Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G139200.1
Synonym
Functional annotation photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed
UniProt A0A194YJ37
Pfam PF00421
Panther DB PTHR33180 PTHR33180:SF5
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0016168; chlorophyll binding GO:0016020membrane GO:0009767photosynthetic electron transport chain GO:0009521photosystem


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00680 : photosystem II reaction center protein B
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g39708.1 : photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQK18187 , KQK12113 , PNT67426 , KQJ84939 , KQJ82569 , KQK12741 , KQJ90978
Barley HORVU5Hr1G065050.5 , HORVU5Hr1G065050.7 , HORVU5Hr1G065050.3 , HORVU5Hr1G065050.2 , AGP50780 , HORVU6Hr1G049390.4 , HORVU6Hr1G049390.3 , HORVU6Hr1G049390.2 , HORVU6Hr1G049390.1
Wheat TraesCS1D02G182600
Populus PNT08266 , PNT08271 , PNT12914


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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20 Sobic.003G172701 - -


Gene co-expression network
sample Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic010G139200--Sobic004G087050 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic010G139200--Sobic003G168425 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic010G139200--Sobic005G110493 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic010G139200--Sobic003G172500 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic010G139200--Sobic003G168200 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic010G139200--Sobic004G210400 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic010G139200--Sobic003G169300 SobicK032300 SobicK032300 Sobic010G139200--SobicK032300 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic010G139200--Sobic009G123100 Sobic004G087050--Sobic010G139200 Sobic004G087050--Sobic003G168425 Sobic004G087050--Sobic005G110493 Sobic004G087050--Sobic003G172500 Sobic004G087050--Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic009G123100 Sobic004G087050--Sobic003G169300 Sobic003G171900 Sobic003G171900 Sobic004G087050--Sobic003G171900 Sobic004G087050--Sobic004G210400 Sobic003G168425--Sobic004G087050 Sobic003G168425--Sobic005G110493 Sobic003G168425--Sobic010G139200 Sobic003G168425--Sobic003G169300 Sobic003G168425--Sobic003G171900 Sobic003G168425--Sobic003G172500 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic003G168425--Sobic003G130200 Sobic003G168425--Sobic004G210400 Sobic008G160300 Sobic008G160300 Sobic003G168425--Sobic008G160300 Sobic005G110493--Sobic003G169300 Sobic005G110493--Sobic003G168425 Sobic005G110493--Sobic004G087050 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic005G110493--Sobic003G172701 Sobic005G110493--Sobic010G139200 Sobic005G110493--Sobic003G172500 Sobic005G110493--Sobic003G130200 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic005G110493--Sobic002G148166 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic005G110493--Sobic010G052866 Sobic003G172500--Sobic010G052866 Sobic003G172500--Sobic004G087050 Sobic003G172500--Sobic009G123100 Sobic003G172500--SobicK032300 Sobic003G172500--Sobic010G139200 Sobic003G172500--Sobic005G110493 Sobic006G124700 Sobic006G124700 Sobic003G172500--Sobic006G124700 Sobic003G172500--Sobic003G168425 Sobic003G172500--Sobic003G169300 Sobic007G149200 Sobic007G149200 Sobic003G168200--Sobic007G149200 Sobic002G278100 Sobic002G278100 Sobic003G168200--Sobic002G278100 Sobic003G352000 Sobic003G352000 Sobic003G168200--Sobic003G352000 SobicK029400 SobicK029400 Sobic003G168200--SobicK029400 Sobic003G168200--Sobic004G087050 Sobic010G201266 Sobic010G201266 Sobic003G168200--Sobic010G201266 Sobic003G168200--Sobic010G139200 Sobic003G168200--Sobic008G160300 Sobic003G168200--Sobic003G171900 Sobic004G210400--Sobic003G130200 Sobic002G150200 Sobic002G150200 Sobic004G210400--Sobic002G150200 Sobic004G210400--Sobic002G148166 Sobic004G210400--Sobic003G168425 Sobic004G210400--Sobic005G110493 Sobic004G210400--Sobic010G139200 Sobic004G210400--Sobic004G087050 Sobic004G210400--Sobic003G172701 Sobic005G002050 Sobic005G002050 Sobic004G210400--Sobic005G002050 Sobic003G169300--Sobic005G110493 Sobic003G169300--Sobic003G168425 Sobic003G173266 Sobic003G173266 Sobic003G169300--Sobic003G173266 Sobic003G169300--Sobic010G052866 Sobic003G169300--Sobic004G087050 Sobic003G169300--Sobic003G172701 Sobic003G169300--Sobic003G172500 Sobic003G169300--Sobic002G148166 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic003G169300--Sobic004G251400 Sobic001G230050 Sobic001G230050 SobicK032300--Sobic001G230050 SobicK032300--Sobic003G172500 SobicK032300--Sobic006G124700 Sobic010G206600 Sobic010G206600 SobicK032300--Sobic010G206600 SobicK032300--Sobic009G123100 Sobic006G183100 Sobic006G183100 SobicK032300--Sobic006G183100 SobicK032300--Sobic010G052866 Sobic006G124800 Sobic006G124800 SobicK032300--Sobic006G124800 Sobic003G169200 Sobic003G169200 SobicK032300--Sobic003G169200 Sobic009G123100--Sobic003G172500 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic009G123100--Sobic009G148950 Sobic009G123100--Sobic004G087050 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic009G123100--Sobic006G057050 Sobic009G123100--SobicK032300 Sobic007G145801 Sobic007G145801 Sobic009G123100--Sobic007G145801 Sobic009G123100--Sobic006G124700 Sobic009G123100--Sobic010G139200 Sobic004G337850 Sobic004G337850 Sobic009G123100--Sobic004G337850
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