Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G402400.1
Synonym Sb03g043850
Functional annotation zinc finger, C3HC4 type family protein, expressed
UniProt C5XG86
Pfam PF13920
Panther DB PTHR12183
NCBI CDD KOG4172; Predicted E3 ubiquitin ligase
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G25030 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g68900.1 : zinc finger, C3HC4 type family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a039337 , Zm00025a026288 , Zm00025a047562
Brachypodium PNT72631 , PNT73465
Barley HORVU5Hr1G123180.1 , HORVU3Hr1G093580.1 , HORVU1Hr1G049430.1 , HORVU1Hr1G049430.3 , HORVU1Hr1G049430.2 , HORVU3Hr1G064710.1 , HORVU4Hr1G069780.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G013500 UDP-glucose Pyrophosphorylase(PubMedID : 26616172)@UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase, putative, expressed K00963: UGP2, galU, UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase
2 Sobic.001G128900 cytochrome P450, putative, expressed -
3 Sobic.007G213200 peptide transporter PTR2, putative, expressed K14638: SLC15A3_4, solute carrier family 15 (peptide/histidine transporter), member 3/4
4 Sobic.003G239200 lipase, putative, expressed -
5 Sobic.002G140100 expressed protein -
6 Sobic.009G031700 expressed protein -
7 Sobic.001G308450 - -
8 Sobic.009G236700 DUF1645 domain containing protein, putative, expressed -
9 Sobic.008G127600 MBTB45 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
10 Sobic.004G011201 - K10143: RFWD2, E3 ubiquitin-protein ligase RFWD2
11 Sobic.009G191800 single-stranded DNA-binding protein, putative, expressed -
12 Sobic.001G220200 exo70 exocyst complex subunit domain containing protein, expressed -
13 Sobic.005G138900 zinc finger DHHC domain-containing protein, putative, expressed K16675: palmitoyltransferase ZDHHC9/14/18
14 Sobic.001G261553 - -
15 Sobic.001G042400 expressed protein -
16 Sobic.009G070900 - -
17 Sobic.010G158766 - -
18 Sobic.001G410800 OsTOP6A3 - Topoisomerase 6 subunit A homolog 3, expressed K10878: meiotic recombination protein SPO11
19 Sobic.004G275500 helix-loop-helix DNA-binding protein, putative, expressed -
20 Sobic.001G115800 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic003G402400 Sobic003G402400 Sobic004G013500 Sobic004G013500 Sobic003G402400--Sobic004G013500 Sobic001G128900 Sobic001G128900 Sobic003G402400--Sobic001G128900 Sobic007G213200 Sobic007G213200 Sobic003G402400--Sobic007G213200 Sobic003G239200 Sobic003G239200 Sobic003G402400--Sobic003G239200 Sobic002G140100 Sobic002G140100 Sobic003G402400--Sobic002G140100 Sobic009G031700 Sobic009G031700 Sobic003G402400--Sobic009G031700 Sobic001G308450 Sobic001G308450 Sobic003G402400--Sobic001G308450 Sobic009G236700 Sobic009G236700 Sobic003G402400--Sobic009G236700 Sobic008G127600 Sobic008G127600 Sobic003G402400--Sobic008G127600 Sobic009G191800 Sobic009G191800 Sobic004G013500--Sobic009G191800 Sobic004G013500--Sobic009G031700 Sobic004G188201 Sobic004G188201 Sobic004G013500--Sobic004G188201 Sobic003G056400 Sobic003G056400 Sobic004G013500--Sobic003G056400 Sobic010G114500 Sobic010G114500 Sobic004G013500--Sobic010G114500 Sobic002G254600 Sobic002G254600 Sobic004G013500--Sobic002G254600 Sobic001G441800 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Octagon: transcription factors


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