Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G210200.2,Sobic.006G210200.1
Synonym EMB1135
Functional annotation zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed
UniProt A0A1B6PN23 , A0A1B6PN58
Pfam -
Panther DB PTHR12706 PTHR12706:SF18
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006355; regulation of transcription, DNA-templated


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G79350 : RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g52074.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQK06214
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G050500 type I inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase, putative, expressed -
2 Sobic.001G454301 - -
3 Sobic.002G151600 R-interacting factor 1, putative, expressed -
4 Sobic.003G023400 SCAR-like protein 2, putative, expressed -
5 Sobic.002G157200 expressed protein -
6 Sobic.003G185250 - -
7 Sobic.002G060450 - -
8 Sobic.001G303675 - -
9 Sobic.009G239351 - -
10 Sobic.004G078100 zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein, expressed -
11 Sobic.002G223300 nucleoporin p58/p45, putative, expressed K14307: NUPL1, nucleoporin p58/p45
12 Sobic.001G045700 "CESA3-like homologous to the Arabidopsis, up-regulated in addition of GA3"(PubMedID : 26198258)@CESA2 - cellulose synthase, expressed K10999: cellulose synthase A
13 Sobic.005G009200 expressed protein -
14 Sobic.007G116400 - -
15 Sobic.002G421700 OsFBX368 - F-box domain containing protein, expressed -
16 Sobic.002G259800 hydroxyproline-rich glycoprotein family protein, putative, expressed -
17 Sobic.008G100100 MYB family transcription factor, putative, expressed K12860: CDC5L, CDC5, pre-mRNA-splicing factor CDC5/CEF1
18 Sobic.004G085300 Sel1 repeat domain containing protein, putative, expressed -
19 Sobic.002G089900 OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed -
20 Sobic.002G177400 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic006G210200 Sobic006G210200 Sobic002G050500 Sobic002G050500 Sobic006G210200--Sobic002G050500 Sobic001G454301 Sobic001G454301 Sobic006G210200--Sobic001G454301 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic006G210200--Sobic002G151600 Sobic003G023400 Sobic003G023400 Sobic006G210200--Sobic003G023400 Sobic002G157200 Sobic002G157200 Sobic006G210200--Sobic002G157200 Sobic003G185250 Sobic003G185250 Sobic006G210200--Sobic003G185250 Sobic002G060450 Sobic002G060450 Sobic006G210200--Sobic002G060450 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic006G210200--Sobic001G303675 Sobic009G239351 Sobic009G239351 Sobic006G210200--Sobic009G239351 Sobic002G050500--Sobic006G210200 Sobic001G268700 Sobic001G268700 Sobic002G050500--Sobic001G268700 Sobic002G140800 Sobic002G140800 Sobic002G050500--Sobic002G140800 Sobic008G056350 Sobic008G056350 Sobic002G050500--Sobic008G056350 Sobic001G045700 Sobic001G045700 Sobic002G050500--Sobic001G045700 Sobic002G050500--Sobic002G060450 Sobic002G050500--Sobic001G454301 Sobic002G223300 Sobic002G223300 Sobic002G050500--Sobic002G223300 Sobic003G128600 Sobic003G128600 Sobic002G050500--Sobic003G128600 Sobic007G116400 Sobic007G116400 Sobic001G454301--Sobic007G116400 Sobic002G421700 Sobic002G421700 Sobic001G454301--Sobic002G421700 Sobic008G117200 Sobic008G117200 Sobic001G454301--Sobic008G117200 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic001G454301--Sobic001G094000 Sobic009G104300 