Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G006500.1,Sobic.006G006500.3,Sobic.006G006500.2
Synonym BPM1, ATBPM1, Sb06g000740
Functional annotation MBTB44 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed
UniProt C5YBM6
Pfam PF00917 PF00651
Panther DB PTHR26379 PTHR26379:SF144
NCBI CDD KOG1987; Speckle-type POZ protein SPOP and related proteins with TRAF, MATH and BTB/POZ domains
KEGG Orthology K10523; speckle-type POZ protein
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G19000 : BTB-POZ and MATH domain 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g29310.1 : MBTB51 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS6A02G014200
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.006G006500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G045700 "CESA3-like homologous to the Arabidopsis, up-regulated in addition of GA3"(PubMedID : 26198258)@CESA2 - cellulose synthase, expressed K10999: cellulose synthase A
2 Sobic.002G060450 - -
3 Sobic.003G185250 - -
4 Sobic.001G261521 - -
5 Sobic.001G303675 - -
6 Sobic.002G049000 frigida, putative, expressed -
7 Sobic.007G079200 exonuclease, putative, expressed -
8 Sobic.001G454301 - -
9 Sobic.002G061400 OsFBX237 - F-box domain containing protein, expressed -
10 Sobic.005G015100 OsFBX291 - F-box domain containing protein, expressed -
11 Sobic.009G100050 - -
12 Sobic.004G005400 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase, putative, expressed K12854: SNRNP200, pre-mRNA-splicing helicase BRR2
13 Sobic.003G163100 expressed protein K08819: cyclin-dependent kinase 12/13
14 Sobic.004G219100 phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit C, putative, expressed K03859: PIGC, phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit C
15 Sobic.006G052300 dnaJ domain containing protein, expressed -
16 Sobic.007G227000 riboflavin biosynthesis protein ribAB, chloroplast precursor, putative, expressed K14652: 3,4-dihydroxy 2-butanone 4-phosphate synthase / GTP cyclohydrolase II
17 Sobic.001G448100 DNA-directed RNA polymerase subunit, putative, expressed K16252: NRPD2, DNA-directed RNA polymerase IV and V subunit 2
18 Sobic.005G015900 dnaJ domain containing protein, expressed -
19 Sobic.002G263300 - -
20 Sobic.010G166000 ESP1, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic006G006500 Sobic006G006500 Sobic001G045700 Sobic001G045700 Sobic006G006500--Sobic001G045700 Sobic002G060450 Sobic002G060450 Sobic006G006500--Sobic002G060450 Sobic003G185250 Sobic003G185250 Sobic006G006500--Sobic003G185250 Sobic001G261521 Sobic001G261521 Sobic006G006500--Sobic001G261521 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic006G006500--Sobic001G303675 Sobic002G049000 Sobic002G049000 Sobic006G006500--Sobic002G049000 Sobic007G079200 Sobic007G079200 Sobic006G006500--Sobic007G079200 Sobic001G454301 Sobic001G454301 Sobic006G006500--Sobic001G454301 Sobic002G061400 Sobic002G061400 Sobic006G006500--Sobic002G061400 Sobic002G157200 Sobic002G157200 Sobic001G045700--Sobic002G157200 Sobic007G224900 Sobic007G224900 Sobic001G045700--Sobic007G224900 Sobic001G045700--Sobic003G185250 Sobic001G045700--Sobic006G006500 Sobic001G045700--Sobic002G049000 Sobic001G045700--Sobic002G060450 Sobic002G050500 Sobic002G050500 Sobic001G045700--Sobic002G050500 Sobic002G297800 Sobic002G297800 Sobic001G045700--Sobic002G297800 Sobic010G208500 Sobic010G208500 Sobic001G045700--Sobic010G208500 Sobic002G060450--Sobic003G185250 Sobic002G060450--Sobic002G049000 Sobic007G046900 Sobic007G046900 Sobic002G060450--Sobic007G046900 Sobic006G210200 Sobic006G210200 Sobic002G060450--Sobic006G210200 Sobic002G060450--Sobic006G006500 Sobic002G060450--Sobic001G045700 Sobic002G060450--Sobic002G050500 