Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G112700.1
Synonym Sb03g009480
Functional annotation transcription regulator, putative, expressed
UniProt C5XFR4
Pfam PF04504
Panther DB PTHR31662 PTHR31662:SF6
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G28040 : DNA-binding storekeeper protein-related transcriptional regulator
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g14720.1 : transcription regulator, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a023918
Brachypodium KQK03598
Barley HORVU5Hr1G051570.1 , HORVU5Hr1G051570.3 , HORVU5Hr1G051570.2 , HORVU5Hr1G051570.4 , HORVU3Hr1G034150.4 , HORVU3Hr1G034150.5 , HORVU3Hr1G034150.6 , HORVU3Hr1G034150.3
Wheat TraesCS3B02G200500
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G112700


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G076700 coproporphyrinogen III oxidase, chloroplast precursor, putative, expressed K00228: CPOX, coproporphyrinogen III oxidase
2 Sobic.002G209600 CBS domain containing protein, expressed -
3 Sobic.007G052900 acetyltransferase, GNAT family, putative, expressed -
4 Sobic.002G330400 pentatricopeptide, putative, expressed -
5 Sobic.006G191400 - -
6 Sobic.004G246800 pentatricopeptide, putative, expressed -
7 Sobic.009G251300 endonuclease, putative, expressed -
8 Sobic.005G002600 - -
9 Sobic.004G151900 - -
10 Sobic.005G187200 expressed protein -
11 Sobic.010G056200 WD-40 repeat family protein, putative, expressed -
12 Sobic.002G051450 - -
13 Sobic.003G040000 tRNA synthetase class II core domain containing protein, expressed K01892: HARS, histidyl-tRNA synthetase
14 Sobic.004G208600 glycine-rich protein, putative, expressed -
15 Sobic.008G068400 - -
16 Sobic.004G241500 expressed protein -
17 Sobic.006G196000 expressed protein -
18 Sobic.007G206100 mTERF domain containing protein, expressed K15032: mTERF domain-containing protein, mitochondrial
19 Sobic.004G035000 S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase mraW, putative, expressed -
20 Sobic.005G077933 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G112700 Sobic003G112700 Sobic007G076700 Sobic007G076700 Sobic003G112700--Sobic007G076700 Sobic002G209600 Sobic002G209600 Sobic003G112700--Sobic002G209600 Sobic007G052900 Sobic007G052900 Sobic003G112700--Sobic007G052900 Sobic002G330400 Sobic002G330400 Sobic003G112700--Sobic002G330400 Sobic006G191400 Sobic006G191400 Sobic003G112700--Sobic006G191400 Sobic004G246800 Sobic004G246800 Sobic003G112700--Sobic004G246800 Sobic009G251300 Sobic009G251300 Sobic003G112700--Sobic009G251300 Sobic005G002600 Sobic005G002600 Sobic003G112700--Sobic005G002600 Sobic004G151900 Sobic004G151900 Sobic003G112700--Sobic004G151900 Sobic004G035000 Sobic004G035000 Sobic007G076700--Sobic004G035000 Sobic001G031300 Sobic001G031300 Sobic007G076700--Sobic001G031300 Sobic007G076700--Sobic002G209600 Sobic003G040000 Sobic003G040000 Sobic007G076700--Sobic003G040000 Sobic009G127400 Sobic009G127400 Sobic007G076700--Sobic009G127400 Sobic004G142700 Sobic004G142700 Sobic007G076700--Sobic004G142700 Sobic007G076700--Sobic003G112700 Sobic002G114700 Sobic002G114700 Sobic007G076700--Sobic002G114700 Sobic001G354501 Sobic001G354501 Sobic007G076700--Sobic001G354501 Sobic002G209600--Sobic004G246800 Sobic002G209600--Sobic007G052900 Sobic002G209600--Sobic006G191400 Sobic001G269300 Sobic001G269300 Sobic002G209600--Sobic001G269300 Sobic002G209600--Sobic009G251300 Sobic005G063700 Sobic005G063700 Sobic002G209600--Sobic005G063700 Sobic008G131700 Sobic008G131700 Sobic002G209600--Sobic008G131700 