Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G110900.1
Synonym
Functional annotation E2F-related protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6PCX4
Pfam -
Panther DB PTHR13462 PTHR13462:SF19
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G57610 : Protein of unknown function (DUF607)
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g03130.1 : E2F-related protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a029002
Brachypodium KQJ89492
Barley HORVU5Hr1G045710.2 , HORVU5Hr1G045710.3 , HORVU5Hr1G045710.6
Wheat TraesCS4B02G124300 , TraesCS5A02G143900 , TraesCS5B02G143000
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G203400 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@NBS-LRR type disease resistance protein, putative, expressed -
2 Sobic.004G046001 - -
3 Sobic.002G088800 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide, putative, expressed -
4 Sobic.008G182500 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence./late senescence marker during developmental senescence(PubMedID : 27586543)@thaumatin, putative, expressed -
5 Sobic.008G076900 expressed protein -
6 Sobic.002G060500 OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed -
7 Sobic.005G054600 pollen signalling protein with adenylyl cyclase activity, putative, expressed -
8 Sobic.005G148400 OsFBX404 - F-box domain containing protein, expressed -
9 Sobic.005G171600 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@expressed protein -
10 Sobic.003G219000 integral membrane protein TmpA, putative, expressed -
11 Sobic.005G148500 OsFBX402 - F-box domain containing protein, expressed -
12 Sobic.007G104300 Leucine Rich Repeat family protein, expressed -
13 Sobic.007G147901 - -
14 Sobic.001G164200 cytochrome P450, putative, expressed -
15 Sobic.001G527600 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@radical SAM enzyme, putative, expressed K02495: hemN, oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase
16 Sobic.008G049000 diacylglycerol O-acyltransferase, putative, expressed -
17 Sobic.001G182300 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
18 Sobic.006G132200 CHIT3 - Chitinase family protein precursor, expressed K01183: chitinase
19 Sobic.009G026400 - -
20 Sobic.005G054000 pollen signalling protein with adenylyl cyclase activity, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic008G110900 Sobic008G110900 Sobic005G203400 Sobic005G203400 Sobic008G110900--Sobic005G203400 Sobic004G046001 Sobic004G046001 Sobic008G110900--Sobic004G046001 Sobic002G088800 Sobic002G088800 Sobic008G110900--Sobic002G088800 Sobic008G182500 Sobic008G182500 Sobic008G110900--Sobic008G182500 Sobic008G076900 Sobic008G076900 Sobic008G110900--Sobic008G076900 Sobic002G060500 Sobic002G060500 Sobic008G110900--Sobic002G060500 Sobic005G054600 Sobic005G054600 Sobic008G110900--Sobic005G054600 Sobic005G148400 Sobic005G148400 Sobic008G110900--Sobic005G148400 Sobic005G171600 Sobic005G171600 Sobic008G110900--Sobic005G171600 Sobic005G212600 Sobic005G212600 Sobic005G203400--Sobic005G212600 Sobic002G062300 Sobic002G062300 Sobic005G203400--Sobic002G062300 Sobic008G031350 Sobic008G031350 Sobic005G203400--Sobic008G031350 Sobic009G113600 Sobic009G113600 Sobic005G203400--Sobic009G113600 Sobic008G009500 Sobic008G009500 Sobic005G203400--Sobic008G009500 Sobic007G073400 Sobic007G073400 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Octagon: transcription factors


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