Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G060450.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1W0W2G6
Pfam PF00646
Panther DB PTHR32133 PTHR32133:SF142
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G07610 : F-box family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g35050.1 : OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G185250 - -
2 Sobic.002G049000 frigida, putative, expressed -
3 Sobic.007G046900 MBTB32 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
4 Sobic.006G210200 zinc finger domain, LSD1 subclass family protein, expressed -
5 Sobic.006G006500 MBTB44 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
6 Sobic.001G045700 "CESA3-like homologous to the Arabidopsis, up-regulated in addition of GA3"(PubMedID : 26198258)@CESA2 - cellulose synthase, expressed K10999: cellulose synthase A
7 Sobic.002G050500 type I inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase, putative, expressed -
8 Sobic.006G022500 OsFBD9 - F-box and FBD domain containing protein, expressed -
9 Sobic.003G346000 IQ calmodulin-binding motif domain containing protein, expressed -
10 Sobic.001G393401 - -
11 Sobic.009G011500 expressed protein -
12 Sobic.001G454301 - -
13 Sobic.002G061400 OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed -
14 Sobic.002G223300 nucleoporin p58/p45, putative, expressed K14307: NUPL1, nucleoporin p58/p45
15 Sobic.009G239351 - -
16 Sobic.004G005400 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase, putative, expressed K12854: SNRNP200, pre-mRNA-splicing helicase BRR2
17 Sobic.003G023400 SCAR-like protein 2, putative, expressed -
18 Sobic.001G303675 - -
19 Sobic.004G227500 WD-40 repeat family protein, putative, expressed -
20 Sobic.001G367100 pleckstrin homology domain-containing protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G060450 Sobic002G060450 Sobic003G185250 Sobic003G185250 Sobic002G060450--Sobic003G185250 Sobic002G049000 Sobic002G049000 Sobic002G060450--Sobic002G049000 Sobic007G046900 Sobic007G046900 Sobic002G060450--Sobic007G046900 Sobic006G210200 Sobic006G210200 Sobic002G060450--Sobic006G210200 Sobic006G006500 Sobic006G006500 Sobic002G060450--Sobic006G006500 Sobic001G045700 Sobic001G045700 Sobic002G060450--Sobic001G045700 Sobic002G050500 Sobic002G050500 Sobic002G060450--Sobic002G050500 Sobic006G022500 Sobic006G022500 Sobic002G060450--Sobic006G022500 Sobic003G346000 Sobic003G346000 Sobic002G060450--Sobic003G346000 Sobic004G193800 Sobic004G193800 Sobic003G185250--Sobic004G193800 Sobic003G185250--Sobic001G045700 Sobic003G185250--Sobic002G060450 Sobic003G185250--Sobic006G210200 Sobic001G454301 Sobic001G454301 Sobic003G185250--Sobic001G454301 Sobic003G163100 Sobic003G163100 Sobic003G185250--Sobic003G163100 Sobic003G185250--Sobic006G006500 Sobic003G023400 Sobic003G023400 Sobic003G185250--Sobic003G023400 Sobic005G110523 Sobic005G110523 Sobic003G185250--Sobic005G110523 Sobic002G049000--Sobic003G346000 Sobic002G297800 Sobic002G297800 Sobic002G049000--Sobic002G297800 Sobic002G090400 Sobic002G090400 Sobic002G049000--Sobic002G090400 Sobic008G068800 Sobic008G068800 Sobic002G049000--Sobic008G068800 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic002G049000--Sobic007G011400 Sobic002G061400 Sobic002G061400 Sobic002G049000--Sobic002G061400 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic002G049000--Sobic001G094000 