Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G043700.1
Synonym Sb06g010860
Functional annotation 3-oxoacyl-reductase, chloroplast precursor, putative, expressed
UniProt C5YE75
Pfam PF13561
Panther DB PTHR24322 PTHR24322:SF619
NCBI CDD KOG1200; Mitochondrial/plastidial beta-ketoacyl-ACP reductase
KEGG Orthology K00059; fabG, 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G24360 : NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g30760.1 : 3-oxoacyl-reductase, chloroplast precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a055859 , Zm00025a020384
Brachypodium KQJ99551 , KQJ82190
Barley HORVU2Hr1G068270.9 , HORVU2Hr1G068270.8 , HORVU2Hr1G068270.11 , HORVU2Hr1G068270.10 , HORVU2Hr1G068270.5 , HORVU2Hr1G068270.4 , HORVU2Hr1G068270.7 , HORVU2Hr1G068270.6 , HORVU2Hr1G068270.1 , HORVU2Hr1G068270.3 , HORVU2Hr1G068270.2
Wheat TraesCS2A02G278900 , TraesCS2A02G278900 , TraesCS2B02G296500 , TraesCS2D02G278000 , TraesCS2D02G278000
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cDNA sequences
Sobic.006G043700


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G052200 dihydrolipoyl dehydrogenase, putative, expressed K00382: DLD, lpd, dihydrolipoamide dehydrogenase
2 Sobic.002G144275 - -
3 Sobic.006G213400 bifunctional purine biosynthesis protein purH, putative, expressed K00602: phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / IMP cyclohydrolase
4 Sobic.004G326600 T-complex protein, putative, expressed K09493: CCT1, T-complex protein 1 subunit alpha
5 Sobic.004G047200 T-complex protein, putative, expressed K09499: T-complex protein 1 subunit eta
6 Sobic.005G163700 T-complex protein, putative, expressed K09500: T-complex protein 1 subunit theta
7 Sobic.003G165101 - K12876: RBM8A, RNA-binding protein 8A
8 Sobic.010G169700 pollen-specific protein SF21, putative, expressed -
9 Sobic.007G092200 aspartate carbamoyltransferase, putative, expressed K00609: pyrB, aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
10 Sobic.010G179700 enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein, putative, expressed K05605: 3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase
11 Sobic.001G382200 eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta, putative, expressed K03238: translation initiation factor 2 subunit 2
12 Sobic.003G408300 WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed K14791: periodic tryptophan protein 1
13 Sobic.002G116500 methyltransferase, putative, expressed K00599: methyltransferase-like protein 6
14 Sobic.003G309300 radical SAM enzyme, putative, expressed K03644: lipA, LIAS, LIP1, lipoyl synthase
15 Sobic.002G332200 proteasome inhibitor-related, putative, expressed K06700: proteasome inhibitor subunit 1 (PI31)
16 Sobic.001G126600 BRCA1 C Terminus domain containing protein, expressed K14843: PES1, pescadillo
17 Sobic.002G014400 T-complex protein, putative, expressed K09497: T-complex protein 1 subunit epsilon
18 Sobic.004G330600 GHMP kinases ATP-binding protein, putative, expressed K01597: MVD, diphosphomevalonate decarboxylase
19 Sobic.001G193500 DnaK family protein, putative, expressed K04043: dnaK, molecular chaperone DnaK
20 Sobic.007G071900 GTP-binding protein, putative, expressed K06942: ribosome-binding ATPase


Gene co-expression network
sample Sobic006G043700 Sobic006G043700 Sobic009G052200 Sobic009G052200 Sobic006G043700--Sobic009G052200 Sobic002G144275 Sobic002G144275 Sobic006G043700--Sobic002G144275 Sobic006G213400 Sobic006G213400 Sobic006G043700--Sobic006G213400 Sobic004G326600 Sobic004G326600 Sobic006G043700--Sobic004G326600 Sobic004G047200 Sobic004G047200 Sobic006G043700--Sobic004G047200 Sobic005G163700 Sobic005G163700 Sobic006G043700--Sobic005G163700 Sobic003G165101 Sobic003G165101 Sobic006G043700--Sobic003G165101 Sobic010G169700 Sobic010G169700 Sobic006G043700--Sobic010G169700 Sobic007G092200 Sobic007G092200 Sobic006G043700--Sobic007G092200 Sobic009G052200--Sobic006G043700 Sobic002G230900 Sobic002G230900 Sobic009G052200--Sobic002G230900 Sobic004G330600 Sobic004G330600 Sobic009G052200--Sobic004G330600 Sobic001G508200 Sobic001G508200 Sobic009G052200--Sobic001G508200 Sobic003G427200 Sobic003G427200 Sobic009G052200--Sobic003G427200 Sobic001G261400 Sobic001G261400 Sobic009G052200--Sobic001G261400 Sobic001G397000 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Octagon: transcription factors


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