Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G052866.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1W0VRK1 , A1E9T3 , A1E9W7
Pfam PF00276
Panther DB PTHR11620 PTHR11620:SF16
NCBI CDD -
KEGG Orthology K02892; RP-L23, MRPL23, large subunit ribosomal protein L23
Gene Ontology GO:0006412; translation GO:0005840ribosome GO:0003735structural constituent of ribosome


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00840 : ribosomal protein L23.1
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g25014.1 : chloroplast 50S ribosomal protein L23, putative
MaizeGDB (Corn) Zm00025a025265
Brachypodium PNT75428
Barley HORVU5Hr1G064700.1 , AGP50796 , HORVU2Hr1G121870.1 , HORVU5Hr1G004540.1 , HORVU5Hr1G064900.1 , HORVU6Hr1G049270.2 , HORVU0Hr1G024930.1 , HORVU0Hr1G034740.1 , HORVU6Hr1G049270.1 , HORVU3Hr1G074860.1
Wheat TraesCS5A02G436900
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G172500 - -
2 Sobic.003G169300 chloroplast 30S ribosomal protein S2, putative, expressed K02967: RP-S2, MRPS2, small subunit ribosomal protein S2
3 Sobic.005G110493 - -
4 Sobic.K032300 uncharacterized protein ycf72, putative -
5 Sobic.003G173266 - K02956: RP-S15, MRPS15, small subunit ribosomal protein S15
6 Sobic.004G087050 - -
7 Sobic.003G168425 - K02963: RP-S18, MRPS18, small subunit ribosomal protein S18
8 Sobic.003G168800 photosystem II reaction center protein H, putative, expressed K02709: photosystem II PsbH protein
9 Sobic.001G230050 - K05580: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
10 Sobic.006G124700 chloroplast 30S ribosomal protein S8, putative, expressed K02994: RP-S8, small subunit ribosomal protein S8
11 Sobic.009G123100 - K02710: photosystem II PsbI protein
K02712: photosystem II PsbK protein
12 Sobic.003G172850 - K03043: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
13 Sobic.003G172701 - -
14 Sobic.010G139200 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed -
15 Sobic.006G057050 - -
16 Sobic.003G171900 - -
17 Sobic.010G206600 NADPH-dependent oxidoreductase, putative, expressed -
18 Sobic.004G251400 - -
19 Sobic.009G174150 - -
20 Sobic.001G394532 - K02110: ATPF0C, F-type H+-transporting ATPase subunit c


Gene co-expression network
sample Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic010G052866--Sobic003G172500 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic010G052866--Sobic003G169300 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic010G052866--Sobic005G110493 SobicK032300 SobicK032300 Sobic010G052866--SobicK032300 Sobic003G173266 Sobic003G173266 Sobic010G052866--Sobic003G173266 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic010G052866--Sobic004G087050 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic010G052866--Sobic003G168425 Sobic003G168800 Sobic003G168800 Sobic010G052866--Sobic003G168800 Sobic001G230050 Sobic001G230050 Sobic010G052866--Sobic001G230050 Sobic003G172500--Sobic010G052866 Sobic003G172500--Sobic004G087050 Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic003G172500--Sobic009G123100 Sobic003G172500--SobicK032300 Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic003G172500--Sobic010G139200 Sobic003G172500--Sobic005G110493 Sobic006G124700 Sobic006G124700 Sobic003G172500--Sobic006G124700 Sobic003G172500--Sobic003G168425 Sobic003G172500--Sobic003G169300 Sobic003G169300--Sobic005G110493 Sobic003G169300--Sobic003G168425 Sobic003G169300--Sobic003G173266 Sobic003G169300--Sobic010G052866 Sobic003G169300--Sobic004G087050 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic003G169300--Sobic003G172701 Sobic003G169300--Sobic003G172500 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic003G169300--Sobic002G148166 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic003G169300--Sobic004G251400 Sobic005G110493--Sobic003G169300 Sobic005G110493--Sobic003G168425 Sobic005G110493--Sobic004G087050 Sobic005G110493--Sobic003G172701 Sobic005G110493--Sobic010G139200 Sobic005G110493--Sobic003G172500 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic005G110493--Sobic003G130200 Sobic005G110493--Sobic002G148166 Sobic005G110493--Sobic010G052866 SobicK032300--Sobic001G230050 SobicK032300--Sobic003G172500 SobicK032300--Sobic006G124700 Sobic010G206600 Sobic010G206600 SobicK032300--Sobic010G206600 SobicK032300--Sobic009G123100 Sobic006G183100 Sobic006G183100 SobicK032300--Sobic006G183100 SobicK032300--Sobic010G052866 Sobic006G124800 Sobic006G124800 SobicK032300--Sobic006G124800 Sobic003G169200 Sobic003G169200 SobicK032300--Sobic003G169200 Sobic003G173266--Sobic003G169300 Sobic003G172900 Sobic003G172900 Sobic003G173266--Sobic003G172900 Sobic003G172850 Sobic003G172850 Sobic003G173266--Sobic003G172850 Sobic001G266000 Sobic001G266000 Sobic003G173266--Sobic001G266000 Sobic003G173266--Sobic004G251400 Sobic002G222000 Sobic002G222000 Sobic003G173266--Sobic002G222000 Sobic003G173266--Sobic005G110493 Sobic003G173266--Sobic002G148166 Sobic003G173266--Sobic010G052866 Sobic004G087050--Sobic010G139200 Sobic004G087050--Sobic003G168425 Sobic004G087050--Sobic005G110493 Sobic004G087050--Sobic003G172500 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic009G123100 Sobic004G087050--Sobic003G169300 Sobic003G171900 Sobic003G171900 Sobic004G087050--Sobic003G171900 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic004G087050--Sobic004G210400 Sobic003G168425--Sobic004G087050 Sobic003G168425--Sobic005G110493 Sobic003G168425--Sobic010G139200 Sobic003G168425--Sobic003G169300 Sobic003G168425--Sobic003G171900 Sobic003G168425--Sobic003G172500 Sobic003G168425--Sobic003G130200 Sobic003G168425--Sobic004G210400 Sobic008G160300 Sobic008G160300 Sobic003G168425--Sobic008G160300 Sobic003G168800--Sobic003G172850 Sobic003G168800--Sobic010G052866 Sobic003G344300 Sobic003G344300 Sobic003G168800--Sobic003G344300 Sobic006G192600 Sobic006G192600 Sobic003G168800--Sobic006G192600 Sobic001G293900 Sobic001G293900 Sobic003G168800--Sobic001G293900 Sobic010G132200 Sobic010G132200 Sobic003G168800--Sobic010G132200 Sobic003G168800--Sobic004G251400 Sobic003G168800--Sobic003G173266 Sobic003G168500 Sobic003G168500 Sobic003G168800--Sobic003G168500 Sobic001G230050--SobicK032300 Sobic001G230050--Sobic003G169200 Sobic001G230050--Sobic010G206600 Sobic003G172600 Sobic003G172600 Sobic001G230050--Sobic003G172600 Sobic003G173116 Sobic003G173116 Sobic001G230050--Sobic003G173116 Sobic001G394532 Sobic001G394532 Sobic001G230050--Sobic001G394532 Sobic001G230050--Sobic006G183100 Sobic001G230050--Sobic003G172500 Sobic001G230050--Sobic006G124700
Octagon: transcription factors


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