Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G172500.1
Synonym
Functional annotation -
UniProt A0A109NDE2
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQJ96839 , KQK17092 , KQJ95661 , KQK18204 , KQJ82788
Barley -
Wheat TraesCS2A02G210800 , TraesCS1D02G417800
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.010G052866 - K02892: RP-L23, MRPL23, large subunit ribosomal protein L23
2 Sobic.004G087050 - -
3 Sobic.009G123100 - K02710: photosystem II PsbI protein
K02712: photosystem II PsbK protein
4 Sobic.K032300 uncharacterized protein ycf72, putative -
5 Sobic.010G139200 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed -
6 Sobic.005G110493 - -
7 Sobic.006G124700 chloroplast 30S ribosomal protein S8, putative, expressed K02994: RP-S8, small subunit ribosomal protein S8
8 Sobic.003G168425 - K02963: RP-S18, MRPS18, small subunit ribosomal protein S18
9 Sobic.003G169300 chloroplast 30S ribosomal protein S2, putative, expressed K02967: RP-S2, MRPS2, small subunit ribosomal protein S2
10 Sobic.003G168200 - -
11 Sobic.006G057050 - -
12 Sobic.001G230050 - K05580: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
13 Sobic.009G148950 - -
14 Sobic.010G206600 NADPH-dependent oxidoreductase, putative, expressed -
15 Sobic.003G171900 - -
16 Sobic.006G183100 RFC2 - Putative clamp loader of PCNA, replication factor C subunit 2, expressed K10755: replication factor C subunit 2/4
17 Sobic.003G172701 - -
18 Sobic.008G160300 NADPH-dependent oxidoreductase, putative K05576: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L
19 Sobic.002G270733 - -
20 Sobic.003G169100 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed K02704: photosystem II CP47 chlorophyll apoprotein


Gene co-expression network
sample Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic003G172500--Sobic010G052866 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic003G172500--Sobic004G087050 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic003G172500--Sobic009G123100 SobicK032300 SobicK032300 Sobic003G172500--SobicK032300 Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic003G172500--Sobic010G139200 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic003G172500--Sobic005G110493 Sobic006G124700 Sobic006G124700 Sobic003G172500--Sobic006G124700 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic003G172500--Sobic003G168425 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic003G172500--Sobic003G169300 Sobic010G052866--Sobic003G172500 Sobic010G052866--Sobic003G169300 Sobic010G052866--Sobic005G110493 Sobic010G052866--SobicK032300 Sobic003G173266 Sobic003G173266 Sobic010G052866--Sobic003G173266 Sobic010G052866--Sobic004G087050 Sobic010G052866--Sobic003G168425 Sobic003G168800 Sobic003G168800 Sobic010G052866--Sobic003G168800 Sobic001G230050 Sobic001G230050 Sobic010G052866--Sobic001G230050 Sobic004G087050--Sobic010G139200 Sobic004G087050--Sobic003G168425 Sobic004G087050--Sobic005G110493 Sobic004G087050--Sobic003G172500 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic009G123100 Sobic004G087050--Sobic003G169300 Sobic003G171900 Sobic003G171900 Sobic004G087050--Sobic003G171900 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic004G087050--Sobic004G210400 Sobic009G123100--Sobic003G172500 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic009G123100--Sobic009G148950 Sobic009G123100--Sobic004G087050 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic009G123100--Sobic006G057050 Sobic009G123100--SobicK032300 Sobic007G145801 Sobic007G145801 Sobic009G123100--Sobic007G145801 Sobic009G123100--Sobic006G124700 Sobic009G123100--Sobic010G139200 Sobic004G337850 Sobic004G337850 Sobic009G123100--Sobic004G337850 SobicK032300--Sobic001G230050 SobicK032300--Sobic003G172500 SobicK032300--Sobic006G124700 Sobic010G206600 Sobic010G206600 SobicK032300--Sobic010G206600 SobicK032300--Sobic009G123100 Sobic006G183100 Sobic006G183100 SobicK032300--Sobic006G183100 SobicK032300--Sobic010G052866 Sobic006G124800 Sobic006G124800 SobicK032300--Sobic006G124800 Sobic003G169200 Sobic003G169200 SobicK032300--Sobic003G169200 Sobic010G139200--Sobic004G087050 Sobic010G139200--Sobic003G168425 Sobic010G139200--Sobic005G110493 Sobic010G139200--Sobic003G172500 Sobic010G139200--Sobic003G168200 Sobic010G139200--Sobic004G210400 Sobic010G139200--Sobic003G169300 Sobic010G139200--SobicK032300 Sobic010G139200--Sobic009G123100 Sobic005G110493--Sobic003G169300 Sobic005G110493--Sobic003G168425 Sobic005G110493--Sobic004G087050 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic005G110493--Sobic003G172701 Sobic005G110493--Sobic010G139200 Sobic005G110493--Sobic003G172500 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic005G110493--Sobic003G130200 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic005G110493--Sobic002G148166 Sobic005G110493--Sobic010G052866 Sobic006G124700--SobicK032300 Sobic006G124700--Sobic003G172500 Sobic006G124700--Sobic006G183100 Sobic006G124700--Sobic009G123100 Sobic006G124700--Sobic001G230050 Sobic006G124700--Sobic010G206600 Sobic006G124700--Sobic010G052866 Sobic006G124700--Sobic004G087050 Sobic006G124700--Sobic010G139200 Sobic003G168425--Sobic004G087050 Sobic003G168425--Sobic005G110493 Sobic003G168425--Sobic010G139200 Sobic003G168425--Sobic003G169300 Sobic003G168425--Sobic003G171900 Sobic003G168425--Sobic003G172500 Sobic003G168425--Sobic003G130200 Sobic003G168425--Sobic004G210400 Sobic008G160300 Sobic008G160300 Sobic003G168425--Sobic008G160300 Sobic003G169300--Sobic005G110493 Sobic003G169300--Sobic003G168425 Sobic003G169300--Sobic003G173266 Sobic003G169300--Sobic010G052866 Sobic003G169300--Sobic004G087050 Sobic003G169300--Sobic003G172701 Sobic003G169300--Sobic003G172500 Sobic003G169300--Sobic002G148166 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic003G169300--Sobic004G251400
Octagon: transcription factors


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