Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G194000.2
Synonym Sb05g025070
Functional annotation DUF1399 containing protein, putative, expressed
UniProt C5Y6U9 , Q9XEP3
Pfam PF07173
Panther DB PTHR34365 PTHR34365:SF2
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G37900 : Protein of unknown function (duplicated DUF1399)
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g40590.3 : DUF1399 containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a029302
Brachypodium -
Barley HORVU3Hr1G002980.10 , HORVU3Hr1G002980.11 , HORVU3Hr1G002980.6 , HORVU3Hr1G002980.7 , HORVU3Hr1G002980.4 , HORVU3Hr1G002980.5 , HORVU3Hr1G002980.2 , HORVU3Hr1G002980.3 , HORVU3Hr1G002980.8 , HORVU3Hr1G002980.9
Wheat TraesCS7B02G366500 , TraesCS3D02G023700 , TraesCS7D02G453000 , TraesCS3B02G022500 , TraesCS3B02G022500 , TraesCS3B02G022500
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cDNA sequences
Sobic.005G194000


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G234200 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
2 Sobic.004G332800 F-box/LRR-repeat protein 14, putative, expressed K10268: F-box and leucine-rich repeat protein 2/20
3 Sobic.002G093300 hydrolase, putative, expressed K14664: IAA-amino acid hydrolase
4 Sobic.003G090300 expressed protein K04506: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
5 Sobic.003G053900 zinc finger, C3HC4 type family protein, expressed -
6 Sobic.002G016700 OsFBLD5 - F-box, LRR and FBD domain containing protein, expressed -
7 Sobic.008G052200 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@beta-galactosidase precursor, putative, expressed -
8 Sobic.004G191500 YGL010w, putative, expressed -
9 Sobic.006G015500 ZOS9-03 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
10 Sobic.001G427900 ASC1, putative, expressed -
11 Sobic.004G340632 - -
12 Sobic.002G271200 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@UDP-glucose 4-epimerase, putative, expressed K01784: galE, UDP-glucose 4-epimerase
13 Sobic.010G207900 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@prenyltransferase, putative, expressed K09833: HPT, HGGT, homogentisate phytyltransferase / homogentisate geranylgeranyltransferase
14 Sobic.008G137901 - -
15 Sobic.002G223800 hydroxyproline-rich glycoprotein family protein, putative, expressed -
16 Sobic.004G013100 signal peptide peptidase domain containing protein, expressed K09595: minor histocompatibility antigen H13
17 Sobic.002G245000 HECT-domain domain containing protein, expressed K10591: NEDD4, E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
18 Sobic.001G351900 integral membrane protein, putative, expressed -
19 Sobic.005G175150 - -
20 Sobic.003G331100 MYB family transcription factor, putative, expressed K09422: transcription factor MYB, plant


Gene co-expression network
sample Sobic005G194000 Sobic005G194000 Sobic002G234200 Sobic002G234200 Sobic005G194000--Sobic002G234200 Sobic004G332800 Sobic004G332800 Sobic005G194000--Sobic004G332800 Sobic002G093300 Sobic002G093300 Sobic005G194000--Sobic002G093300 Sobic003G090300 Sobic003G090300 Sobic005G194000--Sobic003G090300 Sobic003G053900 Sobic003G053900 Sobic005G194000--Sobic003G053900 Sobic002G016700 Sobic002G016700 Sobic005G194000--Sobic002G016700 Sobic008G052200 Sobic008G052200 Sobic005G194000--Sobic008G052200 Sobic004G191500 Sobic004G191500 Sobic005G194000--Sobic004G191500 Sobic006G015500 Sobic006G015500 Sobic005G194000--Sobic006G015500 Sobic010G207900 Sobic010G207900 Sobic002G234200--Sobic010G207900 Sobic006G141300 Sobic006G141300 Sobic002G234200--Sobic006G141300 Sobic006G018751 Sobic006G018751 Sobic002G234200--Sobic006G018751 Sobic006G062600 Sobic006G062600 Sobic002G234200--Sobic006G062600 Sobic006G141600 Sobic006G141600 Sobic002G234200--Sobic006G141600 Sobic007G086701 Sobic007G086701 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Octagon: transcription factors


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