Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G061400.1
Synonym Sb02g005100
Functional annotation OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed
UniProt C5XBT6
Pfam PF00646
Panther DB PTHR32133 PTHR32133:SF142
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G07610 : F-box family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g35050.1 : OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a045228 , Zm00025a045220 , Zm00025a045219 , Zm00025a045232 , Zm00025a045234
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS7D02G467300
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.002G061400


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G129700 PAPA-1-like conserved region family protein, expressed K11666: INO80B, ZNHIT4, INO80 complex subunit B
2 Sobic.003G336800 expressed protein -
3 Sobic.002G421700 OsFBX368 - F-box domain containing protein, expressed -
4 Sobic.010G199800 UBA and UBX domain-containing protein, putative, expressed K14012: SHP1, UBX1, UBX domain-containing protein 1
5 Sobic.008G034600 protein kinase PKN/PRK1, effector, putative, expressed -
6 Sobic.008G116500 plus-3 domain containing protein, expressed K15178: RNA polymerase-associated protein RTF1
7 Sobic.002G297800 growth regulating factor protein, putative, expressed -
8 Sobic.002G049000 frigida, putative, expressed -
9 Sobic.008G117200 RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1, putative, expressed K10144: RCHY1, RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1
10 Sobic.004G088400 GTPase-activating protein, putative, expressed -
11 Sobic.007G188900 AP2 domain containing protein, expressed -
12 Sobic.002G177400 expressed protein -
13 Sobic.004G349900 -(PubMedID : 27329702)@expressed protein -
14 Sobic.007G008800 VHS and GAT domain containing protein, expressed -
15 Sobic.009G104300 - -
16 Sobic.002G001600 MBTB12 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
17 Sobic.003G346000 IQ calmodulin-binding motif domain containing protein, expressed -
18 Sobic.003G359300 ELM2 domain containing protein, putative, expressed -
19 Sobic.001G454301 - -
20 Sobic.005G015900 dnaJ domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G061400 Sobic002G061400 Sobic008G129700 Sobic008G129700 Sobic002G061400--Sobic008G129700 Sobic003G336800 Sobic003G336800 Sobic002G061400--Sobic003G336800 Sobic002G421700 Sobic002G421700 Sobic002G061400--Sobic002G421700 Sobic010G199800 Sobic010G199800 Sobic002G061400--Sobic010G199800 Sobic008G034600 Sobic008G034600 Sobic002G061400--Sobic008G034600 Sobic008G116500 Sobic008G116500 Sobic002G061400--Sobic008G116500 Sobic002G297800 Sobic002G297800 Sobic002G061400--Sobic002G297800 Sobic002G049000 Sobic002G049000 Sobic002G061400--Sobic002G049000 Sobic008G117200 Sobic008G117200 Sobic002G061400--Sobic008G117200 Sobic008G129700--Sobic003G336800 Sobic004G061900 Sobic004G061900 Sobic008G129700--Sobic004G061900 Sobic008G129700--Sobic002G061400 Sobic008G129700--Sobic008G117200 Sobic002G177400 Sobic002G177400 Sobic008G129700--Sobic002G177400 Sobic007G185900 Sobic007G185900 Sobic008G129700--Sobic007G185900 Sobic008G078100 Sobic008G078100 Sobic008G129700--Sobic008G078100 Sobic003G248500 Sobic003G248500 Sobic008G129700--Sobic003G248500 Sobic004G088400 Sobic004G088400 Sobic008G129700--Sobic004G088400 Sobic003G336800--Sobic004G088400 Sobic003G336800--Sobic008G129700 Sobic003G336800--Sobic002G061400 Sobic010G174800 Sobic010G174800 Sobic003G336800--Sobic010G174800 Sobic001G296500 Sobic001G296500 