Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G210100.11,Sobic.006G210100.7,Sobic.006G210100.6,Sobic.006G210100.12,Sobic.006G210100.14,Sobic.006G210100.8,Sobic.006G210100.16,Sobic.006G210100.5,Sobic.006G210100.15,Sobic.006G210100.13,Sobic.006G210100.9,Sobic.006G210100.10
Synonym Sb06g028080, EMB1135
Functional annotation zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed
UniProt A0A1B6PN46 , A0A1B6PN63 , A0A1Z5REX0 , A0A1Z5RFS5 , A0A1B6PN44 , A0A1B6PN24
Pfam PF03004
Panther DB PTHR12706 PTHR12706:SF14
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006355; regulation of transcription, DNA-templated


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G79350 : RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g52060.1 : transposable element protein, putative, containing Pfam profile: PF03004, Transposase_24, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQJ84491 , KQJ84493 , KQJ84492 , KQJ84494 , KQJ88079
Barley -
Wheat TraesCS2D02G426000 , TraesCS2D02G426000 , TraesCS2D02G426000 , TraesCS2B02G448400 , TraesCS2B02G448400 , TraesCS2B02G448400 , TraesCS2A02G428000 , TraesCS2A02G428000 , TraesCS2A02G428000
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G163100 expressed protein K08819: cyclin-dependent kinase 12/13
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9 Sobic.004G211400 Putative splicing factor(PubMedID : 24356560)@splicing factor, arginine/serine-rich 7, putative, expressed K12896: splicing factor, arginine/serine-rich 7
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12 Sobic.009G100050 - -
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20 Sobic.002G166500 protein phosphatase 2C, putative, expressed K17500: integrin-linked kinase-associated serine/threonine phosphatase 2C


