Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G251300.3,Sobic.009G251300.1
Synonym Sb09g030190
Functional annotation endonuclease, putative, expressed
UniProt A0A1B6PAE4 , A0A1B6PA96
Pfam PF07460
Panther DB PTHR34199 PTHR34199:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0003677; DNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G53250 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g12354.1 : endonuclease, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a044786
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G151900 - -
2 Sobic.008G021700 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, putative, expressed -
3 Sobic.002G330400 pentatricopeptide, putative, expressed -
4 Sobic.003G163100 expressed protein K08819: cyclin-dependent kinase 12/13
5 Sobic.002G209600 CBS domain containing protein, expressed -
6 Sobic.004G016500 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
7 Sobic.001G046600 cycloartenol-C-24-methyltransferase 1, putative, expressed -
8 Sobic.005G077933 - -
9 Sobic.006G191400 - -
10 Sobic.009G045700 E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, putative, expressed K04506: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
11 Sobic.003G185250 - -
12 Sobic.001G269300 OsFBD15 - F-box and FBD domain containing protein, expressed -
13 Sobic.004G193800 hydrolase, alpha/beta fold family domain containing protein, expressed K14759: isochorismate synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / O-succinylbenzoate synthase
14 Sobic.006G210100 zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed -
15 Sobic.006G263700 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@tetratricopeptide repeat domain containing protein, expressed -
16 Sobic.010G144100 - -
17 Sobic.004G246800 pentatricopeptide, putative, expressed -
18 Sobic.008G068400 - -
19 Sobic.007G154800 bifunctional monodehydroascorbate reductase and carbonic anhydrasenectarin-3 precursor, putative, expressed K01674: carbonic anhydrase
20 Sobic.007G066050 - -


Gene co-expression network
sample Sobic009G251300 Sobic009G251300 Sobic004G151900 Sobic004G151900 Sobic009G251300--Sobic004G151900 Sobic008G021700 Sobic008G021700 Sobic009G251300--Sobic008G021700 Sobic002G330400 Sobic002G330400 Sobic009G251300--Sobic002G330400 Sobic003G163100 Sobic003G163100 Sobic009G251300--Sobic003G163100 Sobic002G209600 Sobic002G209600 Sobic009G251300--Sobic002G209600 Sobic004G016500 Sobic004G016500 Sobic009G251300--Sobic004G016500 Sobic001G046600 Sobic001G046600 Sobic009G251300--Sobic001G046600 Sobic005G077933 Sobic005G077933 Sobic009G251300--Sobic005G077933 Sobic006G191400 Sobic006G191400 Sobic009G251300--Sobic006G191400 Sobic004G151900--Sobic008G021700 Sobic004G151900--Sobic009G251300 Sobic001G061600 Sobic001G061600 Sobic004G151900--Sobic001G061600 Sobic007G154800 Sobic007G154800 Sobic004G151900--Sobic007G154800 Sobic004G246800 Sobic004G246800 Sobic004G151900--Sobic004G246800 Sobic007G066050 Sobic007G066050 Sobic004G151900--Sobic007G066050 Sobic003G029300 Sobic003G029300 Sobic004G151900--Sobic003G029300 Sobic001G142400 Sobic001G142400 Sobic004G151900--Sobic001G142400 Sobic009G064766 Sobic009G064766 Sobic004G151900--Sobic009G064766 Sobic008G021700--Sobic004G151900 Sobic008G021700--Sobic009G251300 Sobic005G022800 Sobic005G022800 Sobic008G021700--Sobic005G022800 Sobic008G021700--Sobic004G246800 Sobic001G076200 Sobic001G076200 