Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G535300.1
Synonym
Functional annotation -
UniProt A0A1B6QR15
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G128750 - -
2 Sobic.007G022400 "domain confirmed by Pfam database, expression not supported"(PubMedID : 20499123)@OsSAUR31 - Auxin-responsive SAUR gene family member, expressed K14488: SAUR family protein
3 Sobic.009G063450 - -
4 Sobic.003G073700 OsMADS65 - MADS-box family gene with MIKC , type-box, expressed -
5 Sobic.006G045200 - -
6 Sobic.010G187201 - -
7 Sobic.001G177500 - -
8 Sobic.002G013500 pentatricopeptide, putative, expressed -
9 Sobic.002G085700 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase domain containing protein, expressed -
10 Sobic.001G370100 R3H domain containing protein, expressed -
11 Sobic.005G203500 LZ-NBS-LRR class RGA, putative, expressed -
12 Sobic.002G227800 gibberellin receptor, putative, expressed -
13 Sobic.008G006900 laccase-23 precursor, putative, expressed K05909: laccase
14 Sobic.005G205000 F-box/LRR-repeat protein 3, putative, expressed K10268: F-box and leucine-rich repeat protein 2/20
15 Sobic.005G135500 chalcone and stilbene synthases, putative, expressed -
16 Sobic.001G489225 - -
17 Sobic.002G252600 pob, putative, expressed -
18 Sobic.002G289701 - -
19 Sobic.004G193200 tRNA pseudouridine synthase family protein, putative, expressed K06173: truA, tRNA pseudouridine38-40 synthase
20 Sobic.006G062200 DNA cross-link repair 1A protein, putative, expressed K15340: DCLRE1A, SNM1A, DNA cross-link repair 1A protein


Gene co-expression network
sample Sobic001G535300 Sobic001G535300 Sobic002G128750 Sobic002G128750 Sobic001G535300--Sobic002G128750 Sobic007G022400 Sobic007G022400 Sobic001G535300--Sobic007G022400 Sobic009G063450 Sobic009G063450 Sobic001G535300--Sobic009G063450 Sobic003G073700 Sobic003G073700 Sobic001G535300--Sobic003G073700 Sobic006G045200 Sobic006G045200 Sobic001G535300--Sobic006G045200 Sobic010G187201 Sobic010G187201 Sobic001G535300--Sobic010G187201 Sobic001G177500 Sobic001G177500 Sobic001G535300--Sobic001G177500 Sobic002G013500 Sobic002G013500 Sobic001G535300--Sobic002G013500 Sobic002G085700 Sobic002G085700 Sobic001G535300--Sobic002G085700 Sobic002G128750--Sobic001G177500 Sobic001G370100 Sobic001G370100 Sobic002G128750--Sobic001G370100 Sobic002G227800 Sobic002G227800 Sobic002G128750--Sobic002G227800 Sobic002G128750--Sobic002G013500 Sobic002G128750--Sobic002G085700 Sobic007G100900 Sobic007G100900 Sobic002G128750--Sobic007G100900 Sobic002G289701 Sobic002G289701 Sobic002G128750--Sobic002G289701 Sobic006G088500 Sobic006G088500 Sobic002G128750--Sobic006G088500 Sobic002G128750--Sobic001G535300 Sobic007G022400--Sobic001G535300 Sobic007G022400--Sobic002G128750 Sobic007G022400--Sobic006G045200 Sobic008G038700 Sobic008G038700 Sobic007G022400--Sobic008G038700 Sobic007G022400--Sobic003G073700 Sobic007G022400--Sobic009G063450 Sobic005G031800 Sobic005G031800 Sobic007G022400--Sobic005G031800 Sobic005G108300 Sobic005G108300 Sobic007G022400--Sobic005G108300 Sobic006G062200 Sobic006G062200 Sobic007G022400--Sobic006G062200 