Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G055501.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt C5Y5P2
Pfam PF13639
Panther DB PTHR22763:SF60 PTHR22763
NCBI CDD KOG1493; Anaphase-promoting complex (APC), subunit 11
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding GO:0008270zinc ion binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G27420 : carbon/nitrogen insensitive 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g04690.1 : zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G183200 OsFBX249 - F-box domain containing protein, expressed -
2 Sobic.003G017000 - -
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7 Sobic.002G050000 expressed protein -
8 Sobic.008G076100 expressed protein -
9 Sobic.003G022400 "SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental, salt-induced, and dark-induced senescence."(PubMedID : 27586543)@hydrolase, acting on carbon-nitrogen, putative, expressed -
10 Sobic.008G131651 - -
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12 Sobic.008G059700 expressed protein -
13 Sobic.004G217100 plastocyanin-like domain containing protein, putative, expressed -
14 Sobic.006G177700 uncharacterized mscS family protein, putative, expressed -
15 Sobic.002G308900 ubiquitin fusion protein, putative, expressed K02927: RP-L40e, RPL40, ubiquitin-large subunit ribosomal protein L40e
16 Sobic.002G305200 expressed protein -
17 Sobic.008G098164 - -
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19 Sobic.001G155100 cyclic nucleotide-gated ion channel, putative, expressed K05391: cyclic nucleotide gated channel, plant
20 Sobic.001G188100 expressed protein K15191: La-related protein 7


Gene co-expression network
sample Sobic005G055501 Sobic005G055501 Sobic003G183200 Sobic003G183200 Sobic005G055501--Sobic003G183200 Sobic003G017000 Sobic003G017000 Sobic005G055501--Sobic003G017000 Sobic002G285001 Sobic002G285001 Sobic005G055501--Sobic002G285001 Sobic007G090439 Sobic007G090439 Sobic005G055501--Sobic007G090439 Sobic007G038366 Sobic007G038366 Sobic005G055501--Sobic007G038366 Sobic008G025550 Sobic008G025550 Sobic005G055501--Sobic008G025550 Sobic002G050000 Sobic002G050000 Sobic005G055501--Sobic002G050000 Sobic008G076100 Sobic008G076100 Sobic005G055501--Sobic008G076100 Sobic003G022400 Sobic003G022400 Sobic005G055501--Sobic003G022400 Sobic003G183200--Sobic005G055501 Sobic005G080000 Sobic005G080000 Sobic003G183200--Sobic005G080000 Sobic001G210600 Sobic001G210600 Sobic003G183200--Sobic001G210600 Sobic009G138401 Sobic009G138401 Sobic003G183200--Sobic009G138401 Sobic008G002201 Sobic008G002201 Sobic003G183200--Sobic008G002201 Sobic009G020300 Sobic009G020300 Sobic003G183200--Sobic009G020300 Sobic003G183100 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Octagon: transcription factors


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