Sobic002G209600--Sobic007G076700 Sobic002G209600--Sobic002G330400 Sobic010G056200 Sobic010G056200 Sobic007G052900--Sobic010G056200 Sobic004G113800 Sobic004G113800 Sobic007G052900--Sobic004G113800 Sobic007G052900--Sobic002G209600 Sobic010G005600 Sobic010G005600 Sobic007G052900--Sobic010G005600 Sobic004G083700 Sobic004G083700 Sobic007G052900--Sobic004G083700 Sobic007G054000 Sobic007G054000 Sobic007G052900--Sobic007G054000 Sobic010G280100 Sobic010G280100 Sobic007G052900--Sobic010G280100 Sobic006G180432 Sobic006G180432 Sobic007G052900--Sobic006G180432 Sobic009G065100 Sobic009G065100 Sobic007G052900--Sobic009G065100 Sobic006G263700 Sobic006G263700 Sobic002G330400--Sobic006G263700 Sobic004G016500 Sobic004G016500 Sobic002G330400--Sobic004G016500 Sobic002G330400--Sobic006G191400 Sobic001G046600 Sobic001G046600 Sobic002G330400--Sobic001G046600 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic002G330400--Sobic001G543900 Sobic002G330400--Sobic009G251300 Sobic005G187200 Sobic005G187200 Sobic002G330400--Sobic005G187200 Sobic001G479500 Sobic001G479500 Sobic002G330400--Sobic001G479500 Sobic006G009400 Sobic006G009400 Sobic002G330400--Sobic006G009400 Sobic006G191400--Sobic002G330400 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic006G191400--Sobic001G303675 Sobic004G211400 Sobic004G211400 Sobic006G191400--Sobic004G211400 Sobic003G163100 Sobic003G163100 Sobic006G191400--Sobic003G163100 Sobic006G191400--Sobic002G209600 Sobic008G136200 Sobic008G136200 Sobic006G191400--Sobic008G136200 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic006G191400--Sobic002G151600 Sobic009G045700 Sobic009G045700 Sobic006G191400--Sobic009G045700 Sobic006G191400--Sobic007G052900 Sobic001G076200 Sobic001G076200 Sobic004G246800--Sobic001G076200 Sobic004G246800--Sobic002G209600 Sobic004G246800--Sobic008G131700 Sobic008G021700 Sobic008G021700 Sobic004G246800--Sobic008G021700 Sobic005G022800 Sobic005G022800 Sobic004G246800--Sobic005G022800 Sobic004G246800--Sobic004G151900 Sobic001G514100 Sobic001G514100 Sobic004G246800--Sobic001G514100 Sobic005G197300 Sobic005G197300 Sobic004G246800--Sobic005G197300 Sobic004G255500 Sobic004G255500 Sobic004G246800--Sobic004G255500 Sobic009G251300--Sobic004G151900 Sobic009G251300--Sobic008G021700 Sobic009G251300--Sobic002G330400 Sobic009G251300--Sobic003G163100 Sobic009G251300--Sobic002G209600 Sobic009G251300--Sobic004G016500 Sobic009G251300--Sobic001G046600 Sobic005G077933 Sobic005G077933 Sobic009G251300--Sobic005G077933 Sobic009G251300--Sobic006G191400 Sobic005G002600--Sobic007G052900 Sobic005G002600--Sobic010G280100 Sobic009G198900 Sobic009G198900 Sobic005G002600--Sobic009G198900 Sobic002G376700 Sobic002G376700 Sobic005G002600--Sobic002G376700 Sobic003G324000 Sobic003G324000 Sobic005G002600--Sobic003G324000 Sobic005G002600--Sobic010G056200 Sobic005G002600--Sobic006G180432 Sobic005G002600--Sobic004G083700 Sobic007G130100 Sobic007G130100 Sobic005G002600--Sobic007G130100 Sobic004G151900--Sobic008G021700 Sobic004G151900--Sobic009G251300 Sobic001G061600 Sobic001G061600 Sobic004G151900--Sobic001G061600 Sobic007G154800 Sobic007G154800 Sobic004G151900--Sobic007G154800 Sobic004G151900--Sobic004G246800 Sobic007G066050 Sobic007G066050 Sobic004G151900--Sobic007G066050 Sobic003G029300 Sobic003G029300 Sobic004G151900--Sobic003G029300 Sobic001G142400 Sobic001G142400 Sobic004G151900--Sobic001G142400 Sobic009G064766 Sobic009G064766 Sobic004G151900--Sobic009G064766
Octagon: transcription factors


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