Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G076601.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1Z5RCQ4
Pfam PF02201
Panther DB PTHR13844 PTHR13844:SF9
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G26810 : SWIB/MDM2 domain superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g04720.1 : SWIB/MDM2 domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a011449
Brachypodium KQJ89965 , KQJ89953
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G298400 expressed protein -
2 Sobic.004G018100 glutamyl-tRNA synthetase, putative, expressed K01885: EARS, glutamyl-tRNA synthetase
3 Sobic.002G156200 DUF565 domain containing protein, putative, expressed -
4 Sobic.008G067100 phosphomethylpyrimidine kinase/thiamin-phosphate pyrophosphorylase, putative, expressed K14153: hydroxymethylpyrimidine kinase / phosphomethylpyrimidine kinase / thiamine-phosphate diphosphorylase
5 Sobic.007G095500 expressed protein -
6 Sobic.001G293300 chaperonin, putative, expressed K04078: groES, chaperonin GroES
7 Sobic.002G039000 ML domain protein, putative, expressed -
8 Sobic.004G214400 tic20, putative, expressed -
9 Sobic.008G090900 expressed protein -
10 Sobic.004G208600 glycine-rich protein, putative, expressed -
11 Sobic.001G382800 ABC transporter, ATP-binding protein, putative, expressed K09013: Fe-S cluster assembly ATP-binding protein
12 Sobic.001G437200 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit, putative, expressed -
13 Sobic.009G124000 mesophyll envelope protein(PubMedID : 26976818)@expressed protein -
14 Sobic.002G116900 expressed protein -
15 Sobic.009G029700 aminotransferase, putative, expressed K00818: E2.6.1.11, acetylornithine aminotransferase
16 Sobic.002G156100 phosphoglycerate mutase, putative, expressed -
17 Sobic.001G263000 membrane associated DUF588 domain containing protein, putative, expressed -
18 Sobic.004G268100 ornithine carbamoyltransferase, putative, expressed K00611: OTC, argF, ornithine carbamoyltransferase
19 Sobic.010G073700 chaperonin, putative, expressed K04078: groES, chaperonin GroES
20 Sobic.002G351900 ubiquitin-conjugating enzyme, putative, expressed K06689: UBE2D, UBC4, ubiquitin-conjugating enzyme E2 D


Gene co-expression network
sample Sobic006G076601 Sobic006G076601 Sobic003G298400 Sobic003G298400 Sobic006G076601--Sobic003G298400 Sobic004G018100 Sobic004G018100 Sobic006G076601--Sobic004G018100 Sobic002G156200 Sobic002G156200 Sobic006G076601--Sobic002G156200 Sobic008G067100 Sobic008G067100 Sobic006G076601--Sobic008G067100 Sobic007G095500 Sobic007G095500 Sobic006G076601--Sobic007G095500 Sobic001G293300 Sobic001G293300 Sobic006G076601--Sobic001G293300 Sobic002G039000 Sobic002G039000 Sobic006G076601--Sobic002G039000 Sobic004G214400 Sobic004G214400 Sobic006G076601--Sobic004G214400 Sobic008G090900 Sobic008G090900 Sobic006G076601--Sobic008G090900 Sobic001G437200 Sobic001G437200 Sobic003G298400--Sobic001G437200 Sobic009G131600 Sobic009G131600 Sobic003G298400--Sobic009G131600 Sobic007G116100 Sobic007G116100 Sobic003G298400--Sobic007G116100 Sobic001G445200 Sobic001G445200 Sobic003G298400--Sobic001G445200 Sobic001G424300 Sobic001G424300 Sobic003G298400--Sobic001G424300 Sobic006G237100 Sobic006G237100 Sobic003G298400--Sobic006G237100 Sobic002G156100 Sobic002G156100 Sobic003G298400--Sobic002G156100 Sobic001G375000 Sobic001G375000 Sobic003G298400--Sobic001G375000 Sobic010G073700 Sobic010G073700 Sobic003G298400--Sobic010G073700 Sobic004G018100--Sobic008G090900 Sobic003G040000 Sobic003G040000 Sobic004G018100--Sobic003G040000 Sobic006G021800 Sobic006G021800 Sobic004G018100--Sobic006G021800 