Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G085450.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1Z5S4X5
Pfam -
Panther DB PTHR12161 PTHR12161:SF26
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G35730 : Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g15220.1 : DUF292 domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a008205
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G218900 CPuORF26 - conserved peptide uORF-containing transcript, expressed K05929: E2.1.1.103, phosphoethanolamine N-methyltransferase
2 Sobic.002G340700 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@secretory carrier-associated membrane protein, putative, expressed -
3 Sobic.010G165700 expressed protein K07466: RFA1, RPA1, replication factor A1
4 Sobic.008G018700 expressed protein -
5 Sobic.004G056800 DEFL1 - Defensin and Defensin-like DEFL family, expressed -
6 Sobic.010G094301 - -
7 Sobic.002G013800 NB-ARC domain containing protein, expressed -
8 Sobic.006G090400 OsRR1 type-A response regulator, expressed K14492: two-component response regulator ARR-A family
9 Sobic.004G170200 decarboxylase, putative, expressed K01590: hdc, histidine decarboxylase
10 Sobic.008G030600 similar to Non-specific lipid-transfer protein(PubMedID : 29862293)@SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during salt-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@Protease inhibitor/seed storage/LTP("PubMedID : 26759170,PubMedID : 24597475")@LTPL14 - Protease inhibitor/seed storage/LTP family protein precursor, expressed -
11 Sobic.002G095600 metal transporter Nramp6, putative, expressed -
12 Sobic.005G110547 - -
13 Sobic.006G046100 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase domain containing protein, expressed -
14 Sobic.001G262301 - -
15 Sobic.010G060166 - -
16 Sobic.004G295000 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during salt-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@Up-reguralion under drought(PubMedID : 24916767)@Up-reguralion under combine stress of drought and heat(PubMedID : 24916767)@zinc finger protein, putative, expressed -
17 Sobic.001G318100 - -
18 Sobic.004G138450 - -
19 Sobic.010G157000 - -
20 Sobic.009G132200 - -


Gene co-expression network
sample Sobic001G085450 Sobic001G085450 Sobic009G218900 Sobic009G218900 Sobic001G085450--Sobic009G218900 Sobic002G340700 Sobic002G340700 Sobic001G085450--Sobic002G340700 Sobic010G165700 Sobic010G165700 Sobic001G085450--Sobic010G165700 Sobic008G018700 Sobic008G018700 Sobic001G085450--Sobic008G018700 Sobic004G056800 Sobic004G056800 Sobic001G085450--Sobic004G056800 Sobic010G094301 Sobic010G094301 Sobic001G085450--Sobic010G094301 Sobic002G013800 Sobic002G013800 Sobic001G085450--Sobic002G013800 Sobic006G090400 Sobic006G090400 Sobic001G085450--Sobic006G090400 Sobic004G170200 Sobic004G170200 Sobic001G085450--Sobic004G170200 Sobic008G030600 Sobic008G030600 Sobic009G218900--Sobic008G030600 Sobic009G070600 Sobic009G070600 Sobic009G218900--Sobic009G070600 Sobic009G070700 Sobic009G070700 Sobic009G218900--Sobic009G070700 Sobic001G192100 Sobic001G192100 Sobic009G218900--Sobic001G192100 Sobic009G218900--Sobic004G170200 Sobic003G173700 Sobic003G173700 Sobic009G218900--Sobic003G173700 Sobic001G068600 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Octagon: transcription factors


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