Sobic009G104300 Sobic001G454301--Sobic009G104300 Sobic001G454301--Sobic009G239351 Sobic001G454301--Sobic001G303675 Sobic001G454301--Sobic002G140800 Sobic006G217200 Sobic006G217200 Sobic001G454301--Sobic006G217200 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic002G151600--Sobic002G157000 Sobic003G197800 Sobic003G197800 Sobic002G151600--Sobic003G197800 Sobic002G320500 Sobic002G320500 Sobic002G151600--Sobic002G320500 Sobic002G313300 Sobic002G313300 Sobic002G151600--Sobic002G313300 Sobic009G000500 Sobic009G000500 Sobic002G151600--Sobic009G000500 Sobic002G151600--Sobic001G094000 Sobic009G065100 Sobic009G065100 Sobic002G151600--Sobic009G065100 Sobic002G248400 Sobic002G248400 Sobic002G151600--Sobic002G248400 Sobic002G151600--Sobic001G303675 Sobic004G193800 Sobic004G193800 Sobic003G023400--Sobic004G193800 Sobic002G049000 Sobic002G049000 Sobic003G023400--Sobic002G049000 Sobic003G023400--Sobic006G210200 Sobic003G023400--Sobic003G185250 Sobic002G090400 Sobic002G090400 Sobic003G023400--Sobic002G090400 Sobic008G068800 Sobic008G068800 Sobic003G023400--Sobic008G068800 Sobic001G367100 Sobic001G367100 Sobic003G023400--Sobic001G367100 Sobic003G023400--Sobic001G094000 Sobic003G163100 Sobic003G163100 Sobic003G023400--Sobic003G163100 Sobic008G034600 Sobic008G034600 Sobic002G157200--Sobic008G034600 Sobic007G224900 Sobic007G224900 Sobic002G157200--Sobic007G224900 Sobic004G211400 Sobic004G211400 Sobic002G157200--Sobic004G211400 Sobic002G157200--Sobic001G045700 Sobic002G157200--Sobic006G210200 Sobic002G157200--Sobic002G049000 Sobic009G022200 Sobic009G022200 Sobic002G157200--Sobic009G022200 Sobic002G157200--Sobic002G421700 Sobic002G061400 Sobic002G061400 Sobic002G157200--Sobic002G061400 Sobic003G185250--Sobic004G193800 Sobic003G185250--Sobic001G045700 Sobic003G185250--Sobic002G060450 Sobic003G185250--Sobic006G210200 Sobic003G185250--Sobic001G454301 Sobic003G185250--Sobic003G163100 Sobic006G006500 Sobic006G006500 Sobic003G185250--Sobic006G006500 Sobic003G185250--Sobic003G023400 Sobic005G110523 Sobic005G110523 Sobic003G185250--Sobic005G110523 Sobic002G060450--Sobic003G185250 Sobic002G060450--Sobic002G049000 Sobic007G046900 Sobic007G046900 Sobic002G060450--Sobic007G046900 Sobic002G060450--Sobic006G210200 Sobic002G060450--Sobic006G006500 Sobic002G060450--Sobic001G045700 Sobic002G060450--Sobic002G050500 Sobic006G022500 Sobic006G022500 Sobic002G060450--Sobic006G022500 Sobic003G346000 Sobic003G346000 Sobic002G060450--Sobic003G346000 Sobic001G306900 Sobic001G306900 Sobic001G303675--Sobic001G306900 Sobic001G303675--Sobic001G094000 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic001G303675--Sobic002G144933 Sobic009G100050 Sobic009G100050 Sobic001G303675--Sobic009G100050 Sobic005G015900 Sobic005G015900 Sobic001G303675--Sobic005G015900 Sobic001G303675--Sobic002G320500 Sobic004G096500 Sobic004G096500 Sobic001G303675--Sobic004G096500 Sobic001G303675--Sobic002G151600 Sobic003G170100 Sobic003G170100 Sobic001G303675--Sobic003G170100 Sobic009G239351--Sobic007G116400 Sobic009G239351--Sobic001G454301 Sobic009G239301 Sobic009G239301 Sobic009G239351--Sobic009G239301 Sobic009G239351--Sobic006G210200 Sobic009G239351--Sobic009G104300 Sobic009G239351--Sobic001G094000 Sobic009G239351--Sobic003G170100 Sobic001G162300 Sobic001G162300 Sobic009G239351--Sobic001G162300 Sobic009G239351--Sobic001G303675
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.