Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G282000.1
Synonym Sb02g031500
Functional annotation "SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental, salt-induced, and dark-induced senescence." (PubMedID : 27586543)
zinc finger, C3HC4 type, domain containing protein, expressed
UniProt A0A1B6QDU7
Pfam PF13639
Panther DB PTHR14155
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0005515protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G35840 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g50370.1 : zinc finger, C3HC4 type, domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a031271 , Zm00025a049292 , Zm00025a034239 , Zm00025a005671
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G082500 - -
2 Sobic.009G236000 GATA zinc finger domain containing protein, expressed -
3 Sobic.005G001600 IBR domain containing protein, expressed -
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6 Sobic.001G096800 uncharacterized UPF0114 domain containing protein, expressed -
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8 Sobic.002G346250 - -
9 Sobic.003G093500 protein binding protein, putative, expressed -
10 Sobic.008G112400 - -
11 Sobic.002G395900 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@nodulation protein-related, putative, expressed -
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13 Sobic.004G200000 expressed protein -
14 Sobic.003G043650 - -
15 Sobic.001G494400 DUF593 domain containing protein, expressed -
16 Sobic.005G094500 senescence-induced receptor-like serine/threonine-protein kinase precursor, putative, expressed -
17 Sobic.001G341900 domain of unknown function domain containing protein, expressed -
18 Sobic.004G224100 RPA2B - Putative single-stranded DNA binding complex subunit 2, expressed K10739: RFA2, replication factor A2
19 Sobic.007G090406 - -
20 Sobic.004G047001 - -


Gene co-expression network
sample Sobic002G282000 Sobic002G282000 Sobic009G082500 Sobic009G082500 Sobic002G282000--Sobic009G082500 Sobic009G236000 Sobic009G236000 Sobic002G282000--Sobic009G236000 Sobic005G001600 Sobic005G001600 Sobic002G282000--Sobic005G001600 Sobic002G038200 Sobic002G038200 Sobic002G282000--Sobic002G038200 Sobic009G045100 Sobic009G045100 Sobic002G282000--Sobic009G045100 Sobic001G096800 Sobic001G096800 Sobic002G282000--Sobic001G096800 Sobic008G192800 Sobic008G192800 Sobic002G282000--Sobic008G192800 Sobic002G346250 Sobic002G346250 Sobic002G282000--Sobic002G346250 Sobic003G093500 Sobic003G093500 Sobic002G282000--Sobic003G093500 Sobic009G082500--Sobic002G282000 Sobic008G112400 Sobic008G112400 Sobic009G082500--Sobic008G112400 Sobic007G016300 Sobic007G016300 Sobic009G082500--Sobic007G016300 Sobic003G043650 Sobic003G043650 Sobic009G082500--Sobic003G043650 Sobic009G082500--Sobic009G236000 Sobic009G082500--Sobic005G001600 Sobic009G082500--Sobic002G346250 Sobic004G200000 Sobic004G200000 Sobic009G082500--Sobic004G200000 Sobic009G082500--Sobic002G038200 Sobic009G236000--Sobic002G282000 Sobic009G236000--Sobic009G082500 Sobic009G236000--Sobic001G096800 Sobic006G146400 Sobic006G146400 Sobic009G236000--Sobic006G146400 Sobic009G083100 Sobic009G083100 Sobic009G236000--Sobic009G083100 Sobic006G280900 Sobic006G280900 