Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G267500.1
Synonym
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1B6Q5I7
Pfam -
Panther DB PTHR37174
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G06510 : -
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g50120.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQK09275 , KQK09333
Barley HORVU3Hr1G065350.1 , HORVU3Hr1G065350.2 , HORVU3Hr1G065350.3
Wheat TraesCS3A02G257600 , TraesCS3B02G290400 , TraesCS3B02G290400
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.003G267500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G025800 pentatricopeptide, putative, expressed -
2 Sobic.005G117300 ABC transporter, ATP-binding protein, putative, expressed -
3 Sobic.010G204900 formamidopyrimidine-DNA glycosylase, putative, expressed K10563: mutM, formamidopyrimidine-DNA glycosylase
4 Sobic.006G047300 Minichromosome maintenance (MCM2/3/5) family protein("PubMedID : 26759170,PubMedID : 24597475")@EMB1688, putative, expressed K06949: rsgA, ribosome biogenesis GTPase / thiamine phosphate phosphatase
5 Sobic.004G301200 kinesin motor domain containing protein, expressed K11498: centromeric protein E
6 Sobic.009G005400 ABC transporter, ATP-binding protein, putative, expressed -
7 Sobic.002G013700 PPR2, putative, expressed -
8 Sobic.010G134500 exonuclease, putative, expressed -
9 Sobic.007G090537 - K10956: protein transport protein SEC61 subunit alpha
10 Sobic.003G292300 tRNA synthetase, putative, expressed K01867: WARS, tryptophanyl-tRNA synthetase
11 Sobic.004G003900 nitric oxide synthase 1, putative, expressed K13427: nitric-oxide synthase, plant
12 Sobic.008G095400 - -
13 Sobic.003G225100 uroporphyrinogen decarboxylase, putative, expressed K01599: hemE, uroporphyrinogen decarboxylase
14 Sobic.002G181132 - -
15 Sobic.007G015300 calreticulin family protein, expressed -
16 Sobic.002G217600 E2F-related protein, putative, expressed -
17 Sobic.003G399100 pentatricopeptide, putative, expressed -
18 Sobic.001G058400 pentatricopeptide, putative, expressed -
19 Sobic.001G032200 transporter, major facilitator superfamily domain containing protein, expressed -
20 Sobic.006G091300 glutathione S-transferase, N-terminal domain containing protein, expressed K03354: anaphase-promoting complex subunit 7


Gene co-expression network
sample Sobic003G267500 Sobic003G267500 Sobic001G025800 Sobic001G025800 Sobic003G267500--Sobic001G025800 Sobic005G117300 Sobic005G117300 Sobic003G267500--Sobic005G117300 Sobic010G204900 Sobic010G204900 Sobic003G267500--Sobic010G204900 Sobic006G047300 Sobic006G047300 Sobic003G267500--Sobic006G047300 Sobic004G301200 Sobic004G301200 Sobic003G267500--Sobic004G301200 Sobic009G005400 Sobic009G005400 Sobic003G267500--Sobic009G005400 Sobic002G013700 Sobic002G013700 Sobic003G267500--Sobic002G013700 Sobic010G134500 Sobic010G134500 Sobic003G267500--Sobic010G134500 Sobic007G090537 Sobic007G090537 Sobic003G267500--Sobic007G090537 Sobic004G003900 Sobic004G003900 Sobic001G025800--Sobic004G003900 Sobic001G025800--Sobic005G117300 Sobic001G495200 Sobic001G495200 Sobic001G025800--Sobic001G495200 Sobic002G048200 Sobic002G048200 Sobic001G025800--Sobic002G048200 Sobic009G251000 Sobic009G251000 Sobic001G025800--Sobic009G251000 Sobic001G513800 Sobic001G513800 Sobic001G025800--Sobic001G513800 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Octagon: transcription factors


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