Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G123800.1
Synonym
Functional annotation -
UniProt A0A1B6PLM5
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G266000 OsClp10 - Putative Clp protease homologue, expressed -
2 Sobic.003G173266 - K02956: RP-S15, MRPS15, small subunit ribosomal protein S15
3 Sobic.002G288700 - K02711: photosystem II PsbJ protein
4 Sobic.003G172850 - K03043: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
5 Sobic.003G172900 NADPH-dependent oxidoreductase, putative, expressed K05581: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
6 Sobic.002G014900 OsFBD13 - F-box and FBD domain containing protein, expressed -
7 Sobic.002G150032 - -
8 Sobic.004G251400 - -
9 Sobic.007G223250 - -
10 Sobic.002G222000 - -
11 Sobic.004G087000 ATP synthase subunit beta, putative, expressed K02112: ATPF1B, F-type H+/Na+-transporting ATPase subunit beta
12 Sobic.003G169300 chloroplast 30S ribosomal protein S2, putative, expressed K02967: RP-S2, MRPS2, small subunit ribosomal protein S2
13 Sobic.007G109200 ATP synthase epsilon chain, putative, expressed K02114: ATPF1E, F-type H+-transporting ATPase subunit epsilon
14 Sobic.003G168800 photosystem II reaction center protein H, putative, expressed K02709: photosystem II PsbH protein
15 Sobic.002G149966 - -
16 Sobic.010G052866 - K02892: RP-L23, MRPL23, large subunit ribosomal protein L23
17 Sobic.002G148166 - -
18 Sobic.005G146900 membrane associated DUF588 domain containing protein, putative, expressed -
19 Sobic.010G254000 cycloartenol synthase, putative, expressed K19011: achilleol B synthase
20 Sobic.002G044500 chloroplast 30S ribosomal protein S16, putative, expressed K02959: RP-S16, MRPS16, small subunit ribosomal protein S16


Gene co-expression network
sample Sobic006G123800 Sobic006G123800 Sobic001G266000 Sobic001G266000 Sobic006G123800--Sobic001G266000 Sobic003G173266 Sobic003G173266 Sobic006G123800--Sobic003G173266 Sobic002G288700 Sobic002G288700 Sobic006G123800--Sobic002G288700 Sobic003G172850 Sobic003G172850 Sobic006G123800--Sobic003G172850 Sobic003G172900 Sobic003G172900 Sobic006G123800--Sobic003G172900 Sobic002G014900 Sobic002G014900 Sobic006G123800--Sobic002G014900 Sobic002G150032 Sobic002G150032 Sobic006G123800--Sobic002G150032 Sobic004G251400 Sobic004G251400 Sobic006G123800--Sobic004G251400 Sobic007G223250 Sobic007G223250 Sobic006G123800--Sobic007G223250 Sobic001G266000--Sobic002G150032 Sobic001G266000--Sobic003G172900 Sobic002G149966 Sobic002G149966 Sobic001G266000--Sobic002G149966 Sobic001G266000--Sobic003G172850 Sobic001G266000--Sobic003G173266 Sobic001G266000--Sobic002G014900 Sobic002G044500 Sobic002G044500 Sobic001G266000--Sobic002G044500 Sobic002G222000 Sobic002G222000 Sobic001G266000--Sobic002G222000 Sobic001G266000--Sobic006G123800 Sobic003G169300 Sobic003G169300 Sobic003G173266--Sobic003G169300 Sobic003G173266--Sobic003G172900 Sobic003G173266--Sobic003G172850 Sobic003G173266--Sobic001G266000 Sobic003G173266--Sobic004G251400 Sobic003G173266--Sobic002G222000 Sobic005G110493 Sobic005G110493 Sobic003G173266--Sobic005G110493 Sobic002G148166 Sobic002G148166 Sobic003G173266--Sobic002G148166 Sobic010G052866 Sobic010G052866 Sobic003G173266--Sobic010G052866 Sobic002G288700--Sobic007G223250 Sobic002G288700--Sobic006G123800 Sobic004G087000 Sobic004G087000 Sobic002G288700--Sobic004G087000 Sobic002G288700--Sobic003G173266 Sobic002G288700--Sobic001G266000 Sobic002G288700--Sobic002G014900 Sobic007G109200 Sobic007G109200 Sobic002G288700--Sobic007G109200 Sobic002G288700--Sobic003G172900 Sobic002G288700--Sobic004G251400 Sobic003G168500 Sobic003G168500 Sobic003G172850--Sobic003G168500 Sobic003G172850--Sobic001G266000 Sobic003G172850--Sobic003G173266 Sobic003G172850--Sobic002G044500 Sobic003G172850--Sobic003G172900 Sobic003G172850--Sobic002G150032 Sobic003G172850--Sobic003G169300 Sobic003G168800 Sobic003G168800 Sobic003G172850--Sobic003G168800 Sobic003G172850--Sobic004G251400 Sobic003G172900--Sobic004G251400 Sobic003G172900--Sobic002G150032 Sobic003G172900--Sobic001G266000 Sobic003G172900--Sobic003G173266 Sobic003G172900--Sobic004G087000 Sobic003G172900--Sobic003G172850 Sobic003G172900--Sobic002G044500 Sobic003G172900--Sobic002G222000 Sobic003G172900--Sobic002G149966 Sobic002G014900--Sobic002G150032 Sobic002G014900--Sobic001G266000 Sobic002G014900--Sobic002G149966 Sobic002G014900--Sobic003G172900 Sobic002G014900--Sobic003G172850 Sobic002G014900--Sobic002G044500 Sobic006G124850 Sobic006G124850 Sobic002G014900--Sobic006G124850 Sobic002G014900--Sobic004G251400 Sobic003G290050 Sobic003G290050 Sobic002G014900--Sobic003G290050 Sobic002G150032--Sobic002G149966 Sobic002G150032--Sobic002G014900 Sobic002G150032--Sobic001G266000 Sobic002G150032--Sobic003G172900 Sobic002G150032--Sobic002G044500 Sobic002G150032--Sobic003G172850 Sobic002G150032--Sobic003G290050 Sobic002G150032--Sobic006G124850 Sobic002G150032--Sobic004G251400 Sobic004G251400--Sobic003G172900 Sobic004G251400--Sobic004G087000 Sobic004G251400--Sobic007G109200 Sobic004G251400--Sobic003G173266 Sobic004G251400--Sobic003G169300 Sobic004G251400--Sobic003G172850 Sobic004G337600 Sobic004G337600 Sobic004G251400--Sobic004G337600 Sobic003G172701 Sobic003G172701 Sobic004G251400--Sobic003G172701 Sobic004G251400--Sobic005G110493 Sobic007G223250--Sobic002G288700 Sobic007G223250--Sobic002G014900 Sobic007G223250--Sobic004G087000 Sobic007G223250--Sobic006G123800 Sobic007G223250--Sobic001G266000 Sobic007G223250--Sobic002G150032 Sobic007G223250--Sobic003G172900 Sobic007G223250--Sobic004G251400 Sobic007G223250--Sobic007G109200
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.