Sobic006G058100 Sobic006G058100 Sobic004G018100--Sobic006G058100 Sobic004G263200 Sobic004G263200 Sobic004G018100--Sobic004G263200 Sobic002G181132 Sobic002G181132 Sobic004G018100--Sobic002G181132 Sobic004G018100--Sobic007G095500 Sobic004G018100--Sobic004G214400 Sobic003G345900 Sobic003G345900 Sobic004G018100--Sobic003G345900 Sobic002G351900 Sobic002G351900 Sobic002G156200--Sobic002G351900 Sobic009G070100 Sobic009G070100 Sobic002G156200--Sobic009G070100 Sobic002G156200--Sobic006G076601 Sobic010G056200 Sobic010G056200 Sobic002G156200--Sobic010G056200 Sobic002G156200--Sobic007G095500 Sobic004G083700 Sobic004G083700 Sobic002G156200--Sobic004G083700 Sobic001G384900 Sobic001G384900 Sobic002G156200--Sobic001G384900 Sobic001G514100 Sobic001G514100 Sobic002G156200--Sobic001G514100 Sobic002G309800 Sobic002G309800 Sobic002G156200--Sobic002G309800 Sobic008G067100--Sobic008G090900 Sobic008G067100--Sobic007G095500 Sobic004G144400 Sobic004G144400 Sobic008G067100--Sobic004G144400 Sobic008G067100--Sobic002G156100 Sobic001G382800 Sobic001G382800 Sobic008G067100--Sobic001G382800 Sobic004G003900 Sobic004G003900 Sobic008G067100--Sobic004G003900 Sobic003G128400 Sobic003G128400 Sobic008G067100--Sobic003G128400 Sobic004G208600 Sobic004G208600 Sobic008G067100--Sobic004G208600 Sobic002G378000 Sobic002G378000 Sobic008G067100--Sobic002G378000 Sobic007G095500--Sobic008G067100 Sobic007G095500--Sobic004G208600 Sobic004G225600 Sobic004G225600 Sobic007G095500--Sobic004G225600 Sobic007G095500--Sobic001G382800 Sobic002G293600 Sobic002G293600 Sobic007G095500--Sobic002G293600 Sobic002G343400 Sobic002G343400 Sobic007G095500--Sobic002G343400 Sobic007G095500--Sobic008G090900 Sobic001G494500 Sobic001G494500 Sobic007G095500--Sobic001G494500 Sobic007G095500--Sobic006G058100 Sobic001G433100 Sobic001G433100 Sobic001G293300--Sobic001G433100 Sobic007G126900 Sobic007G126900 Sobic001G293300--Sobic007G126900 Sobic001G293300--Sobic004G214400 Sobic001G293300--Sobic002G156100 Sobic001G293300--Sobic003G298400 Sobic001G293300--Sobic006G021800 Sobic001G293300--Sobic001G445200 Sobic001G293300--Sobic001G382800 Sobic001G293300--Sobic008G090900 Sobic001G263000 Sobic001G263000 Sobic002G039000--Sobic001G263000 Sobic006G244700 Sobic006G244700 Sobic002G039000--Sobic006G244700 Sobic010G090900 Sobic010G090900 Sobic002G039000--Sobic010G090900 Sobic001G380500 Sobic001G380500 Sobic002G039000--Sobic001G380500 Sobic009G004600 Sobic009G004600 Sobic002G039000--Sobic009G004600 Sobic009G029700 Sobic009G029700 Sobic002G039000--Sobic009G029700 Sobic009G243100 Sobic009G243100 Sobic002G039000--Sobic009G243100 Sobic003G239800 Sobic003G239800 Sobic002G039000--Sobic003G239800 Sobic004G348900 Sobic004G348900 Sobic002G039000--Sobic004G348900 Sobic004G214400--Sobic001G375000 Sobic004G214400--Sobic004G263200 Sobic006G281066 Sobic006G281066 Sobic004G214400--Sobic006G281066 Sobic007G101300 Sobic007G101300 Sobic004G214400--Sobic007G101300 Sobic006G088000 Sobic006G088000 Sobic004G214400--Sobic006G088000 Sobic004G214400--Sobic001G433100 Sobic010G027200 Sobic010G027200 Sobic004G214400--Sobic010G027200 Sobic004G214400--Sobic006G237100 Sobic004G214400--Sobic004G003900 Sobic008G090900--Sobic004G003900 Sobic009G092900 Sobic009G092900 Sobic008G090900--Sobic009G092900 Sobic008G090900--Sobic002G181132 Sobic008G090900--Sobic001G382800 Sobic008G090900--Sobic008G067100 Sobic003G045300 Sobic003G045300 Sobic008G090900--Sobic003G045300 Sobic008G090900--Sobic001G375000 Sobic008G090900--Sobic003G128400 Sobic008G090900--Sobic006G088000
Octagon: transcription factors


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