Sobic008G021700--Sobic001G076200 Sobic008G021700--Sobic002G209600 Sobic008G021700--Sobic001G142400 Sobic008G021700--Sobic005G077933 Sobic008G021700--Sobic001G061600 Sobic006G263700 Sobic006G263700 Sobic002G330400--Sobic006G263700 Sobic002G330400--Sobic004G016500 Sobic002G330400--Sobic006G191400 Sobic002G330400--Sobic001G046600 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic002G330400--Sobic001G543900 Sobic002G330400--Sobic009G251300 Sobic005G187200 Sobic005G187200 Sobic002G330400--Sobic005G187200 Sobic001G479500 Sobic001G479500 Sobic002G330400--Sobic001G479500 Sobic006G009400 Sobic006G009400 Sobic002G330400--Sobic006G009400 Sobic006G210100 Sobic006G210100 Sobic003G163100--Sobic006G210100 Sobic001G360900 Sobic001G360900 Sobic003G163100--Sobic001G360900 Sobic001G253200 Sobic001G253200 Sobic003G163100--Sobic001G253200 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic003G163100--Sobic001G303675 Sobic003G163100--Sobic009G251300 Sobic003G163100--Sobic006G191400 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic003G163100--Sobic002G151600 Sobic003G185250 Sobic003G185250 Sobic003G163100--Sobic003G185250 Sobic009G045700 Sobic009G045700 Sobic003G163100--Sobic009G045700 Sobic002G209600--Sobic004G246800 Sobic007G052900 Sobic007G052900 Sobic002G209600--Sobic007G052900 Sobic002G209600--Sobic006G191400 Sobic001G269300 Sobic001G269300 Sobic002G209600--Sobic001G269300 Sobic002G209600--Sobic009G251300 Sobic005G063700 Sobic005G063700 Sobic002G209600--Sobic005G063700 Sobic008G131700 Sobic008G131700 Sobic002G209600--Sobic008G131700 Sobic007G076700 Sobic007G076700 Sobic002G209600--Sobic007G076700 Sobic002G209600--Sobic002G330400 Sobic004G016500--Sobic001G046600 Sobic002G150766 Sobic002G150766 Sobic004G016500--Sobic002G150766 Sobic004G016500--Sobic002G330400 Sobic008G167300 Sobic008G167300 Sobic004G016500--Sobic008G167300 Sobic004G212800 Sobic004G212800 Sobic004G016500--Sobic004G212800 Sobic003G057800 Sobic003G057800 Sobic004G016500--Sobic003G057800 Sobic004G016500--Sobic001G479500 Sobic004G164600 Sobic004G164600 Sobic004G016500--Sobic004G164600 Sobic003G424100 Sobic003G424100 Sobic004G016500--Sobic003G424100 Sobic001G046600--Sobic004G016500 Sobic001G046600--Sobic004G212800 Sobic001G046600--Sobic004G164600 Sobic007G073400 Sobic007G073400 Sobic001G046600--Sobic007G073400 Sobic001G046600--Sobic003G424100 Sobic004G112500 Sobic004G112500 Sobic001G046600--Sobic004G112500 Sobic001G046600--Sobic008G167300 Sobic008G157950 Sobic008G157950 Sobic001G046600--Sobic008G157950 Sobic008G176732 Sobic008G176732 Sobic001G046600--Sobic008G176732 Sobic005G077933--Sobic009G251300 Sobic005G077933--Sobic006G191400 Sobic010G144100 Sobic010G144100 Sobic005G077933--Sobic010G144100 Sobic002G124200 Sobic002G124200 Sobic005G077933--Sobic002G124200 Sobic005G077933--Sobic009G045700 Sobic008G068400 Sobic008G068400 Sobic005G077933--Sobic008G068400 Sobic005G077933--Sobic008G021700 Sobic005G077933--Sobic002G209600 Sobic005G141801 Sobic005G141801 Sobic005G077933--Sobic005G141801 Sobic006G191400--Sobic002G330400 Sobic006G191400--Sobic001G303675 Sobic004G211400 Sobic004G211400 Sobic006G191400--Sobic004G211400 Sobic006G191400--Sobic003G163100 Sobic006G191400--Sobic002G209600 Sobic008G136200 Sobic008G136200 Sobic006G191400--Sobic008G136200 Sobic006G191400--Sobic002G151600 Sobic006G191400--Sobic009G045700 Sobic006G191400--Sobic007G052900
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.