Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G084100.1
Synonym Sb03g007090
Functional annotation expressed protein
UniProt C5XQU0
Pfam PF05553
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G38700 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g04170.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G084100


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G125700 similar to F22D16.26 protein(PubMedID : 29862293)@CSLD4 - cellulose synthase-like family D, expressed K00770: 1,4-beta-D-xylan synthase
2 Sobic.004G063600 CYPRO4, putative, expressed -
3 Sobic.001G091500 expressed protein -
4 Sobic.004G237000 down-regulated TF in developmental senescence(PubMedID : 27586543)@"PGL2(Ortholog in rice:Heang and Sassa, 2012b(PubMedID : 31659886)@helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed -
5 Sobic.001G393200 expressed protein -
6 Sobic.010G119300 expressed protein -
7 Sobic.008G114900 rhoGAP domain containing protein, expressed -
8 Sobic.003G010700 plant-specific domain TIGR01568 family protein, expressed -
9 Sobic.001G496400 Homologous to EPF/EPFL genes in Arabidopsis. Modelling of protein structure.(PubMedID : 23755192)@expressed protein -
10 Sobic.005G199700 leucine-rich repeat family protein, putative, expressed -
11 Sobic.003G260700 microtubule associated protein, putative, expressed K16732: protein regulator of cytokinesis 1
12 Sobic.001G101900 SCP-like extracellular protein, expressed -
13 Sobic.001G155700 expansin precursor, putative, expressed -
14 Sobic.006G221800 OsFBX46 - F-box domain containing protein, expressed -
15 Sobic.003G002000 expressed protein -
16 Sobic.007G063100 kinesin-like protein, identical, putative, expressed -
17 Sobic.003G102000 expressed protein -
18 Sobic.002G227900 gibberellin receptor GID1L2, putative, expressed -
19 Sobic.009G146700 universal stress protein domain containing protein, putative, expressed -
20 Sobic.009G087700 proline-rich family protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G084100 Sobic003G084100 Sobic008G125700 Sobic008G125700 Sobic003G084100--Sobic008G125700 Sobic004G063600 Sobic004G063600 Sobic003G084100--Sobic004G063600 Sobic001G091500 Sobic001G091500 Sobic003G084100--Sobic001G091500 Sobic004G237000 Sobic004G237000 Sobic003G084100--Sobic004G237000 Sobic001G393200 Sobic001G393200 Sobic003G084100--Sobic001G393200 Sobic010G119300 Sobic010G119300 Sobic003G084100--Sobic010G119300 Sobic008G114900 Sobic008G114900 Sobic003G084100--Sobic008G114900 Sobic003G010700 Sobic003G010700 Sobic003G084100--Sobic003G010700 Sobic001G496400 Sobic001G496400 Sobic003G084100--Sobic001G496400 Sobic008G125700--Sobic010G119300 Sobic008G125700--Sobic008G114900 Sobic003G102000 Sobic003G102000 Sobic008G125700--Sobic003G102000 Sobic003G260700 Sobic003G260700 Sobic008G125700--Sobic003G260700 Sobic004G198100 Sobic004G198100 Sobic008G125700--Sobic004G198100 Sobic008G006800 Sobic008G006800 Sobic008G125700--Sobic008G006800 Sobic002G313000 Sobic002G313000 Sobic008G125700--Sobic002G313000 Sobic004G339500 Sobic004G339500 Sobic008G125700--Sobic004G339500 Sobic005G199700 Sobic005G199700 Sobic008G125700--Sobic005G199700 Sobic009G058100 Sobic009G058100 Sobic004G063600--Sobic009G058100 Sobic004G063600--Sobic003G260700 Sobic002G204400 Sobic002G204400 Sobic004G063600--Sobic002G204400 Sobic004G063600--Sobic003G084100 Sobic010G105400 Sobic010G105400 Sobic004G063600--Sobic010G105400 Sobic009G131200 Sobic009G131200 Sobic004G063600--Sobic009G131200 Sobic004G063600--Sobic004G198100 