Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G216700.2
Synonym Sb07g028310, ROC3
Functional annotation peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, putative, expressed
UniProt C5YJ79
Pfam PF00160
Panther DB PTHR11071 PTHR11071:SF297
NCBI CDD KOG0879; U-snRNP-associated cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase KOG0865Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006457; protein folding GO:0003755peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity GO:0000413protein peptidyl-prolyl isomerization


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G16600 : rotamase CYP 3
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g39780.1 : peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G043400 expressed protein -
2 Sobic.001G261496 - -
3 Sobic.002G009401 - -
4 Sobic.002G227200 AGAP010609-PA, putative, expressed K17867: DPH4, diphthamide biosynthesis protein 4
5 Sobic.005G025300 dehydrogenase-phosphopantetheinyltransferase, putative, expressed K06133: LYS5, 4'-phosphopantetheinyl transferase
6 Sobic.001G284800 histone H3, putative, expressed K11253: histone H3
7 Sobic.008G125600 - -
8 Sobic.003G088700 - -
9 Sobic.008G000900 - -
10 Sobic.003G205801 - -
11 Sobic.001G191100 OsFBX157 - F-box domain containing protein, expressed -
12 Sobic.006G215900 OsFBX172 - F-box domain containing protein, expressed -
13 Sobic.009G028901 - -
14 Sobic.001G087100 far-red light perception and signal transduction(PubMedID : 14963106)@phytochrome C, putative, expressed -
15 Sobic.004G039700 OsFBX188 - F-box domain containing protein, expressed -
16 Sobic.007G110700 serine/threonine-protein kinase PRP4, putative, expressed K08827: serine/threonine-protein kinase PRP4
17 Sobic.007G096000 expressed protein -
18 Sobic.004G096500 KH domain-containing protein, putative, expressed K13210: far upstream element-binding protein
19 Sobic.004G182201 - -
20 Sobic.006G222300 MBTB7 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein


Gene co-expression network
sample Sobic007G216700 Sobic007G216700 Sobic001G043400 Sobic001G043400 Sobic007G216700--Sobic001G043400 Sobic001G261496 Sobic001G261496 Sobic007G216700--Sobic001G261496 Sobic002G009401 Sobic002G009401 Sobic007G216700--Sobic002G009401 Sobic002G227200 Sobic002G227200 Sobic007G216700--Sobic002G227200 Sobic005G025300 Sobic005G025300 Sobic007G216700--Sobic005G025300 Sobic001G284800 Sobic001G284800 Sobic007G216700--Sobic001G284800 Sobic008G125600 Sobic008G125600 Sobic007G216700--Sobic008G125600 Sobic003G088700 Sobic003G088700 Sobic007G216700--Sobic003G088700 Sobic008G000900 Sobic008G000900 Sobic007G216700--Sobic008G000900 Sobic001G087100 Sobic001G087100 Sobic001G043400--Sobic001G087100 Sobic004G232000 Sobic004G232000 Sobic001G043400--Sobic004G232000 Sobic001G043400--Sobic005G025300 Sobic010G166000 Sobic010G166000 Sobic001G043400--Sobic010G166000 Sobic004G096500 Sobic004G096500 Sobic001G043400--Sobic004G096500 Sobic001G043400--Sobic007G216700 Sobic004G219100 Sobic004G219100 Sobic001G043400--Sobic004G219100 Sobic004G018300 Sobic004G018300 Sobic001G043400--Sobic004G018300 Sobic010G268300 Sobic010G268300 Sobic001G043400--Sobic010G268300 Sobic006G222300 Sobic006G222300 Sobic001G261496--Sobic006G222300 Sobic003G205801 Sobic003G205801 Sobic001G261496--Sobic003G205801 Sobic001G261496--Sobic004G096500 Sobic010G143200 Sobic010G143200 Sobic001G261496--Sobic010G143200 Sobic002G144933 Sobic002G144933 Sobic001G261496--Sobic002G144933 Sobic009G102500 Sobic009G102500 Sobic001G261496--Sobic009G102500 Sobic003G084900 Sobic003G084900 Sobic001G261496--Sobic003G084900 Sobic001G228700 