Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G299600.2
Synonym YSL3, ATYSL3, Sb04g033330
Functional annotation -
UniProt C5XST5
Pfam PF03169
Panther DB PTHR31645 PTHR31645:SF17
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G53550 : YELLOW STRIPE like 3
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g43410.1 : transposon protein, putative, unclassified, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a020926 , Zm00025a056642
Brachypodium -
Barley HORVU6Hr1G045460.1
Wheat TraesCS7A02G420700 , TraesCS7A02G420300
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G222500 phospholipase D, putative, expressed K01115: phospholipase D1/2
2 Sobic.001G502000 inorganic phosphate transporter, putative, expressed K08176: MFS transporter, PHS family, inorganic phosphate transporter
3 Sobic.003G400900 keratin, type I cytoskeletal 9, putative, expressed -
4 Sobic.002G301900 oxidoreductase, aldo/keto reductase family protein, putative, expressed -
5 Sobic.007G158800 patatin, putative, expressed -
6 Sobic.001G242100 expressed protein -
7 Sobic.004G066700 ZOS2-04 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
8 Sobic.001G261509 - K09872: aquaporin PIP
9 Sobic.006G277500 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
10 Sobic.010G128400 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
11 Sobic.002G183700 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@L-ascorbate oxidase precursor, putative, expressed -
12 Sobic.007G085500 glycosyl hydrolases family 16, putative, expressed -
13 Sobic.001G229000 xyloglucan galactosyltransferase KATAMARI1, putative, expressed -
14 Sobic.001G232700 - -
15 Sobic.006G089000 helix-loop-helix DNA-binding protein, putative, expressed -
16 Sobic.006G170600 tonoplast intrinsic protein("PubMedID : 26759170,PubMedID : 24597475")@aquaporin protein, putative, expressed K09873: aquaporin TIP
17 Sobic.008G019800 - -
18 Sobic.002G391800 peroxidase, putative, expressed K00430: peroxidase
19 Sobic.007G126800 expressed protein -
20 Sobic.004G029100 periplasmic beta-glucosidase precursor, putative, expressed K05349: beta-glucosidase


Gene co-expression network
sample Sobic004G299600 Sobic004G299600 Sobic005G222500 Sobic005G222500 Sobic004G299600--Sobic005G222500 Sobic001G502000 Sobic001G502000 Sobic004G299600--Sobic001G502000 Sobic003G400900 Sobic003G400900 Sobic004G299600--Sobic003G400900 Sobic002G301900 Sobic002G301900 Sobic004G299600--Sobic002G301900 Sobic007G158800 Sobic007G158800 Sobic004G299600--Sobic007G158800 Sobic001G242100 Sobic001G242100 Sobic004G299600--Sobic001G242100 Sobic004G066700 Sobic004G066700 Sobic004G299600--Sobic004G066700 Sobic001G261509 Sobic001G261509 Sobic004G299600--Sobic001G261509 Sobic006G277500 Sobic006G277500 Sobic004G299600--Sobic006G277500 Sobic005G222500--Sobic001G502000 Sobic005G222500--Sobic007G158800 Sobic005G222500--Sobic001G261509 Sobic005G222500--Sobic004G299600 Sobic005G222500--Sobic003G400900 Sobic005G222500--Sobic001G242100 Sobic005G222500--Sobic002G301900 Sobic009G065800 Sobic009G065800 Sobic005G222500--Sobic009G065800 Sobic007G158600 Sobic007G158600 Sobic005G222500--Sobic007G158600 Sobic001G502000--Sobic007G158800 Sobic001G502000--Sobic005G222500 Sobic006G089000 Sobic006G089000 Sobic001G502000--Sobic006G089000 