Sobic001G398400 Sobic001G398400 Sobic004G063600--Sobic001G398400 Sobic004G063600--Sobic001G091500 Sobic002G426800 Sobic002G426800 Sobic001G091500--Sobic002G426800 Sobic003G387700 Sobic003G387700 Sobic001G091500--Sobic003G387700 Sobic009G120700 Sobic009G120700 Sobic001G091500--Sobic009G120700 Sobic001G091500--Sobic003G260700 Sobic004G047100 Sobic004G047100 Sobic001G091500--Sobic004G047100 Sobic002G222500 Sobic002G222500 Sobic001G091500--Sobic002G222500 Sobic001G091500--Sobic004G339500 Sobic001G091500--Sobic010G119300 Sobic001G091500--Sobic004G198100 Sobic003G316601 Sobic003G316601 Sobic004G237000--Sobic003G316601 Sobic003G085900 Sobic003G085900 Sobic004G237000--Sobic003G085900 Sobic007G033700 Sobic007G033700 Sobic004G237000--Sobic007G033700 Sobic003G046400 Sobic003G046400 Sobic004G237000--Sobic003G046400 Sobic010G070900 Sobic010G070900 Sobic004G237000--Sobic010G070900 Sobic002G426000 Sobic002G426000 Sobic004G237000--Sobic002G426000 Sobic007G147200 Sobic007G147200 Sobic004G237000--Sobic007G147200 Sobic009G243000 Sobic009G243000 Sobic004G237000--Sobic009G243000 Sobic001G106500 Sobic001G106500 Sobic004G237000--Sobic001G106500 Sobic010G168700 Sobic010G168700 Sobic001G393200--Sobic010G168700 Sobic009G047500 Sobic009G047500 Sobic001G393200--Sobic009G047500 Sobic005G168400 Sobic005G168400 Sobic001G393200--Sobic005G168400 Sobic001G393200--Sobic008G125700 Sobic002G360500 Sobic002G360500 Sobic001G393200--Sobic002G360500 Sobic001G347201 Sobic001G347201 Sobic001G393200--Sobic001G347201 Sobic001G393200--Sobic005G199700 Sobic001G393200--Sobic010G119300 Sobic007G180200 Sobic007G180200 Sobic001G393200--Sobic007G180200 Sobic010G119300--Sobic008G125700 Sobic010G119300--Sobic008G006800 Sobic010G119300--Sobic003G260700 Sobic010G119300--Sobic004G198100 Sobic010G119300--Sobic003G102000 Sobic005G005700 Sobic005G005700 Sobic010G119300--Sobic005G005700 Sobic010G119300--Sobic004G339500 Sobic010G119300--Sobic008G114900 Sobic010G119300--Sobic001G398400 Sobic008G114900--Sobic008G125700 Sobic008G114900--Sobic002G313000 Sobic001G155700 Sobic001G155700 Sobic008G114900--Sobic001G155700 Sobic008G114900--Sobic010G119300 Sobic006G219500 Sobic006G219500 Sobic008G114900--Sobic006G219500 Sobic002G319300 Sobic002G319300 Sobic008G114900--Sobic002G319300 Sobic008G114900--Sobic003G260700 Sobic001G493900 Sobic001G493900 Sobic008G114900--Sobic001G493900 Sobic008G114900--Sobic008G006800 Sobic002G363300 Sobic002G363300 Sobic003G010700--Sobic002G363300 Sobic006G273600 Sobic006G273600 Sobic003G010700--Sobic006G273600 Sobic007G170100 Sobic007G170100 Sobic003G010700--Sobic007G170100 Sobic006G163300 Sobic006G163300 Sobic003G010700--Sobic006G163300 Sobic003G010700--Sobic005G199700 Sobic002G360600 Sobic002G360600 Sobic003G010700--Sobic002G360600 Sobic009G146700 Sobic009G146700 Sobic003G010700--Sobic009G146700 Sobic003G338700 Sobic003G338700 Sobic003G010700--Sobic003G338700 Sobic010G276600 Sobic010G276600 Sobic003G010700--Sobic010G276600 Sobic006G221800 Sobic006G221800 Sobic001G496400--Sobic006G221800 Sobic007G209200 Sobic007G209200 Sobic001G496400--Sobic007G209200 Sobic001G496400--Sobic008G114900 Sobic001G496400--Sobic006G219500 Sobic004G003700 Sobic004G003700 Sobic001G496400--Sobic004G003700 Sobic001G496400--Sobic008G125700 Sobic006G124400 Sobic006G124400 Sobic001G496400--Sobic006G124400 Sobic001G496400--Sobic010G119300 Sobic001G101700 Sobic001G101700 Sobic001G496400--Sobic001G101700
Octagon: transcription factors


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