Sobic001G228700 Sobic001G261496--Sobic001G228700 Sobic009G083500 Sobic009G083500 Sobic001G261496--Sobic009G083500 Sobic002G009401--Sobic007G216700 Sobic003G001000 Sobic003G001000 Sobic002G009401--Sobic003G001000 Sobic004G182201 Sobic004G182201 Sobic002G009401--Sobic004G182201 Sobic001G191100 Sobic001G191100 Sobic002G009401--Sobic001G191100 Sobic006G215900 Sobic006G215900 Sobic002G009401--Sobic006G215900 Sobic007G096000 Sobic007G096000 Sobic002G009401--Sobic007G096000 Sobic002G053000 Sobic002G053000 Sobic002G009401--Sobic002G053000 Sobic006G273200 Sobic006G273200 Sobic002G009401--Sobic006G273200 Sobic003G174450 Sobic003G174450 Sobic002G009401--Sobic003G174450 Sobic010G239800 Sobic010G239800 Sobic002G227200--Sobic010G239800 Sobic002G347000 Sobic002G347000 Sobic002G227200--Sobic002G347000 Sobic002G227200--Sobic005G025300 Sobic009G223600 Sobic009G223600 Sobic002G227200--Sobic009G223600 Sobic002G122600 Sobic002G122600 Sobic002G227200--Sobic002G122600 Sobic007G203200 Sobic007G203200 Sobic002G227200--Sobic007G203200 Sobic003G368800 Sobic003G368800 Sobic002G227200--Sobic003G368800 Sobic003G401100 Sobic003G401100 Sobic002G227200--Sobic003G401100 Sobic009G033900 Sobic009G033900 Sobic002G227200--Sobic009G033900 Sobic005G025300--Sobic001G043400 Sobic001G294100 Sobic001G294100 Sobic005G025300--Sobic001G294100 Sobic010G278600 Sobic010G278600 Sobic005G025300--Sobic010G278600 Sobic001G373400 Sobic001G373400 Sobic005G025300--Sobic001G373400 Sobic010G055800 Sobic010G055800 Sobic005G025300--Sobic010G055800 Sobic005G025300--Sobic002G227200 Sobic005G025300--Sobic003G368800 Sobic004G236800 Sobic004G236800 Sobic005G025300--Sobic004G236800 Sobic006G078600 Sobic006G078600 Sobic005G025300--Sobic006G078600 Sobic009G161600 Sobic009G161600 Sobic001G284800--Sobic009G161600 Sobic002G187801 Sobic002G187801 Sobic001G284800--Sobic002G187801 Sobic001G133466 Sobic001G133466 Sobic001G284800--Sobic001G133466 Sobic001G284800--Sobic003G088700 Sobic004G135300 Sobic004G135300 Sobic001G284800--Sobic004G135300 Sobic009G233300 Sobic009G233300 Sobic001G284800--Sobic009G233300 Sobic001G111900 Sobic001G111900 Sobic001G284800--Sobic001G111900 Sobic001G504000 Sobic001G504000 Sobic001G284800--Sobic001G504000 Sobic001G284800--Sobic006G273200 Sobic008G125501 Sobic008G125501 Sobic008G125600--Sobic008G125501 Sobic008G125600--Sobic008G000900 Sobic003G159450 Sobic003G159450 Sobic008G125600--Sobic003G159450 Sobic008G125600--Sobic001G111900 Sobic008G125600--Sobic003G088700 Sobic007G112900 Sobic007G112900 Sobic008G125600--Sobic007G112900 Sobic004G062800 Sobic004G062800 Sobic008G125600--Sobic004G062800 Sobic010G056000 Sobic010G056000 Sobic008G125600--Sobic010G056000 Sobic001G454401 Sobic001G454401 Sobic008G125600--Sobic001G454401 Sobic003G088700--Sobic010G056000 Sobic003G088700--Sobic003G205801 Sobic003G088700--Sobic001G111900 Sobic009G178800 Sobic009G178800 Sobic003G088700--Sobic009G178800 Sobic003G088700--Sobic003G084900 Sobic009G127900 Sobic009G127900 Sobic003G088700--Sobic009G127900 Sobic003G088700--Sobic008G125600 Sobic004G039700 Sobic004G039700 Sobic003G088700--Sobic004G039700 Sobic006G183800 Sobic006G183800 Sobic003G088700--Sobic006G183800 Sobic003G174800 Sobic003G174800 Sobic008G000900--Sobic003G174800 Sobic008G000900--Sobic008G125600 Sobic008G000900--Sobic010G143200 Sobic008G000900--Sobic004G062800 Sobic008G000900--Sobic008G125501 Sobic006G214400 Sobic006G214400 Sobic008G000900--Sobic006G214400 Sobic008G000900--Sobic001G087100 Sobic008G000900--Sobic003G159450 Sobic008G091671 Sobic008G091671 Sobic008G000900--Sobic008G091671
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.