobic005G002050 Sobic007G207100--Sobic005G002050 Sobic007G207100--Sobic002G270733 Sobic007G207100--Sobic003G172600 Sobic001G487900 Sobic001G487900 Sobic007G207100--Sobic001G487900 Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic003G172701--Sobic007G109200 Sobic003G172701--Sobic009G148950 Sobic003G172701--Sobic005G110493 Sobic003G172701--Sobic002G148166 Sobic003G172701--Sobic006G057050 Sobic004G087000 Sobic004G087000 Sobic003G172701--Sobic004G087000 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic003G172701--Sobic003G169300 Sobic003G172701--Sobic002G270733 Sobic003G172701--Sobic004G210400 Sobic009G148950--Sobic002G270733 Sobic009G148950--Sobic003G172701 Sobic009G148950--Sobic009G123100 Sobic009G148950--Sobic006G057050 Sobic009G148950--Sobic005G110493 Sobic009G148950--Sobic003G172500 Sobic009G148950--Sobic004G210400 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic009G148950--Sobic004G087050 Sobic009G148950--SobicK032300 Sobic002G148166--Sobic002G150200 Sobic002G148166--Sobic003G130200 Sobic002G148166--Sobic003G172701 Sobic002G148166--Sobic005G110493 Sobic002G148166--Sobic004G210400 Sobic002G148166--Sobic005G002050 Sobic002G148166--Sobic003G169300 Sobic002G148166--Sobic004G087000 Sobic002G222000 Sobic002G222000 Sobic002G148166--Sobic002G222000 Sobic002G150200--Sobic003G130200 Sobic002G150200--Sobic004G210400 Sobic002G150200--Sobic002G148166 Sobic002G150200--Sobic005G002050 Sobic002G150200--Sobic007G207100 Sobic002G150200--Sobic005G110493 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic002G150200--Sobic003G168425 Sobic002G150200--Sobic003G172701 Sobic002G150200--Sobic003G169300
Octagon: transcription factors


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