Sobic002G183700 Sobic002G183700 Sobic001G502000--Sobic002G183700 Sobic001G229000 Sobic001G229000 Sobic001G502000--Sobic001G229000 Sobic001G502000--Sobic001G261509 Sobic004G029100 Sobic004G029100 Sobic001G502000--Sobic004G029100 Sobic001G502000--Sobic003G400900 Sobic008G019800 Sobic008G019800 Sobic001G502000--Sobic008G019800 Sobic010G128400 Sobic010G128400 Sobic003G400900--Sobic010G128400 Sobic001G319300 Sobic001G319300 Sobic003G400900--Sobic001G319300 Sobic003G400900--Sobic001G502000 Sobic003G400900--Sobic001G229000 Sobic003G400900--Sobic001G242100 Sobic003G400900--Sobic005G222500 Sobic003G400900--Sobic004G299600 Sobic003G400900--Sobic007G158800 Sobic007G085500 Sobic007G085500 Sobic003G400900--Sobic007G085500 Sobic002G301900--Sobic001G242100 Sobic010G045500 Sobic010G045500 Sobic002G301900--Sobic010G045500 Sobic002G301900--Sobic001G502000 Sobic006G170600 Sobic006G170600 Sobic002G301900--Sobic006G170600 Sobic002G301900--Sobic003G400900 Sobic002G301900--Sobic005G222500 Sobic002G301900--Sobic004G299600 Sobic002G301900--Sobic002G183700 Sobic004G180700 Sobic004G180700 Sobic002G301900--Sobic004G180700 Sobic007G158800--Sobic001G502000 Sobic007G158800--Sobic001G229000 Sobic007G158800--Sobic002G183700 Sobic007G158800--Sobic006G089000 Sobic007G158800--Sobic005G222500 Sobic007G158800--Sobic004G029100 Sobic003G000100 Sobic003G000100 Sobic007G158800--Sobic003G000100 Sobic006G003100 Sobic006G003100 Sobic007G158800--Sobic006G003100 Sobic007G086300 Sobic007G086300 Sobic007G158800--Sobic007G086300 Sobic001G242100--Sobic002G301900 Sobic001G242100--Sobic010G045500 Sobic006G079300 Sobic006G079300 Sobic001G242100--Sobic006G079300 Sobic001G242100--Sobic003G400900 Sobic001G242100--Sobic005G222500 Sobic001G242100--Sobic001G502000 Sobic001G232700 Sobic001G232700 Sobic001G242100--Sobic001G232700 Sobic004G322800 Sobic004G322800 Sobic001G242100--Sobic004G322800 Sobic005G160700 Sobic005G160700 Sobic001G242100--Sobic005G160700 Sobic005G097400 Sobic005G097400 Sobic004G066700--Sobic005G097400 Sobic002G392100 Sobic002G392100 Sobic004G066700--Sobic002G392100 Sobic004G066700--Sobic003G400900 Sobic007G126800 Sobic007G126800 Sobic004G066700--Sobic007G126800 Sobic004G066700--Sobic007G085500 Sobic008G022100 Sobic008G022100 Sobic004G066700--Sobic008G022100 Sobic004G066700--Sobic004G299600 Sobic002G118801 Sobic002G118801 Sobic004G066700--Sobic002G118801 Sobic004G351200 Sobic004G351200 Sobic004G066700--Sobic004G351200 Sobic001G261509--Sobic001G502000 Sobic001G261509--Sobic005G222500 Sobic001G261509--Sobic007G158800 Sobic001G261509--Sobic006G089000 Sobic001G261509--Sobic002G183700 Sobic001G261509--Sobic004G029100 Sobic001G261509--Sobic006G277500 Sobic001G261509--Sobic007G158600 Sobic008G068300 Sobic008G068300 Sobic001G261509--Sobic008G068300 Sobic006G277800 Sobic006G277800 Sobic006G277500--Sobic006G277800 Sobic006G277500--Sobic001G261509 Sobic006G277500--Sobic008G068300 Sobic006G277500--Sobic004G299600 Sobic005G110406 Sobic005G110406 Sobic006G277500--Sobic005G110406 Sobic007G090460 Sobic007G090460 Sobic006G277500--Sobic007G090460 Sobic006G277500--Sobic005G222500 Sobic006G277500--Sobic001G502000 Sobic006G277500--Sobic002G183700
Octagon: transcription factors


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