Sobic006G022500 Sobic006G022500 Sobic002G060450--Sobic006G022500 Sobic003G346000 Sobic003G346000 Sobic002G060450--Sobic003G346000 Sobic004G193800 Sobic004G193800 Sobic003G185250--Sobic004G193800 Sobic003G185250--Sobic001G045700 Sobic003G185250--Sobic002G060450 Sobic003G185250--Sobic006G210200 Sobic003G185250--Sobic001G454301 Sobic003G163100 Sobic003G163100 Sobic003G185250--Sobic003G163100 Sobic003G185250--Sobic006G006500 Sobic003G023400 Sobic003G023400 Sobic003G185250--Sobic003G023400 Sobic005G110523 Sobic005G110523 Sobic003G185250--Sobic005G110523 Sobic001G261521--Sobic006G006500 Sobic004G239901 Sobic004G239901 Sobic001G261521--Sobic004G239901 Sobic010G152850 Sobic010G152850 Sobic001G261521--Sobic010G152850 Sobic001G261521--Sobic003G185250 Sobic009G239351 Sobic009G239351 Sobic001G261521--Sobic009G239351 Sobic001G245900 Sobic001G245900 Sobic001G261521--Sobic001G245900 Sobic001G511500 Sobic001G511500 Sobic001G261521--Sobic001G511500 Sobic009G100050 Sobic009G100050 Sobic001G261521--Sobic009G100050 Sobic001G261521--Sobic002G060450 Sobic001G306900 Sobic001G306900 Sobic001G303675--Sobic001G306900 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic001G303675--Sobic001G094000 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic001G303675--Sobic002G144933 Sobic001G303675--Sobic009G100050 Sobic005G015900 Sobic005G015900 Sobic001G303675--Sobic005G015900 Sobic002G320500 Sobic002G320500 Sobic001G303675--Sobic002G320500 Sobic004G096500 Sobic004G096500 Sobic001G303675--Sobic004G096500 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic001G303675--Sobic002G151600 Sobic003G170100 Sobic003G170100 Sobic001G303675--Sobic003G170100 Sobic002G049000--Sobic003G346000 Sobic002G049000--Sobic002G297800 Sobic002G090400 Sobic002G090400 Sobic002G049000--Sobic002G090400 Sobic008G068800 Sobic008G068800 Sobic002G049000--Sobic008G068800 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic002G049000--Sobic007G011400 Sobic002G049000--Sobic002G061400 Sobic002G049000--Sobic001G094000 Sobic008G034600 Sobic008G034600 Sobic002G049000--Sobic008G034600 Sobic001G394400 Sobic001G394400 Sobic002G049000--Sobic001G394400 Sobic003G176400 Sobic003G176400 Sobic007G079200--Sobic003G176400 Sobic007G079200--Sobic001G094000 Sobic010G189000 Sobic010G189000 Sobic007G079200--Sobic010G189000 Sobic009G040700 Sobic009G040700 Sobic007G079200--Sobic009G040700 Sobic002G158700 Sobic002G158700 Sobic007G079200--Sobic002G158700 Sobic006G046700 Sobic006G046700 Sobic007G079200--Sobic006G046700 Sobic004G031700 Sobic004G031700 Sobic007G079200--Sobic004G031700 Sobic001G477800 Sobic001G477800 Sobic007G079200--Sobic001G477800 Sobic001G296500 Sobic001G296500 Sobic007G079200--Sobic001G296500 Sobic007G116400 Sobic007G116400 Sobic001G454301--Sobic007G116400 Sobic002G421700 Sobic002G421700 Sobic001G454301--Sobic002G421700 Sobic008G117200 Sobic008G117200 Sobic001G454301--Sobic008G117200 Sobic001G454301--Sobic001G094000 Sobic009G104300 Sobic009G104300 Sobic001G454301--Sobic009G104300 Sobic001G454301--Sobic009G239351 Sobic001G454301--Sobic001G303675 Sobic002G140800 Sobic002G140800 Sobic001G454301--Sobic002G140800 Sobic006G217200 Sobic006G217200 Sobic001G454301--Sobic006G217200 Sobic008G129700 Sobic008G129700 Sobic002G061400--Sobic008G129700 Sobic003G336800 Sobic003G336800 Sobic002G061400--Sobic003G336800 Sobic002G061400--Sobic002G421700 Sobic010G199800 Sobic010G199800 Sobic002G061400--Sobic010G199800 Sobic002G061400--Sobic008G034600 Sobic008G116500 Sobic008G116500 Sobic002G061400--Sobic008G116500 Sobic002G061400--Sobic002G297800 Sobic002G061400--Sobic002G049000 Sobic002G061400--Sobic008G117200
Octagon: transcription factors


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