Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G373200.1
Synonym ATSSL4, SSL4
Functional annotation strictosidine synthase, putative, expressed
UniProt A0A1B6QFH3
Pfam PF03088
Panther DB PTHR10426 PTHR10426:SF35
NCBI CDD KOG1520; Predicted alkaloid synthase/Surface mucin Hemomucin
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0016844; strictosidine synthase activity GO:0009058biosynthetic process


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G51420 : strictosidine synthase-like 4
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g42250.1 : strictosidine synthase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a015197
Brachypodium KQK15273 , KQK15272
Barley -
Wheat TraesCS2B02G196500 , TraesCS2D02G177700 , TraesCS2A02G170200 , TraesCS2A02G170200
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.002G373200


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.010G132300 CDK5RAP3, putative, expressed -
2 Sobic.010G155901 - -
3 Sobic.003G400332 - -
4 Sobic.007G174100 carrier, putative, expressed -
5 Sobic.005G076100 rp3 protein, putative, expressed -
6 Sobic.009G082400 - -
7 Sobic.009G202900 Positive cytokinine regulator(PubMedID : 30367619)@histidine-containing phosphotransfer protein, putative, expressed K14490: histidine-containing phosphotransfer peotein
8 Sobic.006G058300 expressed protein -
9 Sobic.003G149900 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
10 Sobic.002G114600 - -
11 Sobic.004G012100 basic helix-loop-helix DND-binding domain containing protein, expressed -
12 Sobic.001G139750 - -
13 Sobic.001G537900 AGAP010609-PA, putative, expressed K17867: DPH4, diphthamide biosynthesis protein 4
14 Sobic.003G008850 - -
15 Sobic.001G212701 - -
16 Sobic.002G165401 - -
17 Sobic.004G160950 - -
18 Sobic.008G096900 protein of unknown function DUF502 domain containing protein, expressed -
19 Sobic.008G020300 myb-like DNA-binding domain containing protein, putative, expressed K09422: transcription factor MYB, plant
20 Sobic.002G326200 TKL_IRAK_DUF26-la.4 - DUF26 kinases have homology to DUF26 containing loci, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G373200 Sobic002G373200 Sobic010G132300 Sobic010G132300 Sobic002G373200--Sobic010G132300 Sobic010G155901 Sobic010G155901 Sobic002G373200--Sobic010G155901 Sobic003G400332 Sobic003G400332 Sobic002G373200--Sobic003G400332 Sobic007G174100 Sobic007G174100 Sobic002G373200--Sobic007G174100 Sobic005G076100 Sobic005G076100 Sobic002G373200--Sobic005G076100 Sobic009G082400 Sobic009G082400 Sobic002G373200--Sobic009G082400 Sobic009G202900 Sobic009G202900 Sobic002G373200--Sobic009G202900 Sobic006G058300 Sobic006G058300 Sobic002G373200--Sobic006G058300 Sobic003G149900 Sobic003G149900 Sobic002G373200--Sobic003G149900 Sobic010G132300--Sobic007G174100 Sobic004G160950 Sobic004G160950 Sobic010G132300--Sobic004G160950 Sobic010G132300--Sobic010G155901 Sobic001G212701 Sobic001G212701 Sobic010G132300--Sobic001G212701 Sobic010G132300--Sobic005G076100 Sobic002G114600 Sobic002G114600 Sobic010G132300--Sobic002G114600 Sobic003G008850 Sobic003G008850 Sobic010G132300--Sobic003G008850 Sobic010G132300--Sobic002G373200 Sobic002G165401 Sobic002G165401 