Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G038800.1
Synonym Sb04g003334
Functional annotation OsFBX188 - F-box domain containing protein, expressed
UniProt A0A194YMK2
Pfam PF00646
Panther DB PTHR31790 PTHR31790:SF15
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G16220 : F-box and associated interaction domains-containing protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g07380.1 : OsFBX188 - F-box domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.004G038800


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G072601 - -
2 Sobic.002G115050 - -
3 Sobic.001G303100 expressed protein -
4 Sobic.010G131700 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@OsCttP3 - Putative C-terminal processing peptidase homologue, expressed -
5 Sobic.002G115075 - -
6 Sobic.001G381600 phospholipid-transporting ATPase, putative, expressed K14802: DRS2, phospholipid-transporting ATPase
7 Sobic.010G033100 - -
8 Sobic.007G198400 MBTB32 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
9 Sobic.007G106800 nucleolar protein NOP5, putative, expressed -
10 Sobic.003G377600 - -
11 Sobic.001G251800 OsFBK23 - F-box domain and kelch repeat containing protein, expressed -
12 Sobic.006G219600 SIT4 phosphatase-associated protein domain containing protein, expressed K15501: PPP6R3, serine/threonine-protein phosphatase 6 regulatory subunit 3
13 Sobic.001G133000 expressed protein -
14 Sobic.003G191700 ELF3 protein, putative, expressed K12125: protein EARLY FLOWERING 3
15 Sobic.009G201300 - -
16 Sobic.003G190400 rossmann fold nucleotide-binding protein involved in DNA uptake, putative, expressed -
17 Sobic.001G243200 1,2-dihydroxy-3-keto-5-methylthiopentene dioxygenase protein, putative, expressed K08967: mtnD, mtnZ, 1,2-dihydroxy-3-keto-5-methylthiopentene dioxygenase
18 Sobic.001G333300 circadian clock coupling factor-related, putative, expressed -
19 Sobic.002G244200 nucleolar GTP-binding protein 1, putative, expressed -
20 Sobic.003G080700 Ser/Thr protein kinase, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G038800 Sobic004G038800 Sobic006G072601 Sobic006G072601 Sobic004G038800--Sobic006G072601 Sobic002G115050 Sobic002G115050 Sobic004G038800--Sobic002G115050 Sobic001G303100 Sobic001G303100 Sobic004G038800--Sobic001G303100 Sobic010G131700 Sobic010G131700 Sobic004G038800--Sobic010G131700 Sobic002G115075 Sobic002G115075 Sobic004G038800--Sobic002G115075 Sobic001G381600 Sobic001G381600 Sobic004G038800--Sobic001G381600 Sobic010G033100 Sobic010G033100 Sobic004G038800--Sobic010G033100 Sobic007G198400 Sobic007G198400 Sobic004G038800--Sobic007G198400 Sobic007G106800 Sobic007G106800 Sobic004G038800--Sobic007G106800 Sobic006G072601--Sobic004G038800 Sobic001G333300 Sobic001G333300 Sobic006G072601--Sobic001G333300 Sobic009G121400 Sobic009G121400 Sobic006G072601--Sobic009G121400 Sobic006G072601--Sobic002G115075 Sobic004G113000 Sobic004G113000 Sobic006G072601--Sobic004G113000 Sobic006G072601--Sobic007G198400 Sobic008G105366 Sobic008G105366 Sobic006G072601--Sobic008G105366 Sobic003G416000 Sobic003G416000 Sobic006G072601--Sobic003G416000 Sobic005G007000 Sobic005G007000 Sobic006G072601--Sobic005G007000 Sobic005G075100 Sobic005G075100 Sobic002G115050--Sobic005G075100 Sobic010G141966 Sobic010G141966 Sobic002G115050--Sobic010G141966 Sobic005G093800 Sobic005G093800 Sobic002G115050--Sobic005G093800 Sobic008G166550 Sobic008G166550 Sobic002G115050--Sobic008G166550 Sobic002G097700 Sobic002G097700 Sobic002G115050--Sobic002G097700 Sobic002G115050--Sobic002G115075 Sobic002G115050--Sobic004G038800 Sobic004G181600 Sobic004G181600 Sobic002G115050--Sobic004G181600 Sobic003G127001 Sobic003G127001 