Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G180200.3,Sobic.008G180200.1,Sobic.008G180200.2
Synonym
Functional annotation expressed protein
UniProt A0A1B6PED9 , A0A1Z5R7E5
Pfam -
Panther DB -
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g18810.1 : expressed protein
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.008G180200


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G423800 endonuclease, putative, expressed K08991: crossover junction endonuclease MUS81
2 Sobic.008G180400 DNA-binding protein-like, putative, expressed K10624: E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6
3 Sobic.003G005500 B3 DNA binding domain containing protein, expressed -
4 Sobic.002G286632 - -
5 Sobic.003G216600 BAH domain containing protein, expressed -
6 Sobic.010G009700 OsFBX182 - F-box domain containing protein, expressed -
7 Sobic.010G030000 leucine rich repeat protein, putative, expressed -
8 Sobic.006G081700 - -
9 Sobic.007G014100 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
10 Sobic.005G210500 - K10901: BLM, RECQL3, bloom syndrome protein
11 Sobic.009G012400 RPA1C - Putative single-stranded DNA binding complex subunit 1, expressed K07466: RFA1, RPA1, replication factor A1
12 Sobic.002G173400 expressed protein -
13 Sobic.007G102300 formin, putative, expressed -
14 Sobic.009G054400 ECT protein, putative, expressed -
15 Sobic.010G038200 CDT1A - Putative DNA replication initiation protein, expressed K10727: chromatin licensing and DNA replication factor 1
16 Sobic.009G125800 expressed protein -
17 Sobic.008G131900 Candidate orthologue to the genomic region of wheat Hessian fy resistance gene H32(PubMedID : 28624908)@resistance protein LR10, putative, expressed -
18 Sobic.002G052800 FAR1 family protein, expressed -
19 Sobic.005G060100 growth regulator related protein, putative, expressed -
20 Sobic.003G289700 ulp1 protease family protein, putative, expressed K16287: ubiquitin-like-specific protease 1C/D


Gene co-expression network
sample Sobic008G180200 Sobic008G180200 Sobic003G423800 Sobic003G423800 Sobic008G180200--Sobic003G423800 Sobic008G180400 Sobic008G180400 Sobic008G180200--Sobic008G180400 Sobic003G005500 Sobic003G005500 Sobic008G180200--Sobic003G005500 Sobic002G286632 Sobic002G286632 Sobic008G180200--Sobic002G286632 Sobic003G216600 Sobic003G216600 Sobic008G180200--Sobic003G216600 Sobic010G009700 Sobic010G009700 Sobic008G180200--Sobic010G009700 Sobic010G030000 Sobic010G030000 Sobic008G180200--Sobic010G030000 Sobic006G081700 Sobic006G081700 Sobic008G180200--Sobic006G081700 Sobic007G014100 Sobic007G014100 Sobic008G180200--Sobic007G014100 Sobic003G423800--Sobic008G180400 Sobic003G423800--Sobic008G180200 Sobic010G222800 Sobic010G222800 Sobic003G423800--Sobic010G222800 Sobic009G012400 Sobic009G012400 Sobic003G423800--Sobic009G012400 Sobic003G343200 Sobic003G343200 Sobic003G423800--Sobic003G343200 Sobic003G129500 Sobic003G129500 Sobic003G423800--Sobic003G129500 Sobic003G423800--Sobic010G009700 Sobic002G112000 Sobic002G112000 Sobic003G423800--Sobic002G112000 Sobic003G423800--Sobic007G014100 Sobic008G180400--Sobic003G423800 Sobic005G172700 Sobic005G172700 Sobic008G180400--Sobic005G172700 Sobic008G180400--Sobic008G180200 Sobic003G091300 Sobic003G091300 Sobic008G180400--Sobic003G091300 Sobic001G457600 Sobic001G457600 Sobic008G180400--Sobic001G457600 Sobic002G258000 