Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G120300.1
Synonym Sb10g010600
Functional annotation tm-1GCR237 protein, putative, expressed
UniProt C5Z8Y3
Pfam PF09370 PF06792
Panther DB PTHR31862
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G66420 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g27800.1 : tm-1GCR237 protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a018203
Brachypodium KQK06429 , PNT71334 , KQK18111
Barley HORVU7Hr1G047980.1 , HORVU7Hr1G047980.3 , HORVU7Hr1G047980.2
Wheat TraesCS7A02G233600 , TraesCS7D02G233800 , TraesCS7B02G131900 , TraesCS7B02G131900
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.010G120300


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G073150 - K15449: tRNA wybutosine-synthesizing protein 1
2 Sobic.010G090500 expressed protein -
3 Sobic.009G251100 TTL1, putative, expressed K09527: DnaJ homolog subfamily C member 7
4 Sobic.001G159800 KIP1, putative, expressed -
5 Sobic.008G174900 IQ calmodulin-binding motif domain containing protein, expressed -
6 Sobic.001G131700 expressed protein -
7 Sobic.003G267000 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase, putative, expressed -
8 Sobic.009G125900 expressed protein -
9 Sobic.001G021500 CESA5 - cellulose synthase, expressed K10999: cellulose synthase A
10 Sobic.010G096100 ras-related protein, putative, expressed K04392: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
11 Sobic.003G198500 XIK, putative, expressed K10357: myosin V
12 Sobic.006G173200 beige/BEACH domain containing protein, expressed -
13 Sobic.001G366800 alpha-N-acetylglucosaminidase, putative, expressed K01205: alpha-N-acetylglucosaminidase
14 Sobic.004G296300 amino acid permease, putative, expressed K03294: basic amino acid/polyamine antiporter, APA family
15 Sobic.006G140600 HEAT repeat family protein, putative, expressed K16578: CLIP-associating protein 1/2
16 Sobic.001G222400 tetratricopeptide repeat domain containing protein, expressed -
17 Sobic.009G063400 "CESA1-like or CESA10-like homologous to the Arabidopsis, up-regulated in addition of GA3"(PubMedID : 26198258)@CESA1 - cellulose synthase, expressed K10999: cellulose synthase A
18 Sobic.008G191500 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@N-acetylglucosaminyltransferase, putative, expressed -
19 Sobic.003G053700 growth regulator related protein, putative, expressed -
20 Sobic.010G243000 protein kinase domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic010G120300 Sobic010G120300 Sobic001G073150 Sobic001G073150 Sobic010G120300--Sobic001G073150 Sobic010G090500 Sobic010G090500 Sobic010G120300--Sobic010G090500 Sobic009G251100 Sobic009G251100 Sobic010G120300--Sobic009G251100 Sobic001G159800 Sobic001G159800 Sobic010G120300--Sobic001G159800 Sobic008G174900 Sobic008G174900 Sobic010G120300--Sobic008G174900 Sobic001G131700 Sobic001G131700 Sobic010G120300--Sobic001G131700 Sobic003G267000 Sobic003G267000 Sobic010G120300--Sobic003G267000 Sobic009G125900 Sobic009G125900 Sobic010G120300--Sobic009G125900 Sobic001G021500 Sobic001G021500 Sobic010G120300--Sobic001G021500 Sobic001G073150--Sobic010G120300 Sobic001G073150--Sobic010G090500 Sobic003G198500 Sobic003G198500 Sobic001G073150--Sobic003G198500 Sobic008G191500 Sobic008G191500 Sobic001G073150--Sobic008G191500 Sobic010G096100 Sobic010G096100 Sobic001G073150--Sobic010G096100 Sobic001G073150--Sobic009G125900 Sobic001G073150--Sobic009G251100 Sobic001G073150--Sobic001G159800 Sobic001G073150--Sobic008G174900 Sobic010G090500--Sobic001G159800 Sobic010G090500--Sobic010G120300 Sobic009G206500 Sobic009G206500 Sobic010G090500--Sobic009G206500 Sobic009G079100 Sobic009G079100 Sobic010G090500--Sobic009G079100 