Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G236000.1
Synonym GATA20, Sb09g028850
Functional annotation GATA zinc finger domain containing protein, expressed
UniProt C5YVX7
Pfam PF00320
Panther DB PTHR10071 PTHR10071:SF156
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0006355regulation of transcription, DNA-templated GO:0003700DNA-binding transcription factor activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G18380 : GATA transcription factor 20
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g47360.1 : GATA zinc finger domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a036640
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS1B02G448200
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G282000 "SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental, salt-induced, and dark-induced senescence."(PubMedID : 27586543)@zinc finger, C3HC4 type, domain containing protein, expressed -
2 Sobic.009G082500 - -
3 Sobic.001G096800 uncharacterized UPF0114 domain containing protein, expressed -
4 Sobic.006G146400 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide, putative, expressed -
5 Sobic.009G083100 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@expressed protein -
6 Sobic.006G280900 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
7 Sobic.005G001600 IBR domain containing protein, expressed -
8 Sobic.008G192800 CK1_CaseinKinase_1a.5 - CK1 includes the casein kinase 1 kinases, expressed -
9 Sobic.009G114900 - -
10 Sobic.008G112400 - -
11 Sobic.006G103601 - -
12 Sobic.001G537600 expressed protein -
13 Sobic.006G222650 - -
14 Sobic.005G094500 senescence-induced receptor-like serine/threonine-protein kinase precursor, putative, expressed -
15 Sobic.007G090406 - -
16 Sobic.002G116300 poly synthetase 1, putative, expressed K10798: poly [ADP-ribose] polymerase 2/3/4
17 Sobic.004G184500 nucleoside diphosphate kinase, putative, expressed K00940: ndk, nucleoside-diphosphate kinase
18 Sobic.010G106400 - -
19 Sobic.003G202900 expressed protein -
20 Sobic.004G302400 NAC domain containing protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic009G236000 Sobic009G236000 Sobic002G282000 Sobic002G282000 Sobic009G236000--Sobic002G282000 Sobic009G082500 Sobic009G082500 Sobic009G236000--Sobic009G082500 Sobic001G096800 Sobic001G096800 Sobic009G236000--Sobic001G096800 Sobic006G146400 Sobic006G146400 Sobic009G236000--Sobic006G146400 Sobic009G083100 Sobic009G083100 Sobic009G236000--Sobic009G083100 Sobic006G280900 Sobic006G280900 Sobic009G236000--Sobic006G280900 Sobic005G001600 Sobic005G001600 Sobic009G236000--Sobic005G001600 Sobic008G192800 Sobic008G192800 Sobic009G236000--Sobic008G192800 Sobic009G114900 Sobic009G114900 Sobic009G236000--Sobic009G114900 Sobic002G282000--Sobic009G082500 Sobic002G282000--Sobic009G236000 Sobic002G282000--Sobic005G001600 Sobic002G038200 Sobic002G038200 Sobic002G282000--Sobic002G038200 Sobic009G045100 Sobic009G045100 Sobic002G282000--Sobic009G045100 Sobic002G282000--Sobic001G096800 Sobic002G282000--Sobic008G192800 Sobic002G346250 Sobic002G346250 Sobic002G282000--Sobic002G346250 Sobic003G093500 Sobic003G093500 Sobic002G282000--Sobic003G093500 Sobic009G082500--Sobic002G282000 Sobic008G112400 Sobic008G112400 Sobic009G082500--Sobic008G112400 