Sobic002G115050--Sobic003G127001 Sobic001G133000 Sobic001G133000 Sobic001G303100--Sobic001G133000 Sobic009G201300 Sobic009G201300 Sobic001G303100--Sobic009G201300 Sobic006G185100 Sobic006G185100 Sobic001G303100--Sobic006G185100 Sobic009G038900 Sobic009G038900 Sobic001G303100--Sobic009G038900 Sobic002G305000 Sobic002G305000 Sobic001G303100--Sobic002G305000 Sobic006G219600 Sobic006G219600 Sobic001G303100--Sobic006G219600 Sobic004G244900 Sobic004G244900 Sobic001G303100--Sobic004G244900 Sobic005G084500 Sobic005G084500 Sobic001G303100--Sobic005G084500 Sobic001G303100--Sobic001G381600 Sobic002G293500 Sobic002G293500 Sobic010G131700--Sobic002G293500 Sobic004G127800 Sobic004G127800 Sobic010G131700--Sobic004G127800 Sobic005G095000 Sobic005G095000 Sobic010G131700--Sobic005G095000 Sobic008G038500 Sobic008G038500 Sobic010G131700--Sobic008G038500 Sobic002G119100 Sobic002G119100 Sobic010G131700--Sobic002G119100 Sobic006G090100 Sobic006G090100 Sobic010G131700--Sobic006G090100 Sobic001G359300 Sobic001G359300 Sobic010G131700--Sobic001G359300 Sobic007G227100 Sobic007G227100 Sobic010G131700--Sobic007G227100 Sobic009G194500 Sobic009G194500 Sobic010G131700--Sobic009G194500 Sobic002G115075--Sobic002G115050 Sobic002G345700 Sobic002G345700 Sobic002G115075--Sobic002G345700 Sobic002G115075--Sobic006G072601 Sobic002G173100 Sobic002G173100 Sobic002G115075--Sobic002G173100 Sobic004G207400 Sobic004G207400 Sobic002G115075--Sobic004G207400 Sobic002G244200 Sobic002G244200 Sobic002G115075--Sobic002G244200 Sobic005G142800 Sobic005G142800 Sobic002G115075--Sobic005G142800 Sobic002G115075--Sobic005G075100 Sobic003G264800 Sobic003G264800 Sobic002G115075--Sobic003G264800 Sobic008G151100 Sobic008G151100 Sobic001G381600--Sobic008G151100 Sobic001G381600--Sobic009G201300 Sobic007G198300 Sobic007G198300 Sobic001G381600--Sobic007G198300 Sobic006G002300 Sobic006G002300 Sobic001G381600--Sobic006G002300 Sobic003G115900 Sobic003G115900 Sobic001G381600--Sobic003G115900 Sobic001G212300 Sobic001G212300 Sobic001G381600--Sobic001G212300 Sobic001G381600--Sobic009G038900 Sobic003G198800 Sobic003G198800 Sobic001G381600--Sobic003G198800 Sobic003G155100 Sobic003G155100 Sobic001G381600--Sobic003G155100 Sobic006G145800 Sobic006G145800 Sobic010G033100--Sobic006G145800 Sobic010G057666 Sobic010G057666 Sobic010G033100--Sobic010G057666 Sobic010G033100--Sobic005G095000 Sobic010G033100--Sobic004G038800 Sobic010G033100--Sobic010G131700 Sobic010G033100--Sobic007G198400 Sobic003G160100 Sobic003G160100 Sobic010G033100--Sobic003G160100 Sobic010G150700 Sobic010G150700 Sobic010G033100--Sobic010G150700 Sobic010G033100--Sobic002G244200 Sobic007G141380 Sobic007G141380 Sobic007G198400--Sobic007G141380 Sobic001G227900 Sobic001G227900 Sobic007G198400--Sobic001G227900 Sobic004G230700 Sobic004G230700 Sobic007G198400--Sobic004G230700 Sobic007G198400--Sobic006G072601 Sobic007G198400--Sobic004G038800 Sobic007G198400--Sobic008G105366 Sobic007G202300 Sobic007G202300 Sobic007G198400--Sobic007G202300 Sobic002G017500 Sobic002G017500 Sobic007G198400--Sobic002G017500 Sobic007G198400--Sobic003G416000 Sobic003G191700 Sobic003G191700 Sobic007G106800--Sobic003G191700 Sobic006G133900 Sobic006G133900 Sobic007G106800--Sobic006G133900 Sobic007G106800--Sobic003G155100 Sobic001G375100 Sobic001G375100 Sobic007G106800--Sobic001G375100 Sobic001G454500 Sobic001G454500 Sobic007G106800--Sobic001G454500 Sobic004G174200 Sobic004G174200 Sobic007G106800--Sobic004G174200 Sobic006G065600 Sobic006G065600 Sobic007G106800--Sobic006G065600 Sobic008G001200 Sobic008G001200 Sobic007G106800--Sobic008G001200 Sobic007G106800--Sobic003G198800
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.