Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G180200.1
Synonym
Functional annotation -
UniProt A0A1B6Q416
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G192800 tRNA methyltran, putative, expressed -
2 Sobic.001G244700 RIO1 family protein, expressed K08851: TP53RK, PRPK, TP53 regulating kinase and related kinases
3 Sobic.001G105200 - K14810: DDX56, ATP-dependent RNA helicase DDX56/DBP9
4 Sobic.001G251800 OsFBK23 - F-box domain and kelch repeat containing protein, expressed -
5 Sobic.001G100900 OsDegp14 - Putative Deg protease homologue, expressed -
6 Sobic.002G073250 - -
7 Sobic.002G211800 AT-rich interaction region, putative, expressed -
8 Sobic.003G217700 - -
9 Sobic.001G420400 tRNA synthetases class II domain containing protein, expressed K01893: NARS, asparaginyl-tRNA synthetase
10 Sobic.009G215500 transcription initiation factor IIB, putative, expressed K15196: BRF1, transcription factor IIIB 90 kDa subunit
11 Sobic.010G153201 - -
12 Sobic.001G303100 expressed protein -
13 Sobic.007G031900 OsFBX207 - F-box domain containing protein, expressed -
14 Sobic.004G042200 OsFBO8 - F-box and other domain containing protein, expressed K12115: clock-associated PAS protein ZTL
15 Sobic.009G201300 - -
16 Sobic.001G530900 expressed protein -
17 Sobic.001G133000 expressed protein -
18 Sobic.009G038900 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@highly upregulated during chilling in a chilling tolerant sorghum NSG(PubMedID : 29293808)@CGMC_MAPKCGMC_2.1 - CGMC includes CDA, MAPK, GSK3, and CLKC kinases, expressed K04371: ERK, mitogen-activated protein kinase 1/3
19 Sobic.003G331300 methyltransferase domain containing protein, expressed K15190: MEPCE, 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
20 Sobic.005G084500 uncharacterized protein yqxC, putative, expressed K06442: 23S rRNA (cytidine1920-2'-O)/16S rRNA (cytidine1409-2'-O)-methyltransferase


Gene co-expression network
sample Sobic003G180200 Sobic003G180200 Sobic009G192800 Sobic009G192800 Sobic003G180200--Sobic009G192800 Sobic001G244700 Sobic001G244700 Sobic003G180200--Sobic001G244700 Sobic001G105200 Sobic001G105200 Sobic003G180200--Sobic001G105200 Sobic001G251800 Sobic001G251800 Sobic003G180200--Sobic001G251800 Sobic001G100900 Sobic001G100900 Sobic003G180200--Sobic001G100900 Sobic002G073250 Sobic002G073250 Sobic003G180200--Sobic002G073250 Sobic002G211800 Sobic002G211800 Sobic003G180200--Sobic002G211800 Sobic003G217700 Sobic003G217700 Sobic003G180200--Sobic003G217700 Sobic001G420400 Sobic001G420400 Sobic003G180200--Sobic001G420400 Sobic004G337400 Sobic004G337400 Sobic009G192800--Sobic004G337400 Sobic007G005400 Sobic007G005400 Sobic009G192800--Sobic007G005400 Sobic009G192800--Sobic003G180200 Sobic005G084500 Sobic005G084500 Sobic009G192800--Sobic005G084500 Sobic009G192800--Sobic003G217700 Sobic001G217900 Sobic001G217900 Sobic009G192800--Sobic001G217900 Sobic006G128300 Sobic006G128300 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Octagon: transcription factors


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