Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G227000.1
Synonym GCH, Sb07g029180, RFD1, ATRIBA1, ATGCH
Functional annotation riboflavin biosynthesis protein ribAB, chloroplast precursor, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RBF2
Pfam PF00925 PF00926
Panther DB PTHR21327 PTHR21327:SF17
NCBI CDD KOG1284; Bifunctional GTP cyclohydrolase II/3,4-dihydroxy-2butanone-4-phosphate synthase
KEGG Orthology K14652; 3,4-dihydroxy 2-butanone 4-phosphate synthase / GTP cyclohydrolase II
Gene Ontology GO:0009231; riboflavin biosynthetic process GO:0003935GTP cyclohydrolase II activity GO:00086863,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G64300 : GTP cyclohydrolase II
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g37605.1 : riboflavin biosynthesis protein ribAB, chloroplast precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a004920
Brachypodium KQJ98712
Barley HORVU0Hr1G039460.4 , HORVU0Hr1G039460.5 , HORVU0Hr1G039460.1 , HORVU0Hr1G039460.2 , HORVU0Hr1G039460.3
Wheat TraesCS7A02G415600 , TraesCS7B02G315700 , TraesCS7B02G315700
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G320500 MYB family transcription factor, putative, expressed -
2 Sobic.009G178800 bZIP transcription factor, putative, expressed K14432: ABA responsive element binding factor
3 Sobic.001G303675 - -
4 Sobic.006G046700 vacuolar protein sorting-associated protein 11, putative, expressed -
5 Sobic.005G015900 dnaJ domain containing protein, expressed -
6 Sobic.001G206100 expressed protein -
7 Sobic.006G080300 SET domain containing protein, expressed -
8 Sobic.006G032400 expressed protein -
9 Sobic.001G477800 expressed protein -
10 Sobic.008G100100 MYB family transcription factor, putative, expressed K12860: CDC5L, CDC5, pre-mRNA-splicing factor CDC5/CEF1
11 Sobic.004G219100 phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit C, putative, expressed K03859: PIGC, phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit C
12 Sobic.001G228700 - -
13 Sobic.001G257300 OsFBL52 - F-box domain and LRR containing protein, expressed -
14 Sobic.004G031700 expressed protein -
15 Sobic.002G144933 - -
16 Sobic.002G248400 ENT domain containing protein, expressed -
17 Sobic.002G157000 enhancer of polycomb, putative, expressed K11322: enhancer of polycomb-like protein
18 Sobic.001G306900 tetratricopeptide repeat domain containing protein, expressed K12600: SKI3, superkiller protein 3
19 Sobic.003G108700 RNA recognition motif, putative, expressed -
20 Sobic.007G026000 ATBET9, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic007G227000 Sobic007G227000 Sobic002G320500 Sobic002G320500 Sobic007G227000--Sobic002G320500 Sobic009G178800 Sobic009G178800 Sobic007G227000--Sobic009G178800 Sobic001G303675 Sobic001G303675 Sobic007G227000--Sobic001G303675 Sobic006G046700 Sobic006G046700 Sobic007G227000--Sobic006G046700 Sobic005G015900 Sobic005G015900 Sobic007G227000--Sobic005G015900 Sobic001G206100 Sobic001G206100 Sobic007G227000--Sobic001G206100 Sobic006G080300 Sobic006G080300 Sobic007G227000--Sobic006G080300 Sobic006G032400 Sobic006G032400 Sobic007G227000--Sobic006G032400 Sobic001G477800 Sobic001G477800 Sobic007G227000--Sobic001G477800 Sobic002G157000 Sobic002G157000 Sobic002G320500--Sobic002G157000 Sobic002G248400 Sobic002G248400 Sobic002G320500--Sobic002G248400 Sobic009G065100 Sobic009G065100 Sobic002G320500--Sobic009G065100 Sobic009G210500 Sobic009G210500 Sobic002G320500--Sobic009G210500 Sobic006G133800 Sobic006G133800 Sobic002G320500--Sobic006G133800 Sobic001G107500 Sobic001G107500 Sobic002G320500--Sobic001G107500 Sobic002G320500--Sobic006G032400 Sobic009G000500 Sobic009G000500 Sobic002G320500--Sobic009G000500 