Sobic007G016300 Sobic007G016300 Sobic009G082500--Sobic007G016300 Sobic003G043650 Sobic003G043650 Sobic009G082500--Sobic003G043650 Sobic009G082500--Sobic009G236000 Sobic009G082500--Sobic005G001600 Sobic009G082500--Sobic002G346250 Sobic004G200000 Sobic004G200000 Sobic009G082500--Sobic004G200000 Sobic009G082500--Sobic002G038200 Sobic001G096800--Sobic009G236000 Sobic001G096800--Sobic005G001600 Sobic001G096800--Sobic009G083100 Sobic001G096800--Sobic006G280900 Sobic001G096800--Sobic002G282000 Sobic006G222650 Sobic006G222650 Sobic001G096800--Sobic006G222650 Sobic001G096800--Sobic006G146400 Sobic001G096800--Sobic008G192800 Sobic001G096800--Sobic009G114900 Sobic006G146400--Sobic006G280900 Sobic006G146400--Sobic006G222650 Sobic002G116300 Sobic002G116300 Sobic006G146400--Sobic002G116300 Sobic009G238200 Sobic009G238200 Sobic006G146400--Sobic009G238200 Sobic001G537600 Sobic001G537600 Sobic006G146400--Sobic001G537600 Sobic004G302400 Sobic004G302400 Sobic006G146400--Sobic004G302400 Sobic010G035300 Sobic010G035300 Sobic006G146400--Sobic010G035300 Sobic006G103601 Sobic006G103601 Sobic006G146400--Sobic006G103601 Sobic003G379500 Sobic003G379500 Sobic006G146400--Sobic003G379500 Sobic009G083100--Sobic006G280900 Sobic007G090406 Sobic007G090406 Sobic009G083100--Sobic007G090406 Sobic009G083100--Sobic006G146400 Sobic009G083100--Sobic001G537600 Sobic009G083100--Sobic009G236000 Sobic009G083100--Sobic001G096800 Sobic009G083100--Sobic009G114900 Sobic009G083100--Sobic008G192800 Sobic009G083100--Sobic006G222650 Sobic006G280900--Sobic006G146400 Sobic006G280900--Sobic006G222650 Sobic006G280900--Sobic004G302400 Sobic006G280900--Sobic001G537600 Sobic006G280900--Sobic009G083100 Sobic006G280900--Sobic009G238200 Sobic006G280900--Sobic002G116300 Sobic010G106400 Sobic010G106400 Sobic006G280900--Sobic010G106400 Sobic006G280900--Sobic010G035300 Sobic005G001600--Sobic008G112400 Sobic005G001600--Sobic002G346250 Sobic001G176800 Sobic001G176800 Sobic005G001600--Sobic001G176800 Sobic004G184500 Sobic004G184500 Sobic005G001600--Sobic004G184500 Sobic007G119300 Sobic007G119300 Sobic005G001600--Sobic007G119300 Sobic005G001600--Sobic009G082500 Sobic005G001600--Sobic001G096800 Sobic005G001600--Sobic008G192800 Sobic005G001600--Sobic006G280900 Sobic008G192800--Sobic007G090406 Sobic009G004500 Sobic009G004500 Sobic008G192800--Sobic009G004500 Sobic008G192800--Sobic003G093500 Sobic008G192800--Sobic001G176800 Sobic008G192800--Sobic009G114900 Sobic005G155001 Sobic005G155001 Sobic008G192800--Sobic005G155001 Sobic007G017300 Sobic007G017300 Sobic008G192800--Sobic007G017300 Sobic007G061500 Sobic007G061500 Sobic008G192800--Sobic007G061500 Sobic001G368000 Sobic001G368000 Sobic008G192800--Sobic001G368000 Sobic009G114900--Sobic005G155001 Sobic010G021401 Sobic010G021401 Sobic009G114900--Sobic010G021401 Sobic009G114900--Sobic007G090406 Sobic002G252700 Sobic002G252700 Sobic009G114900--Sobic002G252700 Sobic009G114900--Sobic009G004500 Sobic006G093400 Sobic006G093400 Sobic009G114900--Sobic006G093400 Sobic009G114900--Sobic008G192800 Sobic001G527900 Sobic001G527900 Sobic009G114900--Sobic001G527900 Sobic001G483200 Sobic001G483200 Sobic009G114900--Sobic001G483200
Octagon: transcription factors


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