Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G123100.1
Synonym
Functional annotation -
UniProt Q6PT68 , A0A1B6P829 , A1E9Q8
Pfam PF02532
Panther DB PTHR35772 PTHR35772:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology K02710; photosystem II PsbI protein K02712photosystem II PsbK protein
Gene Ontology GO:0016020; membrane GO:0015979photosynthesis GO:0009539photosystem II reaction center GO:0009523photosystem II


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00080 : photosystem II reaction center protein I
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQK06541
Barley HORVU0Hr1G034290.1 , AGP50739
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G172500 - -
2 Sobic.009G148950 - -
3 Sobic.004G087050 - -
4 Sobic.006G057050 - -
5 Sobic.K032300 uncharacterized protein ycf72, putative -
6 Sobic.007G145801 - K02712: photosystem II PsbK protein
7 Sobic.006G124700 chloroplast 30S ribosomal protein S8, putative, expressed K02994: RP-S8, small subunit ribosomal protein S8
8 Sobic.010G139200 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed -
9 Sobic.004G337850 - -
10 Sobic.005G110493 - -
11 Sobic.003G172701 - -
12 Sobic.003G168425 - K02963: RP-S18, MRPS18, small subunit ribosomal protein S18
13 Sobic.002G270733 - -
14 Sobic.003G168200 - -
15 Sobic.010G052866 - K02892: RP-L23, MRPL23, large subunit ribosomal protein L23
16 Sobic.003G169100 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed K02704: photosystem II CP47 chlorophyll apoprotein
17 Sobic.006G183100 RFC2 - Putative clamp loader of PCNA, replication factor C subunit 2, expressed K10755: replication factor C subunit 2/4
18 Sobic.004G210400 expressed protein -
19 Sobic.001G230050 - K05580: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
20 Sobic.006G124800 - -


Gene co-expression network
sample Sobic009G123100 Sobic009G123100 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic009G123100--Sobic003G172500 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic009G123100--Sobic009G148950 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic009G123100--Sobic004G087050 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic009G123100--Sobic006G057050 SobicK032300 SobicK032300 Sobic009G123100--SobicK032300 Sobic007G145801 Sobic007G145801 Sobic009G123100--Sobic007G145801 Sobic006G124700 Sobic006G124700 Sobic009G123100--Sobic006G124700 Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic009G123100--Sobic010G139200 Sobic004G337850 Sobic004G337850 Sobic009G123100--Sobic004G337850 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic003G172500--Sobic010G052866 Sobic003G172500--Sobic004G087050 Sobic003G172500--Sobic009G123100 Sobic003G172500--SobicK032300 Sobic003G172500--Sobic010G139200 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic003G172500--Sobic005G110493 Sobic003G172500--Sobic006G124700 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic003G172500--Sobic003G168425 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic003G172500--Sobic003G169300 Sobic002G270733 Sobic002G270733 Sobic009G148950--Sobic002G270733 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic009G148950--Sobic003G172701 Sobic009G148950--Sobic009G123100 Sobic009G148950--Sobic006G057050 Sobic009G148950--Sobic005G110493 Sobic009G148950--Sobic003G172500 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic009G148950--Sobic004G210400 Sobic009G148950--Sobic004G087050 Sobic009G148950--SobicK032300 Sobic004G087050--Sobic010G139200 Sobic004G087050--Sobic003G168425 Sobic004G087050--Sobic005G110493 Sobic004G087050--Sobic003G172500 Sobic003G168200 Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic003G168200 Sobic004G087050--Sobic009G123100 Sobic004G087050--Sobic003G169300 Sobic003G171900 Sobic003G171900 Sobic004G087050--Sobic003G171900 Sobic004G087050--Sobic004G210400 Sobic006G057050--Sobic003G172701 Sobic006G057050--Sobic009G123100 Sobic006G057050--Sobic004G337850 Sobic006G057050--Sobic009G148950 Sobic006G057050--Sobic003G172500 Sobic006G057050--Sobic005G110493 Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic006G057050--Sobic007G109200 Sobic006G057050--Sobic004G087050 Sobic006G057050--Sobic010G052866 Sobic001G230050 Sobic001G230050 SobicK032300--Sobic001G230050 SobicK032300--Sobic003G172500 SobicK032300--Sobic006G124700 Sobic010G206600 Sobic010G206600 SobicK032300--Sobic010G206600 SobicK032300--Sobic009G123100 Sobic006G183100 Sobic006G183100 SobicK032300--Sobic006G183100 SobicK032300--Sobic010G052866 Sobic006G124800 Sobic006G124800 SobicK032300--Sobic006G124800 Sobic003G169200 Sobic003G169200 SobicK032300--Sobic003G169200 Sobic007G145801--Sobic009G123100 Sobic003G169100 Sobic003G169100 Sobic007G145801--Sobic003G169100 Sobic005G139750 Sobic005G139750 Sobic007G145801--Sobic005G139750 Sobic007G145801--Sobic006G124800 Sobic007G145801--SobicK032300 Sobic007G145801--Sobic010G206600 Sobic007G145801--Sobic006G183100 Sobic007G145801--Sobic009G148950 Sobic007G145801--Sobic006G124700 Sobic006G124700--SobicK032300 Sobic006G124700--Sobic003G172500 Sobic006G124700--Sobic006G183100 Sobic006G124700--Sobic009G123100 Sobic006G124700--Sobic001G230050 Sobic006G124700--Sobic010G206600 Sobic006G124700--Sobic010G052866 Sobic006G124700--Sobic004G087050 Sobic006G124700--Sobic010G139200 Sobic010G139200--Sobic004G087050 Sobic010G139200--Sobic003G168425 Sobic010G139200--Sobic005G110493 Sobic010G139200--Sobic003G172500 Sobic010G139200--Sobic003G168200 Sobic010G139200--Sobic004G210400 Sobic010G139200--Sobic003G169300 Sobic010G139200--SobicK032300 Sobic010G139200--Sobic009G123100 Sobic004G337850--Sobic006G057050 Sobic004G337850--Sobic009G123100 Sobic003G352000 Sobic003G352000 Sobic004G337850--Sobic003G352000 Sobic010G035600 Sobic010G035600 Sobic004G337850--Sobic010G035600 Sobic004G337850--Sobic007G145801 Sobic004G337850--Sobic003G172500 SobicK029400 SobicK029400 Sobic004G337850--SobicK029400 Sobic004G337850--Sobic003G168200 Sobic004G337850--Sobic009G148950
Octagon: transcription factors


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