Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G037500.3,Sobic.001G037500.2,Sobic.001G037500.4
Synonym Sb01g003450
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1Z5S4Q2
Pfam -
Panther DB PTHR37262 PTHR37262:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G48470 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g23790.1,LOC_Os11g23790.2 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) Zm00025a029692
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS5D02G074600 , TraesCS5D02G074600 , TraesCS5B02G069000 , TraesCS5A02G063400 , TraesCS5B02G069000 , TraesCS5A02G063400 , TraesCS5A02G063400
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G042500 valyl-tRNA synthetase, putative, expressed K01873: VARS, valyl-tRNA synthetase
2 Sobic.001G054100 spo0B-associated GTP-binding protein, putative, expressed -
3 Sobic.006G273400 pentatricopeptide repeat protein, putative, expressed -
4 Sobic.003G150800 preprotein translocase subunit secA, chloroplast precursor, putative, expressed K03070: preprotein translocase subunit SecA
5 Sobic.005G111550 - -
6 Sobic.004G206200 mTERF domain containing protein, expressed K15032: mTERF domain-containing protein, mitochondrial
7 Sobic.002G081500 glycerol-3-phosphate dehydrogenase, putative, expressed K00006: glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+)
8 Sobic.003G372900 deoxynucleoside kinase family, putative, expressed -
9 Sobic.002G296100 mTERF domain containing protein, expressed K15032: mTERF domain-containing protein, mitochondrial
10 Sobic.004G020800 dimethyladenosine transferase, putative, expressed -
11 Sobic.003G141100 O-sialoglycoprotein endopeptidase, putative, expressed K01409: KAE1, tsaD, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase
12 Sobic.007G069400 pentatricopeptide, putative, expressed -
13 Sobic.003G085100 MYB family transcription factor, putative, expressed -
14 Sobic.004G328400 translation initiation factor IF-3, putative, expressed K02520: infC, translation initiation factor IF-3
15 Sobic.007G185700 CRS2-associated factor 1, chloroplast precursor, putative, expressed -
16 Sobic.007G085800 cycloartenol synthase, putative, expressed K19011: achilleol B synthase
17 Sobic.009G223200 chloroplastic group IIA intron splicing facilitator CRS1, chloroplast precursor, putative, expressed -
18 Sobic.001G083100 Unnamed(PubMedID : 24676859)@WRKY4, expressed -
19 Sobic.009G127400 PAC, putative, expressed -
20 Sobic.007G015300 calreticulin family protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G037500 Sobic001G037500 Sobic002G042500 Sobic002G042500 Sobic001G037500--Sobic002G042500 Sobic001G054100 Sobic001G054100 Sobic001G037500--Sobic001G054100 Sobic006G273400 Sobic006G273400 Sobic001G037500--Sobic006G273400 Sobic003G150800 Sobic003G150800 Sobic001G037500--Sobic003G150800 Sobic005G111550 Sobic005G111550 Sobic001G037500--Sobic005G111550 Sobic004G206200 Sobic004G206200 Sobic001G037500--Sobic004G206200 Sobic002G081500 Sobic002G081500 Sobic001G037500--Sobic002G081500 Sobic003G372900 Sobic003G372900 Sobic001G037500--Sobic003G372900 Sobic002G296100 Sobic002G296100 Sobic001G037500--Sobic002G296100 Sobic002G042500--Sobic001G037500 Sobic002G042500--Sobic003G150800 Sobic002G042500--Sobic005G111550 Sobic002G042500--Sobic004G206200 Sobic003G085100 Sobic003G085100 Sobic002G042500--Sobic003G085100 Sobic003G141100 Sobic003G141100 Sobic002G042500--Sobic003G141100 Sobic002G042500--Sobic002G296100 Sobic007G185700 Sobic007G185700 Sobic002G042500--Sobic007G185700 Sobic001G126300 Sobic001G126300 Sobic002G042500--Sobic001G126300 