Sobic003G336800--Sobic001G296500 Sobic010G202600 Sobic010G202600 Sobic003G336800--Sobic010G202600 Sobic003G336800--Sobic010G199800 Sobic006G128800 Sobic006G128800 Sobic003G336800--Sobic006G128800 Sobic007G008800 Sobic007G008800 Sobic003G336800--Sobic007G008800 Sobic002G421700--Sobic008G034600 Sobic002G421700--Sobic008G117200 Sobic001G454301 Sobic001G454301 Sobic002G421700--Sobic001G454301 Sobic002G421700--Sobic002G061400 Sobic005G015900 Sobic005G015900 Sobic002G421700--Sobic005G015900 Sobic002G421700--Sobic008G129700 Sobic007G116400 Sobic007G116400 Sobic002G421700--Sobic007G116400 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic002G421700--Sobic001G094000 Sobic006G217200 Sobic006G217200 Sobic002G421700--Sobic006G217200 Sobic010G199800--Sobic002G061400 Sobic010G199800--Sobic003G336800 Sobic010G199800--Sobic010G174800 Sobic006G130200 Sobic006G130200 Sobic010G199800--Sobic006G130200 Sobic001G425000 Sobic001G425000 Sobic010G199800--Sobic001G425000 Sobic002G197100 Sobic002G197100 Sobic010G199800--Sobic002G197100 Sobic004G349900 Sobic004G349900 Sobic010G199800--Sobic004G349900 Sobic010G199800--Sobic006G128800 Sobic001G202266 Sobic001G202266 Sobic010G199800--Sobic001G202266 Sobic007G205800 Sobic007G205800 Sobic008G034600--Sobic007G205800 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic008G034600--Sobic007G011400 Sobic010G263800 Sobic010G263800 Sobic008G034600--Sobic010G263800 Sobic004G271900 Sobic004G271900 Sobic008G034600--Sobic004G271900 Sobic008G034600--Sobic008G117200 Sobic008G034600--Sobic002G421700 Sobic009G022200 Sobic009G022200 Sobic008G034600--Sobic009G022200 Sobic007G224900 Sobic007G224900 Sobic008G034600--Sobic007G224900 Sobic003G346000 Sobic003G346000 Sobic008G034600--Sobic003G346000 Sobic002G001600 Sobic002G001600 Sobic008G116500--Sobic002G001600 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic008G116500--Sobic001G543900 Sobic008G116500--Sobic007G011400 Sobic001G439500 Sobic001G439500 Sobic008G116500--Sobic001G439500 Sobic006G080300 Sobic006G080300 Sobic008G116500--Sobic006G080300 Sobic007G037100 Sobic007G037100 Sobic008G116500--Sobic007G037100 Sobic002G313300 Sobic002G313300 Sobic008G116500--Sobic002G313300 Sobic001G477800 Sobic001G477800 Sobic008G116500--Sobic001G477800 Sobic004G196700 Sobic004G196700 Sobic008G116500--Sobic004G196700 Sobic002G297800--Sobic002G049000 Sobic003G204000 Sobic003G204000 Sobic002G297800--Sobic003G204000 Sobic002G297800--Sobic002G061400 Sobic008G068800 Sobic008G068800 Sobic002G297800--Sobic008G068800 Sobic009G231300 Sobic009G231300 Sobic002G297800--Sobic009G231300 Sobic009G257300 Sobic009G257300 Sobic002G297800--Sobic009G257300 Sobic004G212800 Sobic004G212800 Sobic002G297800--Sobic004G212800 Sobic002G297800--Sobic002G313300 Sobic009G059600 Sobic009G059600 Sobic002G297800--Sobic009G059600 Sobic002G049000--Sobic003G346000 Sobic002G049000--Sobic002G297800 Sobic002G090400 Sobic002G090400 Sobic002G049000--Sobic002G090400 Sobic002G049000--Sobic008G068800 Sobic002G049000--Sobic007G011400 Sobic002G049000--Sobic002G061400 Sobic002G049000--Sobic001G094000 Sobic002G049000--Sobic008G034600 Sobic001G394400 Sobic001G394400 Sobic002G049000--Sobic001G394400 Sobic008G117200--Sobic010G263800 Sobic008G117200--Sobic008G034600 Sobic008G117200--Sobic001G094000 Sobic008G117200--Sobic004G088400 Sobic008G117200--Sobic002G177400 Sobic008G117200--Sobic002G421700 Sobic008G117200--Sobic007G116400 Sobic008G117200--Sobic007G011400 Sobic008G117200--Sobic001G477800
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.