Sobic009G063450--Sobic001G535300 Sobic009G063450--Sobic002G128750 Sobic002G057050 Sobic002G057050 Sobic009G063450--Sobic002G057050 Sobic009G031450 Sobic009G031450 Sobic009G063450--Sobic009G031450 Sobic004G290400 Sobic004G290400 Sobic009G063450--Sobic004G290400 Sobic009G063450--Sobic002G085700 Sobic001G482500 Sobic001G482500 Sobic009G063450--Sobic001G482500 Sobic001G327400 Sobic001G327400 Sobic009G063450--Sobic001G327400 Sobic002G267300 Sobic002G267300 Sobic009G063450--Sobic002G267300 Sobic003G073700--Sobic010G187201 Sobic003G073700--Sobic001G535300 Sobic006G281600 Sobic006G281600 Sobic003G073700--Sobic006G281600 Sobic003G073700--Sobic007G022400 Sobic003G167800 Sobic003G167800 Sobic003G073700--Sobic003G167800 Sobic001G116200 Sobic001G116200 Sobic003G073700--Sobic001G116200 Sobic003G244800 Sobic003G244800 Sobic003G073700--Sobic003G244800 Sobic003G073700--Sobic002G128750 Sobic001G252200 Sobic001G252200 Sobic003G073700--Sobic001G252200 Sobic006G045200--Sobic001G535300 Sobic006G045200--Sobic002G128750 Sobic006G045200--Sobic007G022400 Sobic004G193200 Sobic004G193200 Sobic006G045200--Sobic004G193200 Sobic001G242350 Sobic001G242350 Sobic006G045200--Sobic001G242350 Sobic001G444100 Sobic001G444100 Sobic006G045200--Sobic001G444100 Sobic006G045200--Sobic001G177500 Sobic006G045200--Sobic002G013500 Sobic005G204400 Sobic005G204400 Sobic006G045200--Sobic005G204400 Sobic010G187201--Sobic003G073700 Sobic010G187201--Sobic001G535300 Sobic010G187201--Sobic006G281600 Sobic010G187201--Sobic007G022400 Sobic008G130601 Sobic008G130601 Sobic010G187201--Sobic008G130601 Sobic002G252600 Sobic002G252600 Sobic010G187201--Sobic002G252600 Sobic010G187201--Sobic003G167800 Sobic002G108800 Sobic002G108800 Sobic010G187201--Sobic002G108800 Sobic007G156500 Sobic007G156500 Sobic010G187201--Sobic007G156500 Sobic001G177500--Sobic001G370100 Sobic010G140800 Sobic010G140800 Sobic001G177500--Sobic010G140800 Sobic006G076700 Sobic006G076700 Sobic001G177500--Sobic006G076700 Sobic009G159800 Sobic009G159800 Sobic001G177500--Sobic009G159800 Sobic001G234700 Sobic001G234700 Sobic001G177500--Sobic001G234700 Sobic002G013500--Sobic007G100900 Sobic002G013500--Sobic006G076700 Sobic004G184900 Sobic004G184900 Sobic002G013500--Sobic004G184900 Sobic003G046000 Sobic003G046000 Sobic002G013500--Sobic003G046000 Sobic008G053700 Sobic008G053700 Sobic002G013500--Sobic008G053700 Sobic008G069901 Sobic008G069901 Sobic002G013500--Sobic008G069901 Sobic002G013500--Sobic001G177500 Sobic005G014600 Sobic005G014600 Sobic002G013500--Sobic005G014600 Sobic009G113300 Sobic009G113300 Sobic002G013500--Sobic009G113300 Sobic002G085700--Sobic001G177500 Sobic002G085700--Sobic010G140800 Sobic006G258200 Sobic006G258200 Sobic002G085700--Sobic006G258200 Sobic002G085700--Sobic009G159800 Sobic010G081500 Sobic010G081500 Sobic002G085700--Sobic010G081500 Sobic002G085700--Sobic007G100900 Sobic002G191300 Sobic002G191300 Sobic002G085700--Sobic002G191300 Sobic002G085700--Sobic006G076700 Sobic002G289601 Sobic002G289601 Sobic002G085700--Sobic002G289601
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.