Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G150200.1
Synonym
Functional annotation cytochrome c biogenesis protein ccsA, putative, expressed
UniProt A0A109NDE3 , A0A1B6QBH5 , A1E9X3
Pfam PF01578
Panther DB PTHR30071 PTHR30071:SF8
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0017004; cytochrome complex assembly


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG01040 : Cytochrome C assembly protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g46434.1 : cytochrome c biogenesis protein ccsA, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQK04341
Barley HORVU1Hr1G048150.1 , AGP50804
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G130200 embryonic protein DC-8, putative, expressed -
2 Sobic.004G210400 expressed protein -
3 Sobic.002G148166 - -
4 Sobic.005G002050 - -
5 Sobic.007G207100 chloroplast 30S ribosomal protein S3, putative, expressed K02982: RP-S3, small subunit ribosomal protein S3
6 Sobic.005G110493 - -
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8 Sobic.003G172701 - -
9 Sobic.003G169300 chloroplast 30S ribosomal protein S2, putative, expressed K02967: RP-S2, MRPS2, small subunit ribosomal protein S2
10 Sobic.010G139200 photosystem II P680 chlorophyll A apoprotein, putative, expressed -
11 Sobic.003G166400 - K02911: RP-L32, MRPL32, large subunit ribosomal protein L32
12 Sobic.004G087050 - -
13 Sobic.002G270733 - -
14 Sobic.010G254000 cycloartenol synthase, putative, expressed K19011: achilleol B synthase
15 Sobic.002G222000 - -
16 Sobic.009G148950 - -
17 Sobic.003G117850 - -
18 Sobic.003G173266 - K02956: RP-S15, MRPS15, small subunit ribosomal protein S15
19 Sobic.K032300 uncharacterized protein ycf72, putative -
20 Sobic.004G087000 ATP synthase subunit beta, putative, expressed K02112: ATPF1B, F-type H+/Na+-transporting ATPase subunit beta


Gene co-expression network
sample Sobic002G150200 Sobic002G150200 Sobic003G130200 Sobic003G130200 Sobic002G150200--Sobic003G130200 Sobic004G210400 Sobic004G210400 Sobic002G150200--Sobic004G210400 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic002G150200--Sobic002G148166 Sobic005G002050 Sobic005G002050 Sobic002G150200--Sobic005G002050 Sobic007G207100 Sobic007G207100 Sobic002G150200--Sobic007G207100 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic002G150200--Sobic005G110493 Sobic003G168425 Sobic003G168425 Sobic002G150200--Sobic003G168425 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic002G150200--Sobic003G172701 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic002G150200--Sobic003G169300 Sobic003G130200--Sobic002G150200 Sobic003G130200--Sobic004G210400 Sobic003G130200--Sobic002G148166 Sobic003G130200--Sobic005G002050 Sobic003G130200--Sobic005G110493 Sobic003G130200--Sobic003G168425 Sobic003G130200--Sobic003G169300 Sobic010G139200 Sobic010G139200 Sobic003G130200--Sobic010G139200 Sobic004G087050 Sobic004G087050 Sobic003G130200--Sobic004G087050 Sobic004G210400--Sobic003G130200 Sobic004G210400--Sobic002G150200 Sobic004G210400--Sobic002G148166 Sobic004G210400--Sobic003G168425 Sobic004G210400--Sobic005G110493 Sobic004G210400--Sobic010G139200 Sobic004G210400--Sobic004G087050 Sobic004G210400--Sobic003G172701 Sobic004G210400--Sobic005G002050 Sobic002G148166--Sobic002G150200 Sobic002G148166--Sobic003G130200 Sobic002G148166--Sobic003G172701 Sobic002G148166--Sobic005G110493 Sobic002G148166--Sobic004G210400 Sobic002G148166--Sobic005G002050 Sobic002G148166--Sobic003G169300 Sobic004G087000 Sobic004G087000 Sobic002G148166--Sobic004G087000 Sobic002G222000 Sobic002G222000 Sobic002G148166--Sobic002G222000 Sobic005G002050--Sobic003G130200 Sobic005G002050--Sobic002G150200 Sobic005G002050--Sobic002G148166 Sobic010G254000 Sobic010G254000 Sobic005G002050--Sobic010G254000 Sobic005G002050--Sobic004G210400 Sobic005G002050--Sobic002G222000 Sobic005G002050--Sobic003G168425 Sobic005G002050--Sobic005G110493 Sobic003G166400 Sobic003G166400 Sobic005G002050--Sobic003G166400 Sobic007G207100--Sobic002G150200 Sobic007G207100--Sobic004G210400 Sobic007G207100--Sobic003G130200 Sobic003G117850 Sobic003G117850 Sobic007G207100--Sobic003G117850 Sobic007G207100--Sobic002G148166 Sobic007G207100--Sobic005G002050 Sobic002G270733 Sobic002G270733 Sobic007G207100--Sobic002G270733 Sobic003G172600 Sobic003G172600 Sobic007G207100--Sobic003G172600 Sobic001G487900 Sobic001G487900 Sobic007G207100--Sobic001G487900 Sobic005G110493--Sobic003G169300 Sobic005G110493--Sobic003G168425 Sobic005G110493--Sobic004G087050 Sobic005G110493--Sobic003G172701 Sobic005G110493--Sobic010G139200 Sobic003G172500 Sobic003G172500 Sobic005G110493--Sobic003G172500 Sobic005G110493--Sobic003G130200 Sobic005G110493--Sobic002G148166 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic005G110493--Sobic010G052866 Sobic003G168425--Sobic004G087050 Sobic003G168425--Sobic005G110493 Sobic003G168425--Sobic010G139200 Sobic003G168425--Sobic003G169300 Sobic003G171900 Sobic003G171900 Sobic003G168425--Sobic003G171900 Sobic003G168425--Sobic003G172500 Sobic003G168425--Sobic003G130200 Sobic003G168425--Sobic004G210400 Sobic008G160300 Sobic008G160300 Sobic003G168425--Sobic008G160300 Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic003G172701--Sobic007G109200 Sobic009G148950 Sobic009G148950 Sobic003G172701--Sobic009G148950 Sobic003G172701--Sobic005G110493 Sobic003G172701--Sobic002G148166 Sobic006G057050 Sobic006G057050 Sobic003G172701--Sobic006G057050 Sobic003G172701--Sobic004G087000 Sobic003G172701--Sobic003G169300 Sobic003G172701--Sobic002G270733 Sobic003G172701--Sobic004G210400 Sobic003G169300--Sobic005G110493 Sobic003G169300--Sobic003G168425 Sobic003G173266 Sobic003G173266 Sobic003G169300--Sobic003G173266 Sobic003G169300--Sobic010G052866 Sobic003G169300--Sobic004G087050 Sobic003G169300--Sobic003G172701 Sobic003G169300--Sobic003G172500 Sobic003G169300--Sobic002G148166 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic003G169300--Sobic004G251400
Octagon: transcription factors


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