Sobic008G034600 Sobic008G034600 Sobic002G049000--Sobic008G034600 Sobic001G394400 Sobic001G394400 Sobic002G049000--Sobic001G394400 Sobic004G078100 Sobic004G078100 Sobic007G046900--Sobic004G078100 Sobic007G046900--Sobic002G060450 Sobic002G223300 Sobic002G223300 Sobic007G046900--Sobic002G223300 Sobic002G018600 Sobic002G018600 Sobic007G046900--Sobic002G018600 Sobic001G215400 Sobic001G215400 Sobic007G046900--Sobic001G215400 Sobic002G095700 Sobic002G095700 Sobic007G046900--Sobic002G095700 Sobic009G239301 Sobic009G239301 Sobic007G046900--Sobic009G239301 Sobic002G089900 Sobic002G089900 Sobic007G046900--Sobic002G089900 Sobic003G433500 Sobic003G433500 Sobic007G046900--Sobic003G433500 Sobic006G210200--Sobic002G050500 Sobic006G210200--Sobic001G454301 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic006G210200--Sobic002G151600 Sobic006G210200--Sobic003G023400 Sobic002G157200 Sobic002G157200 Sobic006G210200--Sobic002G157200 Sobic006G210200--Sobic003G185250 Sobic006G210200--Sobic002G060450 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic006G210200--Sobic001G303675 Sobic009G239351 Sobic009G239351 Sobic006G210200--Sobic009G239351 Sobic006G006500--Sobic001G045700 Sobic006G006500--Sobic002G060450 Sobic006G006500--Sobic003G185250 Sobic001G261521 Sobic001G261521 Sobic006G006500--Sobic001G261521 Sobic006G006500--Sobic001G303675 Sobic006G006500--Sobic002G049000 Sobic007G079200 Sobic007G079200 Sobic006G006500--Sobic007G079200 Sobic006G006500--Sobic001G454301 Sobic006G006500--Sobic002G061400 Sobic001G045700--Sobic002G157200 Sobic007G224900 Sobic007G224900 Sobic001G045700--Sobic007G224900 Sobic001G045700--Sobic003G185250 Sobic001G045700--Sobic006G006500 Sobic001G045700--Sobic002G049000 Sobic001G045700--Sobic002G060450 Sobic001G045700--Sobic002G050500 Sobic001G045700--Sobic002G297800 Sobic010G208500 Sobic010G208500 Sobic001G045700--Sobic010G208500 Sobic002G050500--Sobic006G210200 Sobic001G268700 Sobic001G268700 Sobic002G050500--Sobic001G268700 Sobic002G140800 Sobic002G140800 Sobic002G050500--Sobic002G140800 Sobic008G056350 Sobic008G056350 Sobic002G050500--Sobic008G056350 Sobic002G050500--Sobic001G045700 Sobic002G050500--Sobic002G060450 Sobic002G050500--Sobic001G454301 Sobic002G050500--Sobic002G223300 Sobic003G128600 Sobic003G128600 Sobic002G050500--Sobic003G128600 Sobic004G227500 Sobic004G227500 Sobic006G022500--Sobic004G227500 Sobic004G148600 Sobic004G148600 Sobic006G022500--Sobic004G148600 Sobic001G384600 Sobic001G384600 Sobic006G022500--Sobic001G384600 Sobic002G073300 Sobic002G073300 Sobic006G022500--Sobic002G073300 Sobic006G022500--Sobic002G060450 Sobic004G189700 Sobic004G189700 Sobic006G022500--Sobic004G189700 Sobic006G022500--Sobic001G045700 Sobic006G022400 Sobic006G022400 Sobic006G022500--Sobic006G022400 Sobic005G177900 Sobic005G177900 Sobic006G022500--Sobic005G177900 Sobic003G346000--Sobic002G049000 Sobic003G346000--Sobic007G011400 Sobic003G346000--Sobic008G034600 Sobic002G313300 Sobic002G313300 Sobic003G346000--Sobic002G313300 Sobic003G346000--Sobic002G151600 Sobic004G088400 Sobic004G088400 Sobic003G346000--Sobic004G088400 Sobic007G008800 Sobic007G008800 Sobic003G346000--Sobic007G008800 Sobic002G177400 Sobic002G177400 Sobic003G346000--Sobic002G177400 Sobic004G005400 Sobic004G005400 Sobic003G346000--Sobic004G005400
Octagon: transcription factors


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