Sobic001G090400 Sobic001G090400 Sobic002G320500--Sobic001G090400 Sobic009G178800--Sobic002G248400 Sobic008G054500 Sobic008G054500 Sobic009G178800--Sobic008G054500 Sobic009G178800--Sobic002G157000 Sobic006G183800 Sobic006G183800 Sobic009G178800--Sobic006G183800 Sobic009G178800--Sobic006G032400 Sobic009G178800--Sobic002G320500 Sobic001G420200 Sobic001G420200 Sobic009G178800--Sobic001G420200 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic009G178800--Sobic002G144933 Sobic003G084900 Sobic003G084900 Sobic009G178800--Sobic003G084900 Sobic001G306900 Sobic001G306900 Sobic001G303675--Sobic001G306900 Sobic001G094000 Sobic001G094000 Sobic001G303675--Sobic001G094000 Sobic001G303675--Sobic002G144933 Sobic009G100050 Sobic009G100050 Sobic001G303675--Sobic009G100050 Sobic001G303675--Sobic005G015900 Sobic001G303675--Sobic002G320500 Sobic004G096500 Sobic004G096500 Sobic001G303675--Sobic004G096500 Sobic002G151600 Sobic002G151600 Sobic001G303675--Sobic002G151600 Sobic003G170100 Sobic003G170100 Sobic001G303675--Sobic003G170100 Sobic008G153000 Sobic008G153000 Sobic006G046700--Sobic008G153000 Sobic004G031700 Sobic004G031700 Sobic006G046700--Sobic004G031700 Sobic007G026000 Sobic007G026000 Sobic006G046700--Sobic007G026000 Sobic006G046700--Sobic001G206100 Sobic006G046700--Sobic001G306900 Sobic003G445400 Sobic003G445400 Sobic006G046700--Sobic003G445400 Sobic001G425000 Sobic001G425000 Sobic006G046700--Sobic001G425000 Sobic001G405300 Sobic001G405300 Sobic006G046700--Sobic001G405300 Sobic006G013500 Sobic006G013500 Sobic006G046700--Sobic006G013500 Sobic005G015900--Sobic006G032400 Sobic005G015900--Sobic004G031700 Sobic004G219100 Sobic004G219100 Sobic005G015900--Sobic004G219100 Sobic001G176200 Sobic001G176200 Sobic005G015900--Sobic001G176200 Sobic005G015900--Sobic002G320500 Sobic005G015900--Sobic001G090400 Sobic002G158700 Sobic002G158700 Sobic005G015900--Sobic002G158700 Sobic005G015900--Sobic001G303675 Sobic005G015900--Sobic003G445400 Sobic001G257300 Sobic001G257300 Sobic001G206100--Sobic001G257300 Sobic001G206100--Sobic006G013500 Sobic001G206100--Sobic002G320500 Sobic001G206100--Sobic006G080300 Sobic001G206100--Sobic002G157000 Sobic001G206100--Sobic009G000500 Sobic004G213000 Sobic004G213000 Sobic001G206100--Sobic004G213000 Sobic001G356500 Sobic001G356500 Sobic001G206100--Sobic001G356500 Sobic002G161000 Sobic002G161000 Sobic001G206100--Sobic002G161000 Sobic003G268300 Sobic003G268300 Sobic006G080300--Sobic003G268300 Sobic006G080300--Sobic004G031700 Sobic006G080300--Sobic001G094000 Sobic006G080300--Sobic001G477800 Sobic002G313300 Sobic002G313300 Sobic006G080300--Sobic002G313300 Sobic006G080300--Sobic001G206100 Sobic006G080300--Sobic002G157000 Sobic006G080300--Sobic003G170100 Sobic006G080300--Sobic001G257300 Sobic006G032400--Sobic002G320500 Sobic006G032400--Sobic002G248400 Sobic006G032400--Sobic005G015900 Sobic003G241200 Sobic003G241200 Sobic006G032400--Sobic003G241200 Sobic006G032400--Sobic009G210500 Sobic006G032400--Sobic001G090400 Sobic006G173100 Sobic006G173100 Sobic006G032400--Sobic006G173100 Sobic004G271000 Sobic004G271000 Sobic006G032400--Sobic004G271000 Sobic006G032400--Sobic001G094000 Sobic001G477800--Sobic002G313300 Sobic001G477800--Sobic004G031700 Sobic001G477800--Sobic001G094000 Sobic001G544200 Sobic001G544200 Sobic001G477800--Sobic001G544200 Sobic001G543900 Sobic001G543900 Sobic001G477800--Sobic001G543900 Sobic001G477800--Sobic006G080300 Sobic009G040700 Sobic009G040700 Sobic001G477800--Sobic009G040700 Sobic007G011400 Sobic007G011400 Sobic001G477800--Sobic007G011400 Sobic006G009400 Sobic006G009400 Sobic001G477800--Sobic006G009400
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.