Sobic010G132300--Sobic002G165401 Sobic010G155901--Sobic003G400332 Sobic010G155901--Sobic006G058300 Sobic001G407000 Sobic001G407000 Sobic010G155901--Sobic001G407000 Sobic010G155901--Sobic010G132300 Sobic008G020300 Sobic008G020300 Sobic010G155901--Sobic008G020300 Sobic010G155901--Sobic003G149900 Sobic001G139750 Sobic001G139750 Sobic010G155901--Sobic001G139750 Sobic001G541900 Sobic001G541900 Sobic010G155901--Sobic001G541900 Sobic003G105300 Sobic003G105300 Sobic010G155901--Sobic003G105300 Sobic003G400332--Sobic010G155901 Sobic003G400332--Sobic001G139750 Sobic003G400332--Sobic006G058300 Sobic003G400332--Sobic002G373200 Sobic003G400332--Sobic005G076100 Sobic003G400332--Sobic003G149900 Sobic003G400332--Sobic001G407000 Sobic003G400332--Sobic010G132300 Sobic003G400332--Sobic001G541900 Sobic007G174100--Sobic005G076100 Sobic007G174100--Sobic010G132300 Sobic007G174100--Sobic003G149900 Sobic002G326200 Sobic002G326200 Sobic007G174100--Sobic002G326200 Sobic007G174100--Sobic004G160950 Sobic008G096150 Sobic008G096150 Sobic007G174100--Sobic008G096150 Sobic007G174100--Sobic006G058300 Sobic008G096900 Sobic008G096900 Sobic007G174100--Sobic008G096900 Sobic007G174100--Sobic003G008850 Sobic005G076100--Sobic009G082400 Sobic004G016600 Sobic004G016600 Sobic005G076100--Sobic004G016600 Sobic001G537900 Sobic001G537900 Sobic005G076100--Sobic001G537900 Sobic005G076100--Sobic003G008850 Sobic005G076100--Sobic007G174100 Sobic004G354800 Sobic004G354800 Sobic005G076100--Sobic004G354800 Sobic005G076100--Sobic002G165401 Sobic005G076100--Sobic003G149900 Sobic005G076100--Sobic006G058300 Sobic004G251350 Sobic004G251350 Sobic009G082400--Sobic004G251350 Sobic009G082400--Sobic005G076100 Sobic009G082400--Sobic001G537900 Sobic009G082400--Sobic004G016600 Sobic007G204500 Sobic007G204500 Sobic009G082400--Sobic007G204500 Sobic001G481201 Sobic001G481201 Sobic009G082400--Sobic001G481201 Sobic008G119000 Sobic008G119000 Sobic009G082400--Sobic008G119000 Sobic009G085600 Sobic009G085600 Sobic009G082400--Sobic009G085600 Sobic009G082400--Sobic004G354800 Sobic009G202900--Sobic003G149900 Sobic009G202900--Sobic002G373200 Sobic009G202900--Sobic007G174100 Sobic009G202900--Sobic010G155901 Sobic009G202900--Sobic006G058300 Sobic009G202900--Sobic003G400332 Sobic009G202900--Sobic005G076100 Sobic006G037000 Sobic006G037000 Sobic009G202900--Sobic006G037000 Sobic006G069050 Sobic006G069050 Sobic009G202900--Sobic006G069050 Sobic006G058300--Sobic003G149900 Sobic006G058300--Sobic004G016600 Sobic003G038300 Sobic003G038300 Sobic006G058300--Sobic003G038300 Sobic003G126400 Sobic003G126400 Sobic006G058300--Sobic003G126400 Sobic006G058300--Sobic006G069050 Sobic006G058300--Sobic008G020300 Sobic009G152901 Sobic009G152901 Sobic006G058300--Sobic009G152901 Sobic006G058300--Sobic001G537900 Sobic006G058300--Sobic001G407000 Sobic003G149900--Sobic006G058300 Sobic003G149900--Sobic009G152901 Sobic003G149900--Sobic001G537900 Sobic003G149900--Sobic008G020300 Sobic003G149900--Sobic004G016600 Sobic003G149900--Sobic004G354800 Sobic001G016900 Sobic001G016900 Sobic003G149900--Sobic001G016900 Sobic001G120100 Sobic001G120100 Sobic003G149900--Sobic001G120100 Sobic003G149900--Sobic003G038300
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.