Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G181200.9,Sobic.002G181200.7,Sobic.002G181200.8,Sobic.002G181200.5,Sobic.002G181200.6,Sobic.002G181200.2,Sobic.002G181200.3
Synonym Sb02g022960
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1B6QC29 , A0A1B6QC51
Pfam PF10382
Panther DB PTHR28535 PTHR28535:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G10890 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g19880.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.002G181200


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G146900 pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.002G342300 exostosin family domain containing protein, expressed -
3 Sobic.005G114600 tyrosine aminotransferase, putative, expressed K03263: translation initiation factor 5A
4 Sobic.003G182100 tRNA methyltransferase, putative, expressed K03439: trmB, METTL1, tRNA (guanine-N7-)-methyltransferase
5 Sobic.003G218700 LSD1 zinc finger domain containing protein, expressed -
6 Sobic.007G163600 expressed protein -
7 Sobic.003G045200 expressed protein K18404: tudor domain-containing protein 3
8 Sobic.002G107532 - -
9 Sobic.002G200500 pentatricopeptide, putative, expressed -
10 Sobic.004G107300 "GW2(Ortholog in rice:Song et al., 2007(PubMedID : 31659880)@expressed protein -
11 Sobic.002G137601 - -
12 Sobic.003G067201 - -
13 Sobic.001G362400 PPR repeat containing protein, expressed -
14 Sobic.005G216800 RNA recognition motif containing protein, expressed -
15 Sobic.002G180900 histone-lysine N-methyltransferase, putative, expressed K11420: [histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase EHMT
16 Sobic.004G089450 - -
17 Sobic.006G073150 - -
18 Sobic.003G144000 pentatricopeptide, putative, expressed -
19 Sobic.004G178901 - -
20 Sobic.010G038800 NAP domain containing protein, putative, expressed K11279: NAP1L1, nucleosome assembly protein 1-like 1


Gene co-expression network
sample Sobic002G181200 Sobic002G181200 Sobic006G146900 Sobic006G146900 Sobic002G181200--Sobic006G146900 Sobic002G342300 Sobic002G342300 Sobic002G181200--Sobic002G342300 Sobic005G114600 Sobic005G114600 Sobic002G181200--Sobic005G114600 Sobic003G182100 Sobic003G182100 Sobic002G181200--Sobic003G182100 Sobic003G218700 Sobic003G218700 Sobic002G181200--Sobic003G218700 Sobic007G163600 Sobic007G163600 Sobic002G181200--Sobic007G163600 Sobic003G045200 Sobic003G045200 Sobic002G181200--Sobic003G045200 Sobic002G107532 Sobic002G107532 Sobic002G181200--Sobic002G107532 Sobic002G200500 Sobic002G200500 Sobic002G181200--Sobic002G200500 Sobic002G120200 Sobic002G120200 Sobic006G146900--Sobic002G120200 Sobic006G146900--Sobic002G200500 Sobic002G237700 Sobic002G237700 Sobic006G146900--Sobic002G237700 Sobic006G240300 Sobic006G240300 Sobic006G146900--Sobic006G240300 Sobic006G146900--Sobic003G182100 Sobic001G404000 Sobic001G404000 Sobic006G146900--Sobic001G404000 Sobic001G362400 Sobic001G362400 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Octagon: transcription factors


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