Sobic002G258000 Sobic008G180400--Sobic002G258000 Sobic010G243100 Sobic010G243100 Sobic008G180400--Sobic010G243100 Sobic003G289700 Sobic003G289700 Sobic008G180400--Sobic003G289700 Sobic008G180400--Sobic002G112000 Sobic001G010500 Sobic001G010500 Sobic003G005500--Sobic001G010500 Sobic007G102300 Sobic007G102300 Sobic003G005500--Sobic007G102300 Sobic009G163400 Sobic009G163400 Sobic003G005500--Sobic009G163400 Sobic009G214500 Sobic009G214500 Sobic003G005500--Sobic009G214500 Sobic002G339666 Sobic002G339666 Sobic003G005500--Sobic002G339666 Sobic008G141900 Sobic008G141900 Sobic003G005500--Sobic008G141900 Sobic007G122700 Sobic007G122700 Sobic003G005500--Sobic007G122700 Sobic003G005500--Sobic002G286632 Sobic002G309100 Sobic002G309100 Sobic003G005500--Sobic002G309100 Sobic009G168200 Sobic009G168200 Sobic002G286632--Sobic009G168200 Sobic002G286632--Sobic006G081700 Sobic002G286632--Sobic009G163400 Sobic005G034200 Sobic005G034200 Sobic002G286632--Sobic005G034200 Sobic002G286632--Sobic008G141900 Sobic002G286632--Sobic003G005500 Sobic002G286632--Sobic001G010500 Sobic002G173400 Sobic002G173400 Sobic002G286632--Sobic002G173400 Sobic002G286632--Sobic008G180200 Sobic005G060100 Sobic005G060100 Sobic003G216600--Sobic005G060100 Sobic003G216600--Sobic007G102300 Sobic010G038200 Sobic010G038200 Sobic003G216600--Sobic010G038200 Sobic003G216600--Sobic010G009700 Sobic004G298600 Sobic004G298600 Sobic003G216600--Sobic004G298600 Sobic001G248400 Sobic001G248400 Sobic003G216600--Sobic001G248400 Sobic003G216600--Sobic009G214500 Sobic003G216600--Sobic010G030000 Sobic008G047500 Sobic008G047500 Sobic003G216600--Sobic008G047500 Sobic010G009700--Sobic004G298600 Sobic001G131900 Sobic001G131900 Sobic010G009700--Sobic001G131900 Sobic010G009700--Sobic010G038200 Sobic006G189000 Sobic006G189000 Sobic010G009700--Sobic006G189000 Sobic010G009700--Sobic005G060100 Sobic009G054400 Sobic009G054400 Sobic010G009700--Sobic009G054400 Sobic002G322700 Sobic002G322700 Sobic010G009700--Sobic002G322700 Sobic002G151500 Sobic002G151500 Sobic010G009700--Sobic002G151500 Sobic010G009700--Sobic007G102300 Sobic010G030000--Sobic010G038200 Sobic009G136000 Sobic009G136000 Sobic010G030000--Sobic009G136000 Sobic008G131900 Sobic008G131900 Sobic010G030000--Sobic008G131900 Sobic010G030000--Sobic010G009700 Sobic010G030000--Sobic010G243100 Sobic005G210500 Sobic005G210500 Sobic010G030000--Sobic005G210500 Sobic010G030000--Sobic003G216600 Sobic001G486600 Sobic001G486600 Sobic010G030000--Sobic001G486600 Sobic010G030000--Sobic010G222800 Sobic006G081700--Sobic002G286632 Sobic006G081700--Sobic009G168200 Sobic006G081700--Sobic005G034200 Sobic006G081700--Sobic005G210500 Sobic003G379900 Sobic003G379900 Sobic006G081700--Sobic003G379900 Sobic006G081700--Sobic008G141900 Sobic010G087100 Sobic010G087100 Sobic006G081700--Sobic010G087100 Sobic006G081700--Sobic003G005500 Sobic002G336400 Sobic002G336400 Sobic006G081700--Sobic002G336400 Sobic007G014100--Sobic003G423800 Sobic007G014100--Sobic009G012400 Sobic007G014100--Sobic008G180200 Sobic007G014100--Sobic003G005500 Sobic007G014100--Sobic008G180400 Sobic008G046200 Sobic008G046200 Sobic007G014100--Sobic008G046200 Sobic001G095432 Sobic001G095432 Sobic007G014100--Sobic001G095432 Sobic010G111750 Sobic010G111750 Sobic007G014100--Sobic010G111750 Sobic007G014100--Sobic003G129500
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.