Sobic001G437500 Sobic001G437500 Sobic010G090500--Sobic001G437500 Sobic006G267500 Sobic006G267500 Sobic010G090500--Sobic006G267500 Sobic010G090500--Sobic001G073150 Sobic009G061000 Sobic009G061000 Sobic010G090500--Sobic009G061000 Sobic010G090500--Sobic009G125900 Sobic004G296300 Sobic004G296300 Sobic009G251100--Sobic004G296300 Sobic009G251100--Sobic010G120300 Sobic009G251100--Sobic010G096100 Sobic003G419600 Sobic003G419600 Sobic009G251100--Sobic003G419600 Sobic001G196000 Sobic001G196000 Sobic009G251100--Sobic001G196000 Sobic009G251100--Sobic001G073150 Sobic004G243800 Sobic004G243800 Sobic009G251100--Sobic004G243800 Sobic009G251100--Sobic001G437500 Sobic009G063400 Sobic009G063400 Sobic009G251100--Sobic009G063400 Sobic001G159800--Sobic010G090500 Sobic001G159800--Sobic001G437500 Sobic001G159800--Sobic009G061000 Sobic001G159800--Sobic009G206500 Sobic009G073400 Sobic009G073400 Sobic001G159800--Sobic009G073400 Sobic003G017500 Sobic003G017500 Sobic001G159800--Sobic003G017500 Sobic001G159800--Sobic001G196000 Sobic006G173200 Sobic006G173200 Sobic001G159800--Sobic006G173200 Sobic001G507200 Sobic001G507200 Sobic001G159800--Sobic001G507200 Sobic002G276600 Sobic002G276600 Sobic008G174900--Sobic002G276600 Sobic008G174900--Sobic001G437500 Sobic008G174900--Sobic004G243800 Sobic008G174900--Sobic006G267500 Sobic008G174900--Sobic010G090500 Sobic009G026101 Sobic009G026101 Sobic008G174900--Sobic009G026101 Sobic009G226900 Sobic009G226900 Sobic008G174900--Sobic009G226900 Sobic008G174900--Sobic010G096100 Sobic008G174900--Sobic009G206500 Sobic001G131700--Sobic010G120300 Sobic001G131700--Sobic010G090500 Sobic002G264300 Sobic002G264300 Sobic001G131700--Sobic002G264300 Sobic001G533100 Sobic001G533100 Sobic001G131700--Sobic001G533100 Sobic002G125800 Sobic002G125800 Sobic001G131700--Sobic002G125800 Sobic007G172600 Sobic007G172600 Sobic001G131700--Sobic007G172600 Sobic001G471600 Sobic001G471600 Sobic001G131700--Sobic001G471600 Sobic001G131700--Sobic001G073150 Sobic008G125000 Sobic008G125000 Sobic001G131700--Sobic008G125000 Sobic002G141900 Sobic002G141900 Sobic003G267000--Sobic002G141900 Sobic004G144400 Sobic004G144400 Sobic003G267000--Sobic004G144400 Sobic008G186500 Sobic008G186500 Sobic003G267000--Sobic008G186500 Sobic010G157700 Sobic010G157700 Sobic003G267000--Sobic010G157700 Sobic003G345900 Sobic003G345900 Sobic003G267000--Sobic003G345900 Sobic003G267000--Sobic010G120300 Sobic004G275600 Sobic004G275600 Sobic003G267000--Sobic004G275600 Sobic008G038600 Sobic008G038600 Sobic003G267000--Sobic008G038600 Sobic006G208400 Sobic006G208400 Sobic003G267000--Sobic006G208400 Sobic009G125900--Sobic009G063400 Sobic009G125900--Sobic009G026101 Sobic002G075500 Sobic002G075500 Sobic009G125900--Sobic002G075500 Sobic002G118700 Sobic002G118700 Sobic009G125900--Sobic002G118700 Sobic009G125900--Sobic010G090500 Sobic004G265600 Sobic004G265600 Sobic009G125900--Sobic004G265600 Sobic009G125900--Sobic010G096100 Sobic004G051300 Sobic004G051300 Sobic009G125900--Sobic004G051300 Sobic003G254700 Sobic003G254700 Sobic009G125900--Sobic003G254700 Sobic004G243400 Sobic004G243400 Sobic001G021500--Sobic004G243400 Sobic002G377300 Sobic002G377300 Sobic001G021500--Sobic002G377300 Sobic009G055900 Sobic009G055900 Sobic001G021500--Sobic009G055900 Sobic003G165800 Sobic003G165800 Sobic001G021500--Sobic003G165800 Sobic008G190500 Sobic008G190500 Sobic001G021500--Sobic008G190500 Sobic003G347300 Sobic003G347300 Sobic001G021500--Sobic003G347300 Sobic010G123300 Sobic010G123300 Sobic001G021500--Sobic010G123300 Sobic009G144200 Sobic009G144200 Sobic001G021500--Sobic009G144200 Sobic007G210900 Sobic007G210900 Sobic001G021500--Sobic007G210900
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.