Gene co-expression network
sample Sobic006G210100 Sobic006G210100 Sobic003G163100 Sobic003G163100 Sobic006G210100--Sobic003G163100 Sobic001G360900 Sobic001G360900 Sobic006G210100--Sobic001G360900 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic006G210100--Sobic001G303675 Sobic006G246900 Sobic006G246900 Sobic006G210100--Sobic006G246900 Sobic003G259901 Sobic003G259901 Sobic006G210100--Sobic003G259901 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic006G210100--Sobic002G144933 Sobic006G145000 Sobic006G145000 Sobic006G210100--Sobic006G145000 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic006G210100--Sobic002G151600 Sobic004G211400 Sobic004G211400 Sobic006G210100--Sobic004G211400 Sobic003G163100--Sobic006G210100 Sobic003G163100--Sobic001G360900 Sobic001G253200 Sobic001G253200 Sobic003G163100--Sobic001G253200 Sobic003G163100--Sobic001G303675 Sobic009G251300 Sobic009G251300 Sobic003G163100--Sobic009G251300 Sobic006G191400 Sobic006G191400 Sobic003G163100--Sobic006G191400 Sobic003G163100--Sobic002G151600 Sobic003G185250 Sobic003G185250 Sobic003G163100--Sobic003G185250 Sobic009G045700 Sobic009G045700 Sobic003G163100--Sobic009G045700 Sobic009G065100 Sobic009G065100 Sobic001G360900--Sobic009G065100 Sobic005G084100 Sobic005G084100 Sobic001G360900--Sobic005G084100 Sobic001G360900--Sobic003G163100 Sobic007G054400 Sobic007G054400 Sobic001G360900--Sobic007G054400 Sobic001G360900--Sobic001G253200 Sobic008G011100 Sobic008G011100 Sobic001G360900--Sobic008G011100 Sobic001G360900--Sobic006G210100 Sobic004G018300 Sobic004G018300 Sobic001G360900--Sobic004G018300 Sobic004G084300 Sobic004G084300 Sobic001G360900--Sobic004G084300 Sobic001G306900 Sobic001G306900 Sobic001G303675--Sobic001G306900 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic001G303675--Sobic001G094000 Sobic001G303675--Sobic002G144933 Sobic009G100050 Sobic009G100050 Sobic001G303675--Sobic009G100050 Sobic005G015900 Sobic005G015900 Sobic001G303675--Sobic005G015900 Sobic002G320500 Sobic002G320500 Sobic001G303675--Sobic002G320500 Sobic004G096500 Sobic004G096500 Sobic001G303675--Sobic004G096500 Sobic001G303675--Sobic002G151600 Sobic003G170100 Sobic003G170100 Sobic001G303675--Sobic003G170100 Sobic001G162300 Sobic001G162300 Sobic006G246900--Sobic001G162300 Sobic003G268300 Sobic003G268300 Sobic006G246900--Sobic003G268300 Sobic007G037900 Sobic007G037900 Sobic006G246900--Sobic007G037900 Sobic006G246900--Sobic001G094000 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic006G246900--Sobic002G157000 Sobic009G134500 Sobic009G134500 Sobic006G246900--Sobic009G134500 Sobic008G063000 Sobic008G063000 Sobic006G246900--Sobic008G063000 Sobic001G477800 Sobic001G477800 Sobic006G246900--Sobic001G477800 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic006G246900--Sobic007G011400 Sobic003G259901--Sobic006G210100 Sobic002G166500 Sobic002G166500 Sobic003G259901--Sobic002G166500 Sobic005G077466 Sobic005G077466 Sobic003G259901--Sobic005G077466 Sobic006G209850 Sobic006G209850 Sobic003G259901--Sobic006G209850 Sobic003G259901--Sobic002G144933 Sobic003G259901--Sobic009G065100 Sobic006G128900 Sobic006G128900 Sobic003G259901--Sobic006G128900 Sobic001G274200 Sobic001G274200 Sobic003G259901--Sobic001G274200 Sobic003G259901--Sobic006G246900 Sobic008G173900 Sobic008G173900 Sobic002G144933--Sobic008G173900 Sobic002G144933--Sobic002G157000 Sobic001G420200 Sobic001G420200 Sobic002G144933--Sobic001G420200 Sobic002G144933--Sobic003G268300 Sobic002G144933--Sobic001G274200 Sobic002G144933--Sobic007G037900 Sobic004G145500 Sobic004G145500 Sobic002G144933--Sobic004G145500 Sobic002G144933--Sobic003G170100 Sobic002G144933--Sobic009G065100 Sobic009G040700 Sobic009G040700 Sobic006G145000--Sobic009G040700 Sobic006G145000--Sobic005G077466 Sobic006G145000--Sobic001G094000 Sobic004G357200 Sobic004G357200 Sobic006G145000--Sobic004G357200 Sobic006G145000--Sobic006G246900 Sobic006G145000--Sobic007G011400 Sobic006G009400 Sobic006G009400 Sobic006G145000--Sobic006G009400 Sobic007G205800 Sobic007G205800 Sobic006G145000--Sobic007G205800 Sobic006G145000--Sobic006G128900 Sobic002G151600--Sobic002G157000 Sobic003G197800 Sobic003G197800 Sobic002G151600--Sobic003G197800 Sobic002G151600--Sobic002G320500 Sobic002G313300 Sobic002G313300 Sobic002G151600--Sobic002G313300 Sobic009G000500 Sobic009G000500 Sobic002G151600--Sobic009G000500 Sobic002G151600--Sobic001G094000 Sobic002G151600--Sobic009G065100 Sobic002G248400 Sobic002G248400 Sobic002G151600--Sobic002G248400 Sobic002G151600--Sobic001G303675 Sobic008G034600 Sobic008G034600 Sobic004G211400--Sobic008G034600 Sobic009G022200 Sobic009G022200 Sobic004G211400--Sobic009G022200 Sobic004G211400--Sobic007G205800 Sobic002G157200 Sobic002G157200 Sobic004G211400--Sobic002G157200 Sobic007G224900 Sobic007G224900 Sobic004G211400--Sobic007G224900 Sobic004G211400--Sobic006G191400 Sobic003G258400 Sobic003G258400 Sobic004G211400--Sobic003G258400 Sobic008G136200 Sobic008G136200 Sobic004G211400--Sobic008G136200 Sobic001G428400 Sobic001G428400 Sobic004G211400--Sobic001G428400
Octagon: transcription factors


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