Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G210400.4,Sobic.004G210400.7,Sobic.004G210400.6,Sobic.004G210400.2,Sobic.004G210400.5,Sobic.004G210400.3,Sobic.004G210400.1
Synonym Sb04g025600
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1Z5RNF4 , A0A194YS00
Pfam PF13365
Panther DB PTHR22939 PTHR22939:SF94
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G27660 : Trypsin family protein with PDZ domain
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g26540.2 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.004G210400


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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3 Sobic.002G148166 - -
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5 Sobic.005G110493 - -
6 Sobic.010G139200 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed -
7 Sobic.004G087050 - -
8 Sobic.003G172701 - -
9 Sobic.005G002050 - -
10 Sobic.002G270733 - -
11 Sobic.009G148950 - -
12 Sobic.003G169300 chloroplast 30S ribosomal protein S2, putative, expressed K02967: RP-S2, MRPS2, small subunit ribosomal protein S2
13 Sobic.K032300 uncharacterized protein ycf72, putative -
14 Sobic.007G207100 chloroplast 30S ribosomal protein S3, putative, expressed K02982: RP-S3, small subunit ribosomal protein S3
15 Sobic.009G123100 - K02710: photosystem II PsbI protein
K02712: photosystem II PsbK protein
16 Sobic.003G172500 - -
17 Sobic.003G166400 - K02911: RP-L32, MRPL32, large subunit ribosomal protein L32
18 Sobic.003G117850 - -
19 Sobic.006G124700 chloroplast 30S ribosomal protein S8, putative, expressed K02994: RP-S8, small subunit ribosomal protein S8
20 Sobic.001G230050 - K05580: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I


Gene co-expression network
sample Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic004G210400--Sobic003G130200 Sobic002G150200 Sobic002G150200 Sobic004G210400--Sobic002G150200 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic004G210400--Sobic002G148166 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic004G210400--Sobic003G168425 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic004G210400--Sobic005G110493 Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic004G210400--Sobic010G139200 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic004G210400--Sobic004G087050 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic004G210400--Sobic003G172701 Sobic005G002050 Sobic005G002050 Sobic004G210400--Sobic005G002050 Sobic003G130200--Sobic002G150200 Sobic003G130200--Sobic004G210400 Sobic003G130200--Sobic002G148166 Sobic003G130200--Sobic005G002050 Sobic003G130200--Sobic005G110493 Sobic003G130200--Sobic003G168425 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic003G130200--Sobic003G169300 Sobic003G130200--Sobic010G139200 Sobic003G130200--Sobic004G087050 Sobic002G150200--Sobic003G130200 Sobic002G150200--Sobic004G210400 Sobic002G150200--Sobic002G148166 Sobic002G150200--Sobic005G002050 Sobic007G207100 Sobic007G207100 Sobic002G150200--Sobic007G207100 Sobic002G150200--Sobic005G110493 Sobic002G150200--Sobic003G168425 Sobic002G150200--Sobic003G172701 Sobic002G150200--Sobic003G169300 Sobic002G148166--Sobic002G150200 Sobic002G148166--Sobic003G130200 Sobic002G148166--Sobic003G172701 Sobic002G148166--Sobic005G110493 Sobic002G148166--Sobic004G210400 Sobic002G148166--Sobic005G002050 Sobic002G148166--Sobic003G169300 Sobic004G087000 Sobic004G087000 Sobic002G148166--Sobic004G087000 Sobic002G222000 Sobic002G222000 Sobic002G148166--Sobic002G222000 Sobic003G168425--Sobic004G087050 Sobic003G168425--Sobic005G110493 Sobic003G168425--Sobic010G139200 Sobic003G168425--Sobic003G169300 Sobic003G171900 Sobic003G171900 Sobic003G168425--Sobic003G171900 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic003G168425--Sobic003G172500 Sobic003G168425--Sobic003G130200 Sobic003G168425--Sobic004G210400 Sobic008G160300 Sobic008G160300 Sobic003G168425--Sobic008G160300 Sobic005G110493--Sobic003G169300 Sobic005G110493--Sobic003G168425 Sobic005G110493--Sobic004G087050 Sobic005G110493--Sobic003G172701 Sobic005G110493--Sobic010G139200 Sobic005G110493--Sobic003G172500 Sobic005G110493--Sobic003G130200 Sobic005G110493--Sobic002G148166 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic005G110493--Sobic010G052866 Sobic010G139200--Sobic004G087050 Sobic010G139200--Sobic003G168425 Sobic010G139200--Sobic005G110493 Sobic010G139200--Sobic003G172500 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic010G139200--Sobic003G168200 Sobic010G139200--Sobic004G210400 Sobic010G139200--Sobic003G169300 SobicK032300 SobicK032300 Sobic010G139200--SobicK032300 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic010G139200--Sobic009G123100 Sobic004G087050--Sobic010G139200 Sobic004G087050--Sobic003G168425 Sobic004G087050--Sobic005G110493 Sobic004G087050--Sobic003G172500 Sobic004G087050--Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic009G123100 Sobic004G087050--Sobic003G169300 Sobic004G087050--Sobic003G171900 Sobic004G087050--Sobic004G210400 Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic003G172701--Sobic007G109200 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic003G172701--Sobic009G148950 Sobic003G172701--Sobic005G110493 Sobic003G172701--Sobic002G148166 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic003G172701--Sobic006G057050 Sobic003G172701--Sobic004G087000 Sobic003G172701--Sobic003G169300 Sobic002G270733 Sobic002G270733 Sobic003G172701--Sobic002G270733 Sobic003G172701--Sobic004G210400 Sobic005G002050--Sobic003G130200 Sobic005G002050--Sobic002G150200 Sobic005G002050--Sobic002G148166 Sobic010G254000 Sobic010G254000 Sobic005G002050--Sobic010G254000 Sobic005G002050--Sobic004G210400 Sobic005G002050--Sobic002G222000 Sobic005G002050--Sobic003G168425 Sobic005G002050--Sobic005G110493 Sobic003G166400 Sobic003G166400 Sobic005G002050--Sobic003G166400
Octagon: transcription factors


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