Sobic001G028100 Sobic001G028100 Sobic001G054100--Sobic001G028100 Sobic001G054100--Sobic003G372900 Sobic001G083100 Sobic001G083100 Sobic001G054100--Sobic001G083100 Sobic002G181000 Sobic002G181000 Sobic001G054100--Sobic002G181000 Sobic001G054100--Sobic003G141100 Sobic010G002000 Sobic010G002000 Sobic001G054100--Sobic010G002000 Sobic001G054100--Sobic007G185700 Sobic001G054100--Sobic001G037500 Sobic004G328400 Sobic004G328400 Sobic001G054100--Sobic004G328400 Sobic006G273400--Sobic001G037500 Sobic006G273400--Sobic001G054100 Sobic006G273400--Sobic004G206200 Sobic001G099000 Sobic001G099000 Sobic006G273400--Sobic001G099000 Sobic006G273400--Sobic002G081500 Sobic003G084500 Sobic003G084500 Sobic006G273400--Sobic003G084500 Sobic002G297400 Sobic002G297400 Sobic006G273400--Sobic002G297400 Sobic004G179200 Sobic004G179200 Sobic006G273400--Sobic004G179200 Sobic008G078900 Sobic008G078900 Sobic006G273400--Sobic008G078900 Sobic003G150800--Sobic003G085100 Sobic003G150800--Sobic002G042500 Sobic003G150800--Sobic005G111550 Sobic007G005400 Sobic007G005400 Sobic003G150800--Sobic007G005400 Sobic003G150800--Sobic001G037500 Sobic005G063000 Sobic005G063000 Sobic003G150800--Sobic005G063000 Sobic002G314400 Sobic002G314400 Sobic003G150800--Sobic002G314400 Sobic003G150800--Sobic004G328400 Sobic003G150800--Sobic003G141100 Sobic005G111550--Sobic003G085100 Sobic005G111550--Sobic003G150800 Sobic005G111550--Sobic002G042500 Sobic003G160800 Sobic003G160800 Sobic005G111550--Sobic003G160800 Sobic001G500600 Sobic001G500600 Sobic005G111550--Sobic001G500600 Sobic005G111550--Sobic001G037500 Sobic004G298900 Sobic004G298900 Sobic005G111550--Sobic004G298900 Sobic005G111550--Sobic005G063000 Sobic001G465700 Sobic001G465700 Sobic005G111550--Sobic001G465700 Sobic004G206200--Sobic002G042500 Sobic004G206200--Sobic001G037500 Sobic004G206200--Sobic001G054100 Sobic004G206200--Sobic006G273400 Sobic004G206200--Sobic003G141100 Sobic004G206200--Sobic007G185700 Sobic009G223200 Sobic009G223200 Sobic004G206200--Sobic009G223200 Sobic004G206200--Sobic005G111550 Sobic006G210400 Sobic006G210400 Sobic004G206200--Sobic006G210400 Sobic002G081500--Sobic001G099000 Sobic001G469933 Sobic001G469933 Sobic002G081500--Sobic001G469933 Sobic005G184300 Sobic005G184300 Sobic002G081500--Sobic005G184300 Sobic006G055800 Sobic006G055800 Sobic002G081500--Sobic006G055800 Sobic002G081500--Sobic002G297400 Sobic005G110400 Sobic005G110400 Sobic002G081500--Sobic005G110400 Sobic004G020800 Sobic004G020800 Sobic002G081500--Sobic004G020800 Sobic002G081500--Sobic001G037500 Sobic002G158800 Sobic002G158800 Sobic002G081500--Sobic002G158800 Sobic003G372900--Sobic001G500600 Sobic003G372900--Sobic001G054100 Sobic003G372900--Sobic001G083100 Sobic002G406700 Sobic002G406700 Sobic003G372900--Sobic002G406700 Sobic003G372900--Sobic003G141100 Sobic003G094350 Sobic003G094350 Sobic003G372900--Sobic003G094350 Sobic004G336200 Sobic004G336200 Sobic003G372900--Sobic004G336200 Sobic004G333400 Sobic004G333400 Sobic003G372900--Sobic004G333400 Sobic006G280800 Sobic006G280800 Sobic003G372900--Sobic006G280800 Sobic002G296100--Sobic002G042500 Sobic002G296100--Sobic001G037500 Sobic002G347600 Sobic002G347600 Sobic002G296100--Sobic002G347600 Sobic002G296100--Sobic004G020800 Sobic003G434700 Sobic003G434700 Sobic002G296100--Sobic003G434700 Sobic002G296100--Sobic004G206200 Sobic006G128300 Sobic006G128300 Sobic002G296100--Sobic006G128300 Sobic002G296100--Sobic002G081500 Sobic001G022500 Sobic001G022500 Sobic002G296100--Sobic001G022500
Octagon: transcription factors


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