Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G171500.1
Synonym Sb01g014990, PS2
Functional annotation presenilin, putative, expressed
UniProt A0A1B6QJF6
Pfam PF01080
Panther DB PTHR10202 PTHR10202:SF13
NCBI CDD KOG2736; Presenilin
KEGG Orthology K04505; PSEN1, presenilin 1
Gene Ontology GO:0016021; integral component of membrane GO:0004190aspartic-type endopeptidase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G29900 : Presenilin-2
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g40700.1 : presenilin, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a017323
Brachypodium KQK14250
Barley HORVU4Hr1G012850.2 , HORVU4Hr1G012850.3 , HORVU4Hr1G012850.1
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.001G171500


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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19 Sobic.001G157500 expressed protein -
20 Sobic.002G280600 hydroxyproline-rich glycoprotein family protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G171500 Sobic001G171500 Sobic004G018200 Sobic004G018200 Sobic001G171500--Sobic004G018200 Sobic002G372700 Sobic002G372700 Sobic001G171500--Sobic002G372700 Sobic004G210101 Sobic004G210101 Sobic001G171500--Sobic004G210101 Sobic002G427700 Sobic002G427700 Sobic001G171500--Sobic002G427700 Sobic004G339600 Sobic004G339600 Sobic001G171500--Sobic004G339600 Sobic007G019501 Sobic007G019501 Sobic001G171500--Sobic007G019501 Sobic004G172600 Sobic004G172600 Sobic001G171500--Sobic004G172600 Sobic009G077700 Sobic009G077700 Sobic001G171500--Sobic009G077700 Sobic002G259400 Sobic002G259400 Sobic001G171500--Sobic002G259400 Sobic001G188700 Sobic001G188700 Sobic004G018200--Sobic001G188700 Sobic006G181700 Sobic006G181700 Sobic004G018200--Sobic006G181700 Sobic004G018200--Sobic007G019501 Sobic009G156300 Sobic009G156300 Sobic004G018200--Sobic009G156300 Sobic010G039000 Sobic010G039000 Sobic004G018200--Sobic010G039000 Sobic003G283300 Sobic003G283300 Sobic004G018200--Sobic003G283300 Sobic009G077100 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Octagon: transcription factors


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