Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G144275.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1W0W427
Pfam PF11523
Panther DB PTHR33415 PTHR33415:SF4
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G46630 : Protein of unknown function (DUF3223)
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g21700.1 : DCL, chloroplast precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a045952
Brachypodium -
Barley HORVU5Hr1G050320.2 , HORVU5Hr1G050320.1
Wheat TraesCS5A02G161100 , TraesCS5B02G158600 , TraesCS5D02G166100
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G402300 RNA recognition motif containing protein, putative, expressed K11094: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
2 Sobic.010G179700 enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein, putative, expressed K05605: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase
3 Sobic.006G043700 3-oxoacyl-reductase, chloroplast precursor, putative, expressed K00059: fabG, 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
4 Sobic.008G137600 RNA recognition motif containing protein, expressed K12900: FUS-interacting serine-arginine-rich protein 1
5 Sobic.002G131400 GPI mannosyltransferase 1, putative, expressed K05284: GPI mannosyltransferase 1 subunit M
6 Sobic.002G116500 methyltransferase, putative, expressed K00599: methyltransferase-like protein 6
7 Sobic.003G273400 glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1, putative, expressed K00671: glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
8 Sobic.007G220900 ribosomal L9, putative, expressed K02939: RP-L9, MRPL9, large subunit ribosomal protein L9
9 Sobic.008G110500 UDP-N-acetylglucosamine transferase subunit ALG13, putative, expressed K07432: beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase
10 Sobic.002G394600 peptidase, T1 family, putative, expressed K02727: 20S proteasome subunit alpha 7
11 Sobic.003G405900 mitochondrial import receptor subunit TOM20, putative, expressed -
12 Sobic.001G458700 26S protease regulatory subunit 6B, putative, expressed K03063: PSMC4, 26S proteasome regulatory subunit T3
13 Sobic.001G404200 mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim17, putative, expressed K17790: mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22
14 Sobic.003G118400 expressed protein -
15 Sobic.001G481700 eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K, putative, expressed K15028: translation initiation factor 3 subunit K
16 Sobic.002G341800 eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma, putative, expressed K03242: translation initiation factor 2 subunit 3
17 Sobic.003G165101 - K12876: RBM8A, RNA-binding protein 8A
18 Sobic.004G047200 T-complex protein, putative, expressed K09499: T-complex protein 1 subunit eta
19 Sobic.001G294900 KH domain containing protein, putative, expressed K13162: poly(rC)-binding protein 2
20 Sobic.001G323300 ethylene-responsive element-binding protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G144275 Sobic002G144275 Sobic001G402300 Sobic001G402300 Sobic002G144275--Sobic001G402300 Sobic010G179700 Sobic010G179700 Sobic002G144275--Sobic010G179700 Sobic006G043700 Sobic006G043700 Sobic002G144275--Sobic006G043700 Sobic008G137600 Sobic008G137600 Sobic002G144275--Sobic008G137600 Sobic002G131400 Sobic002G131400 Sobic002G144275--Sobic002G131400 Sobic002G116500 Sobic002G116500 Sobic002G144275--Sobic002G116500 Sobic003G273400 Sobic003G273400 Sobic002G144275--Sobic003G273400 Sobic007G220900 Sobic007G220900 Sobic002G144275--Sobic007G220900 Sobic008G110500 Sobic008G110500 Sobic002G144275--Sobic008G110500 Sobic001G402300--Sobic008G137600 Sobic001G226100 Sobic001G226100 Sobic001G402300--Sobic001G226100 Sobic004G141700 Sobic004G141700 Sobic001G402300--Sobic004G141700 Sobic010G251100 Sobic010G251100 Sobic001G402300--Sobic010G251100 Sobic007G118000 Sobic007G118000 Sobic001G402300--Sobic007G118000 Sobic009G232400 Sobic009G232400 Sobic001G402300--Sobic009G232400 Sobic002G413400 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Octagon: transcription factors


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