Sobic009G236000--Sobic006G280900 Sobic009G236000--Sobic005G001600 Sobic009G236000--Sobic008G192800 Sobic009G114900 Sobic009G114900 Sobic009G236000--Sobic009G114900 Sobic005G001600--Sobic008G112400 Sobic005G001600--Sobic002G346250 Sobic001G176800 Sobic001G176800 Sobic005G001600--Sobic001G176800 Sobic004G184500 Sobic004G184500 Sobic005G001600--Sobic004G184500 Sobic007G119300 Sobic007G119300 Sobic005G001600--Sobic007G119300 Sobic005G001600--Sobic009G082500 Sobic005G001600--Sobic001G096800 Sobic005G001600--Sobic008G192800 Sobic005G001600--Sobic006G280900 Sobic006G152900 Sobic006G152900 Sobic002G038200--Sobic006G152900 Sobic009G250000 Sobic009G250000 Sobic002G038200--Sobic009G250000 Sobic004G342600 Sobic004G342600 Sobic002G038200--Sobic004G342600 Sobic002G038200--Sobic009G082500 Sobic006G142700 Sobic006G142700 Sobic002G038200--Sobic006G142700 Sobic010G150000 Sobic010G150000 Sobic002G038200--Sobic010G150000 Sobic004G165600 Sobic004G165600 Sobic002G038200--Sobic004G165600 Sobic001G494400 Sobic001G494400 Sobic002G038200--Sobic001G494400 Sobic002G038200--Sobic002G282000 Sobic002G395900 Sobic002G395900 Sobic009G045100--Sobic002G395900 Sobic009G045100--Sobic003G093500 Sobic007G017300 Sobic007G017300 Sobic009G045100--Sobic007G017300 Sobic003G202900 Sobic003G202900 Sobic009G045100--Sobic003G202900 Sobic009G045100--Sobic001G176800 Sobic007G061500 Sobic007G061500 Sobic009G045100--Sobic007G061500 Sobic005G094500 Sobic005G094500 Sobic009G045100--Sobic005G094500 Sobic004G047001 Sobic004G047001 Sobic009G045100--Sobic004G047001 Sobic001G368000 Sobic001G368000 Sobic009G045100--Sobic001G368000 Sobic001G096800--Sobic009G236000 Sobic001G096800--Sobic005G001600 Sobic001G096800--Sobic009G083100 Sobic001G096800--Sobic006G280900 Sobic001G096800--Sobic002G282000 Sobic006G222650 Sobic006G222650 Sobic001G096800--Sobic006G222650 Sobic001G096800--Sobic006G146400 Sobic001G096800--Sobic008G192800 Sobic001G096800--Sobic009G114900 Sobic007G090406 Sobic007G090406 Sobic008G192800--Sobic007G090406 Sobic009G004500 Sobic009G004500 Sobic008G192800--Sobic009G004500 Sobic008G192800--Sobic003G093500 Sobic008G192800--Sobic001G176800 Sobic008G192800--Sobic009G114900 Sobic005G155001 Sobic005G155001 Sobic008G192800--Sobic005G155001 Sobic008G192800--Sobic007G017300 Sobic008G192800--Sobic007G061500 Sobic008G192800--Sobic001G368000 Sobic002G346250--Sobic005G001600 Sobic002G346250--Sobic008G112400 Sobic003G155350 Sobic003G155350 Sobic002G346250--Sobic003G155350 Sobic002G346250--Sobic009G082500 Sobic002G013600 Sobic002G013600 Sobic002G346250--Sobic002G013600 Sobic002G346250--Sobic004G184500 Sobic002G346250--Sobic003G043650 Sobic004G288900 Sobic004G288900 Sobic002G346250--Sobic004G288900 Sobic004G223350 Sobic004G223350 Sobic002G346250--Sobic004G223350 Sobic003G093500--Sobic009G004500 Sobic003G093500--Sobic007G061500 Sobic003G093500--Sobic007G017300 Sobic001G341900 Sobic001G341900 Sobic003G093500--Sobic001G341900 Sobic003G093500--Sobic008G192800 Sobic003G093500--Sobic009G045100 Sobic003G093500--Sobic005G155001 Sobic004G224100 Sobic004G224100 Sobic003G093500--Sobic004G224100 Sobic001G060200 Sobic001G060200 Sobic003G093500--Sobic001G060200
Octagon: transcription factors


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