Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G054200.1
Synonym Sb09g004560
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt A0A1B6P6N8
Pfam PF13812 PF14432 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF128
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G16860 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g14130.3 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a057078 , Zm00025a019520
Brachypodium KQJ91887
Barley HORVU3Hr1G019130.3 , HORVU3Hr1G019130.1 , HORVU3Hr1G019130.7 , HORVU3Hr1G019130.6 , HORVU3Hr1G019130.5 , HORVU3Hr1G019130.4 , HORVU3Hr1G019130.2
Wheat TraesCS3B02G123400
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G017300 CTP synthase, putative, expressed K01937: pyrG, CTP synthase
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20 Sobic.004G015500 receptor kinase, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic009G054200 Sobic009G054200 Sobic003G017300 Sobic003G017300 Sobic009G054200--Sobic003G017300 Sobic006G269300 Sobic006G269300 Sobic009G054200--Sobic006G269300 Sobic009G106300 Sobic009G106300 Sobic009G054200--Sobic009G106300 Sobic003G159400 Sobic003G159400 Sobic009G054200--Sobic003G159400 Sobic001G391800 Sobic001G391800 Sobic009G054200--Sobic001G391800 Sobic010G220100 Sobic010G220100 Sobic009G054200--Sobic010G220100 Sobic006G260101 Sobic006G260101 Sobic009G054200--Sobic006G260101 Sobic002G118400 Sobic002G118400 Sobic009G054200--Sobic002G118400 Sobic009G181900 Sobic009G181900 Sobic009G054200--Sobic009G181900 Sobic003G017300--Sobic009G054200 Sobic003G017300--Sobic006G269300 Sobic003G017300--Sobic009G106300 Sobic001G410300 Sobic001G410300 Sobic003G017300--Sobic001G410300 Sobic003G017300--Sobic009G181900 Sobic003G017300--Sobic006G260101 Sobic006G170800 Sobic006G170800 Sobic003G017300--Sobic006G170800 Sobic009G005750 Sobic009G005750 Sobic003G017300--Sobic009G005750 Sobic003G017300--Sobic003G159400 Sobic006G269300--Sobic003G017300 Sobic001G456650 Sobic001G456650 Sobic006G269300--Sobic001G456650 Sobic009G114900 Sobic009G114900 Sobic006G269300--Sobic009G114900 Sobic002G252700 Sobic002G252700 Sobic006G269300--Sobic002G252700 Sobic006G269300--Sobic009G106300 Sobic001G033200 Sobic001G033200 Sobic006G269300--Sobic001G033200 Sobic001G068901 Sobic001G068901 Sobic006G269300--Sobic001G068901 Sobic006G269300--Sobic009G005750 Sobic007G061500 Sobic007G061500 Sobic006G269300--Sobic007G061500 Sobic004G087900 Sobic004G087900 Sobic009G106300--Sobic004G087900 Sobic009G106300--Sobic003G017300 Sobic009G106300--Sobic006G269300 Sobic009G106300--Sobic009G005750 Sobic009G106300--Sobic006G260101 Sobic003G315900 Sobic003G315900 Sobic009G106300--Sobic003G315900 Sobic002G359200 Sobic002G359200 Sobic009G106300--Sobic002G359200 Sobic009G106300--Sobic009G054200 Sobic001G061000 Sobic001G061000 Sobic009G106300--Sobic001G061000 Sobic005G145700 Sobic005G145700 Sobic003G159400--Sobic005G145700 Sobic003G159400--Sobic001G391800 Sobic004G302500 Sobic004G302500 Sobic003G159400--Sobic004G302500 Sobic002G104500 Sobic002G104500 Sobic003G159400--Sobic002G104500 Sobic009G149600 Sobic009G149600 Sobic003G159400--Sobic009G149600 Sobic003G159400--Sobic009G054200 Sobic010G021401 Sobic010G021401 Sobic003G159400--Sobic010G021401 Sobic001G435800 Sobic001G435800 Sobic003G159400--Sobic001G435800 Sobic004G337700 Sobic004G337700 Sobic003G159400--Sobic004G337700 Sobic001G391800--Sobic003G159400 Sobic004G335200 Sobic004G335200 Sobic001G391800--Sobic004G335200 Sobic001G391800--Sobic004G337700 Sobic001G191400 Sobic001G191400 Sobic001G391800--Sobic001G191400 Sobic009G076000 Sobic009G076000 Sobic001G391800--Sobic009G076000 Sobic002G358200 Sobic002G358200 Sobic001G391800--Sobic002G358200 Sobic002G417201 Sobic002G417201 Sobic001G391800--Sobic002G417201 Sobic001G391800--Sobic004G302500 Sobic005G204900 Sobic005G204900 Sobic001G391800--Sobic005G204900 Sobic008G185000 Sobic008G185000 Sobic010G220100--Sobic008G185000 Sobic001G341900 Sobic001G341900 Sobic010G220100--Sobic001G341900 Sobic010G220100--Sobic001G435800 Sobic010G220100--Sobic002G252700 Sobic010G220100--Sobic009G114900 Sobic010G220100--Sobic004G337700 Sobic005G155001 Sobic005G155001 Sobic010G220100--Sobic005G155001 Sobic010G220100--Sobic007G061500 Sobic007G213500 Sobic007G213500 Sobic010G220100--Sobic007G213500 Sobic010G278400 Sobic010G278400 Sobic006G260101--Sobic010G278400 Sobic004G205400 Sobic004G205400 Sobic006G260101--Sobic004G205400 Sobic006G260101--Sobic005G145700 Sobic004G162600 Sobic004G162600 Sobic006G260101--Sobic004G162600 Sobic006G260101--Sobic009G106300 Sobic009G187900 Sobic009G187900 Sobic006G260101--Sobic009G187900 Sobic006G260101--Sobic003G017300 Sobic001G087500 Sobic001G087500 Sobic006G260101--Sobic001G087500 Sobic006G260101--Sobic002G359200 Sobic002G118400--Sobic001G061000 Sobic004G045200 Sobic004G045200 Sobic002G118400--Sobic004G045200 Sobic002G314950 Sobic002G314950 Sobic002G118400--Sobic002G314950 Sobic002G118400--Sobic001G033200 Sobic007G200200 Sobic007G200200 Sobic002G118400--Sobic007G200200 Sobic002G118400--Sobic006G269300 Sobic002G320700 Sobic002G320700 Sobic002G118400--Sobic002G320700 Sobic002G118400--Sobic001G456650 Sobic004G203600 Sobic004G203600 Sobic002G118400--Sobic004G203600 Sobic002G399000 Sobic002G399000 Sobic009G181900--Sobic002G399000 Sobic007G114650 Sobic007G114650 Sobic009G181900--Sobic007G114650 Sobic009G112500 Sobic009G112500 Sobic009G181900--Sobic009G112500 Sobic003G440500 Sobic003G440500 Sobic009G181900--Sobic003G440500 Sobic003G262500 Sobic003G262500 Sobic009G181900--Sobic003G262500 Sobic005G025400 Sobic005G025400 Sobic009G181900--Sobic005G025400 Sobic009G181900--Sobic001G410300 Sobic009G181900--Sobic010G278400 Sobic001G350300 Sobic001G350300 Sobic009G181900--Sobic001G350300
Octagon: transcription factors


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