Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G163100.2,Sobic.003G163100.3,Sobic.003G163100.1
Synonym Sb03g014750
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1B6Q3K4 , C5XKJ5
Pfam PF00069 PF07714
Panther DB PTHR24056 PTHR24056:SF176
NCBI CDD KOG0659; Cdk activating kinase (CAK)/RNA polymerase II transcription initiation/nucleotide excision repair factor TFIIH/TFIIK, kinase subunit CDK7
KEGG Orthology K08819; cyclin-dependent kinase 12/13
Gene Ontology GO:0006468; protein phosphorylation GO:0004672protein kinase activity GO:0006468protein phosphorylation GO:0005524ATP binding GO:0004672protein kinase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G54610 : Protein kinase superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g27020.4 : transposon protein, putative, unclassified, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a024537 , Zm00025a054439
Brachypodium KQK04317 , KQK21688 , KQK21687 , KQK04315 , KQK04316 , KQK04318
Barley -
Wheat -
Populus PNT07651


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G210100 zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed -
2 Sobic.001G360900 peptidyl-prolyl isomerase PASTICCINO1, putative, expressed -
3 Sobic.001G253200 mandelonitrile lyase, putative, expressed -
4 Sobic.001G303675 - -
5 Sobic.009G251300 endonuclease, putative, expressed -
6 Sobic.006G191400 - -
7 Sobic.002G151600 R-interacting factor 1, putative, expressed -
8 Sobic.003G185250 - -
9 Sobic.009G045700 E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, putative, expressed K04506: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
10 Sobic.001G428000 uncharacterized TPR repeat-containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.003G023400 SCAR-like protein 2, putative, expressed -
12 Sobic.009G100050 - -
13 Sobic.007G054400 FAR1 family protein, expressed -
14 Sobic.006G052300 dnaJ domain containing protein, expressed -
15 Sobic.008G136200 spotted leaf 11, putative, expressed -
16 Sobic.009G065100 splicing factor, putative, expressed K12850: pre-mRNA-splicing factor 38B
17 Sobic.006G210200 zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed -
18 Sobic.001G124000 pinin/SDK/memA protein, putative, expressed K13114: pinin
19 Sobic.002G144933 - -
20 Sobic.008G092532 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G163100 Sobic003G163100 Sobic006G210100 Sobic006G210100 Sobic003G163100--Sobic006G210100 Sobic001G360900 Sobic001G360900 Sobic003G163100--Sobic001G360900 Sobic001G253200 Sobic001G253200 Sobic003G163100--Sobic001G253200 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic003G163100--Sobic001G303675 Sobic009G251300 Sobic009G251300 Sobic003G163100--Sobic009G251300 Sobic006G191400 Sobic006G191400 Sobic003G163100--Sobic006G191400 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic003G163100--Sobic002G151600 Sobic003G185250 Sobic003G185250 Sobic003G163100--Sobic003G185250 Sobic009G045700 Sobic009G045700 Sobic003G163100--Sobic009G045700 Sobic006G210100--Sobic003G163100 Sobic006G210100--Sobic001G360900 Sobic006G210100--Sobic001G303675 Sobic006G246900 Sobic006G246900 Sobic006G210100--Sobic006G246900 Sobic003G259901 Sobic003G259901 Sobic006G210100--Sobic003G259901 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic006G210100--Sobic002G144933 Sobic006G145000 Sobic006G145000 Sobic006G210100--Sobic006G145000 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Octagon: transcription factors


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